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JOURNÉE AEEMA – 2 JUIN 2023 : COMMUNICATIONS LIBRES
Émergence de la maladie hémorragique épizootique en Europe
Zientara Stéphan, Bréard Emmanuel, Postic Lydie, Turpaud Mathilde, Fablet Aurore, Caignard Grégory, Vitour Damien et Sailleau Corinne
Le virus de la maladie hémorragique épizootique (EHDV) est un orbivirus appartenant à la famille des Sedoreoviridae qui constitue une menace sérieuse pour le cheptel bovin européen. Chez le cerf à queue blanche, il provoque une infection qui s’avère mortelle avec un taux de mortalité pouvant atteindre 90 % (2 000 cerfs sont morts en 2022 dans le New Jersey). Ce virus a été identifié pour la première fois aux États-Unis d’Amérique en 1955. Depuis, des souches d’EHDV ont été isolées au Japon, au Canada, en Australie, en Afrique, en Chine et dans le bassin méditerranéen. On distingue aujourd’hui sept sérotypes (EHDV1-2, 4-8). Ce virus est transmis par des arthropodes hématophages, les culicoïdes. Cette infection est inscrite sur la liste des maladies à déclaration obligatoire de l’Organisation mondiale de la santé animale et est classée DE dans le cadre de la nouvelle loi européenne de santé animale.
Un EHDV a été détecté en Tunisie en 2021. Après détermination de la séquence nucléotidique du segment 2 et comparaison avec les séquences homologues présentes sur GenBank, la VP2 de ce virus présentait une similitude avec le seul EHDV de sérotype 8 connu, isolé en Australie en 1982. Par vironeutralisation, l’appartenance de ce virus au sérotype 8 a pu être confirmée par notre laboratoire. De façon inattendue, ce virus a ensuite été détecté en novembre 2022 en Sardaigne, puis en Sicile chez des bovins et chez un cerf. Enfin, il a été détecté en Andalousie où il a provoqué dix foyers. Le réchauffement climatique (températures élevées en octobre et en novembre) associé à des courants aériens favorables sont probablement à l’origine de cette première émergence dans les pays du sud de l’Europe. Aucun vaccin contre ce sérotype n’est aujourd’hui disponible. Il s’agit donc à nouveau d’une émergence en Europe d’une arbovirose aussi préoccupante et inattendue que celle du virus de la fièvre catarrhale ovine en 2006 ou de celle du virus Schmallenberg en 2011.
Estimer la date de première infection par l’influenza aviaire hautement pathogène chez les volailles pour optimiser les enquêtes épidémiologiques
Lambert Sébastien, Hobbelen Peter H.F., Fourtune Lisa, Baca Julie, Gonzales Jose L., Elbers Armin R. W. et Vergne Timothée
Depuis 2014, l’Europe et la France en particulier, ont été touchées par des épizooties dévastatrices d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP). Au cours de ces épizooties, les services vétérinaires réalisent des enquêtes épidémiologiques qui permettent d’identifier précocement de nouveaux foyers, participant ainsi à limiter la diffusion du virus. L’objectif de notre étude était d’estimer la date la plus probable de première infection pour différents foyers d’IAHP, afin de focaliser l’enquête épidémiologique dans chaque élevage sur une période pertinente.
Pour cela, nous avons calibré un modèle mécaniste de transmission intra-ferme de type SEIRD aux données de mortalité de 59 foyers de France et des Pays-Bas entre 2014 et 2022. Les dates les plus probables de première infection ont été estimées entre 3,3 jours (intervalle de crédibilité à 95 % : 1,6-5,6) et 14,1 jours (8,2-24,3) avant le pic de mortalité. Ces résultats suggèrent qu’un outil de modélisation efficace fondé sur des données de mortalité quotidienne collectées dans les foyers pourrait aider les services vétérinaires à optimiser les enquêtes épidémiologiques en estimant la date la plus probable de première infection dans chaque foyer.
Toxoplasmose dans la zone périurbaine de Ouagadougou au Burkina Faso : séroprévalence chez les vaches laitières, connaissance et comportements à risque de transmission zoonotique de cette zoonose chez les bouviers
Tialla Dieudonné, Sondo Ives, Kiendrébéogo Aboubaca, Sebou Dah Jean-Baptiste, Gobré Adama, Kaboré Jean et Sandwidi Georgette
L’objectif général de cette étude a été d’estimer la séroprévalence de la toxoplasmose chez les vaches laitières dans la zone périurbaine de Ouagadougou au Burkina Faso, ainsi que la connaissance et les comportements à risque de transmission zoonotique de cette zoonose chez les bouviers de cette région. Pour ce faire, un prélèvement sanguin a été réalisé sur 600 vaches laitières. Le test ELISA indirect a été utilisé. Un questionnaire épidémiologique a été soumis aux éleveurs pour mieux appréhender la connaissance et la fréquence des comportements à risque de transmission zoonotique de la maladie.
La séroprévalence apparente « animal » et la prévalence « troupeau » ont été respectivement 62 % et 80 %. Seulement 13 % des éleveurs connaissaient la toxoplasmose bovine et savaient qu’elle peut se transmettre à l’Homme et à d’autres espèces animales, 95 % assistaient à des mises-bas et aux avortements et 97 % consommaient du lait cru. La toxoplasmose étant une zoonose majeure, la recherche de la maladie chez les humains et une stratégie de lutte efficiente sont donc nécessaires pour améliorer la santé publique.
Élaboration d’un arbre de scénarios pour l’estimation quantitative de la probabilité d’introduction du parasite Dirofilaria immitis en France métropolitaine lors de retours de missions à l’étranger de chiens militaires
Grosbois Amélia, Risco-Castillo Veronica, Watier-Grillot Stéphanie et Crozet Guillaume
Dirofilaria immitis est un nématode transmis par voie vectorielle et responsable d’une atteinte cardio-respiratoire des chiens infestés. Il s’agit également d’une zoonose mineure. Cette parasitose est largement distribuée dans le monde et est déjà implantée en France métropolitaine. Ce parasite est donc associé à des enjeux de santé animale et de santé publique. Les chiens militaires semblent particulièrement exposés aux maladies vectorielles et, du fait de missions à l’étranger, peuvent influencer les dynamiques de ces dernières. Afin d’évaluer le risque d’introduction du parasite Dirofilaria immitis en France métropolitaine par l’intermédiaire des chiens militaires retournant en France au terme de missions à l’étranger, une approche d’analyse quantitative du risque a été choisie.
Dans ce contexte, des arbres de scénarios ont été développés, visant à décrire les séquences d’évènements nécessaires à l’entrée du parasite sur le territoire de France métropolitaine. Ces séquences évènementielles prennent en considération la physiopathologie de l’infestation, les mesures de prophylaxie déployées dans les effectifs de chiens militaire ainsi que leur niveau d’observance. Le paramétrage de ce modèle, consistant à déterminer une distribution pour la probabilité d’occurrence de chaque évènement du modèle, nécessite des données spécifiques sur la dirofilariose cardiaque canine, ainsi que sur les chiens militaires et représente un réel enjeu car les sources sont parfois peu nombreuses. Différentes sources de données ont été utilisées, telles que la littérature scientifique et une enquête spécifique au sein des effectifs de chiens militaires qui a été conduite afin d’obtenir des informations sur leur mode de vie et leur niveau d’exposition aux maladies à transmission vectorielle.
Des observations de terrain (réalisées en Côte d’Ivoire) ont également permis de fournir certaines données nécessaires au paramétrage du modèle. Ce type d’approche est particulièrement intéressant pour combiner différentes sources de données et pourrait fournir des éléments d’aide à la décision au gestionnaire en santé animale au sein des armés afin d’optimiser la gestion de cette parasitose. Ce type de modèle pourrait également être extrapolé à d’autres agents pathogènes d’intérêt.
Suivi du risque d’entrée de la peste porcine africaine dans les fermes en Catalogne (Espagne) - en anglais
Alba-Casals Ana, Pailler Lola, Sánchez Carlos, Vilalta Carles, Colomer Joana, Ciria Natalia et Napp Sebastián
La propagation de la peste porcine africaine (PPA) constitue une grave menace pour l'industrie porcine de Catalogne (nord-est de l'Espagne). Les autorités vétérinaires officielles collectent régulièrement un énorme volume de données de nature différente auprès des élevages porcins commerciaux. L'analyse continue de ces données pourrait aider à identifier des fermes et des sous-populations présentant un risque plus élevé d'entrée de la PPA.
Dans ce but, nous avons créé un algorithme qui permet l'intégration de ces données dans une analyse d'arbre décisionnel et compare le risque d’entrée de PPA parmi les fermes porcines commerciales de la région par diverses voies que nous pouvons quantifier. Les voies suivies sont :
1. l’entrée de porcins vivants d'origine internationale, et
2. nationale,
3. la contamination par les véhicules qui transportent des porcins entre les fermes,
4. vers les abattoirs, et
5. les véhicules d’équarrissage,
6. les contacts indirects avec les fermes voisines, et
7. le contact avec les sangliers.
La première hypothèse de l'algorithme est qu'une ferme en Catalogne a contracté la PPA via l'une de ces voies. L'algorithme est alimenté par des données issues de la démographie et de la gestion des élevages, des mouvements nationaux et internationaux, d’enquêtes sur les mesures de biosécurité, des foyers de PPA en Europe et de la densité des sangliers. Les risques qui ne peuvent pas être évalués à l'aide de données officielles n'ont pas pu être pris en compte.
Cet outil fournit des informations dynamiques sous forme de rapports reproductibles, des cartes et des bases de données sur le risque de chaque exploitation prenant en compte les voies d’introduction de manière indépendante et collective.
Modélisation des probabilités des zones de présence d’Aedes albopictus en Auvergne-Rhône-Alpes, France
Lebrun Jean, Rey Delphine, Besnard Gilles, Foussadier Rémi, Rome Sandra et Bicout Dominique J
Vecteur de virus causant des maladies humaines comme la dengue, le chikungunya et Zika, Aedes albopictus fait l’objet de plans nationaux de surveillance en France métropolitaine. Depuis 2013, Ae. albopictus est considéré comme présent et actif dans cinq départements de la région Auvergne-Rhône-Alpes (l’Ardèche, la Drôme, l’Isère, le Rhône et la Savoie). Au 1er janvier 2021, seuls l’Allier et la Haute-Loire étaient considérés comme pas encore colonisés par Ae. Albopictus dans cette région.
Dans un contexte de changement climatique, il est crucial pour la surveillance d’identifier les zones favorables de présence de ce moustique et d’analyser l’évolution des zones colonisables au cours des années. Dans ce travail, une approche par niche écologique pour déterminer les probabilités de présence d’Ae. albopictus en fonction de variables climatiques et environnementales a été développée et des cartes des probabilités des zones de présence d’Ae. albopictus ont été générées sur la période 2000-2020 dans les 12 départements de la région Auvergne-Rhône-Alpes.
Exploration des méthodes de modélisation pour suivre les indicateurs de mortalité dans les élevages laitiers. Étude de cas : Catalogne (Espagne) - en anglais
Rodríguez-Navas Laura, Balcázar José Luis, Terré Marta, Casals Rita, Soler Mireia, Riera Carles, Napp Sebastian, Pailler Lola, Puig Pere, Fernández-Fontelo Amanda et Alba-Casals Ana
Les auteurs proposent une stratégie de suivi des bovins laitiers en Catalogne afin d’obtenir des indicateurs de mortalité fiables dans le temps. La stratégie proposée est divisée en trois parties : préparation des données, regroupement et modélisation. La partie préparation des données comprend l’intégration, la sélection, le nettoyage et la transformation de diverses sources de données de nature différente. Dans la partie regroupement, les schémas de mortalité sont trouvés et regroupés à l’aide d’un regroupement hiérarchique avec Dynamic Time Warping.
Dans la partie modélisation, les séries chronologiques les plus représentatives des taux de mortalité des bovins laitiers sont modélisées à l’aide des modèles logit PSF et ARIMA. Enfin, les résultats de la modélisation PSF sont comparés à ceux du modèle logit ARIMA pour évaluer la précision de la PSF, ce qui simplifie les calculs et automatise les processus de modélisation.
Analyse des facteurs associés à la brucellose bovine dans une région du Paraguay
Avalos Amaias, Durand Benoît et Zanella Gina
Au Paraguay, dont l'activité économique principale est l'élevage bovin, la brucellose bovine est une maladie enzootique. Entre mai 2019 et octobre 2020, une enquête nationale sur la prévalence a été mise en œuvre par les Services vétérinaires paraguayens. Dans le cadre de cette enquête, une étude transversale a été menée dans la région Est du Paraguay afin d'estimer la séroprévalence de la brucellose bovine ainsi que la sensibilisation des éleveurs à la maladie et d'identifier les facteurs pouvant être associés aux exploitations positives à la brucellose. Un questionnaire a été administré aux agriculteurs pour collecter des données sur les facteurs associés à la brucellose bovine ainsi que sur la sensibilisation à la maladie. Un modèle de régression logistique a été utilisé pour identifier les facteurs associés à un statut positif de la brucellose dans une exploitation. Des échantillons de sang ont été prélevés sur 2 551 bovins dans les 133 exploitations retenues pour l’étude.
La séroprévalence apparente globale était de 27,8 % (IC à 95 % : 20,4 %-36,3 %) pour les exploitations et de 5,5 % (IC à 95 % : 4,7 %-6,5 %) pour les animaux. Parmi les 17 facteurs potentiels, quatre étaient associés à un statut positif de la brucellose dans l’exploitation. La taille de l'exploitation était associée à un risque plus élevé de statut positif pour les exploitations de taille moyenne (20-80 vaches) et grandes (>80 vaches), par rapport aux petites exploitations (<20 vaches). La désinfection des étables était associée à une réduction du risque de statut positif. En revanche, la présence de chiens et la non-incinération/ensevelissement des matériaux avortés étaient associés à une augmentation de ce risque. Même si 89 % des éleveurs reconnaissaient être conscients de la transmission de la brucellose bovine à l'Homme, seulement 46 % de ces éleveurs ont déclaré utiliser des gants de protection lors des vêlages ou de la manipulation des avortons.
Les résultats de cette étude soulignent l'importance de mettre en œuvre des mesures de biosécurité et d'une élimination adéquate des matériaux avortés pour contrôler la maladie. Par conséquent, pour contrôler la maladie au Paraguay, les campagnes de vaccination devraient être accompagnées de campagnes de sensibilisation portant sur de bonnes pratiques de gestion des exploitations afin de minimiser le risque d'introduction et de maintien de la brucellose ainsi que le risque d'infection humaine.
Modélisation de la propagation de la brucellose bovine au Paraguay par le commerce des vaches
Avalos Amaias, Zanella Gina et Durand Benoît
La brucellose bovine (BB), causée principalement par Brucella abortus, affecte surtout les vaches gestantes, qui peuvent avorter. Au Paraguay, la BB est une maladie enzootique et constitue un problème majeur non seulement en raison de son impact économique sur l'industrie de l'élevage, mais aussi sur la santé publique. Un modèle mathématique de la transmission de la brucellose au Paraguay peut aider à comprendre la dynamique de sa propagation et peut être utilisé, dans un deuxième temps, pour analyser différents scénarios de contrôle.
Nous avons développé un modèle stochastique à compartiments de la transmission de la BB à l’intérieur d’un élevage, et utilisé ce modèle pour simuler la propagation de la maladie entre élevages, par le commerce de femelles. Nous avons pris en compte les deux régions géographiques du Paraguay : la région orientale, avec une faible densité de fermes, un grand nombre de bovins et une production extensive, et la région occidentale, avec une densité élevée d’élevages et une production intensive. Trois catégories de taille d’élevages ont été définies en fonction du nombre de vaches : petites fermes familiales, fermes commerciales de taille moyenne et grandes exploitations commerciales.
Différents scénarios portant sur la valeur du nombre de reproduction de base (R0, le nombre moyen d'animaux infectés à partir d'un animal infecté introduit dans une population indemne) ont été explorés à l’aide de simulations pour représenter la propagation de la maladie au sein d'un élevage. Les scénarios qui s’ajustaient le mieux aux données de séroprévalence de la BB pour les années 2019-2020 ont été sélectionnés et utilisés pour simuler la transmission de la maladie entre élevages par le commerce des génisses de renouvellement, en se fondant sur la base nationale de données de mouvements d’animaux.
Les prévalences réelles prédites par le modèle étaient plus élevées dans les exploitations ayant un grand nombre de vaches, soit les grandes et moyennes exploitations de la région orientale, et les grandes exploitations de la région occidentale du pays. Les résultats indiquaient par ailleurs que la prise en compte du commerce des femelles reproductrices comme seul mode de transmission entre élevages permettait de générer une situation d’équilibre global de la prévalence de la BB au Paraguay, cohérente avec la situation d’enzootie de la maladie en l’absence de mesures de lutte.
Phylogénie et distribution géographique de Borrella garinii chez des oiseaux communs en France
François Margaux, Rataud Amalia, Moutailler Sara, Galon Clémence, Henry Pierre-Yves, Marsot Maud et Canini Laetitia
La maladie de Lyme est une maladie transmise à l’humain via la piqûre d’une tique. Elle est due à des bactéries du genre Borrelia appartenant au complexe Borrelia burgdorferi sensu lato (Bbsl). Borrelia garinii, appartenant à ce complexe et majoritairement responsable de neuroborrélioses chez l’humain en Europe, a pour réservoir les oiseaux. Le but de notre étude était d’étudier la diversité génétique et la répartition spatiale des Bbsl détectées chez des larves gorgées collectées sur 70 oiseaux appartenant à 15 espèces en période de reproduction en France, en se concentrant principalement sur B. garinii.
Pour ce faire, nous avons utilisé les séquences génétiques de 96 Bbsl (dont 74 B. garinii), correspondant à un fragment du gène flaB. B. garinii a été identifiée dans toute la France.
Les séquences étudiées étaient génétiquement proches. L’arbre phylogénétique construit par la méthode du maximum de parcimonie n’a pas mis en évidence de clades spécifiques à une espèce d’oiseau. Aucune relation entre les clades identifiés dans l’arbre phylogénétique et la distribution spatiale n’a pu être mise en évidence. Le gène séquencé (flaB) est un gène conservé au sein des espèces de Bbsl, ce qui explique la faible diversité génétique observée pour les séquences de Bbsl étudiées. De ce fait, la diversité génétique observée dans cette étude pour le gène flaB ne reflète pas la diversité génétique existant pour l’ensemble du génome des Bbsl. L’utilisation de méthodes de séquençage plus discriminantes serait à privilégier pour l’étude de la phylogénie des Bbsl.
ANALYSE COMMENTÉE D’ARTICLE
Zoonoses virales et « Apprentissage automatique » : recherche de signatures génomiques pour prédire le potentiel zoonotique d’un virus
Gondard Mathilde, Benfrid Souheyla et Dheilly Nolwenn
L’essor de la métagénomique et de la méta-transcriptomique a permis de révolutionner notre vision de la virologie et de découvrir une diversité virale extraordinaire, encore largement méconnue et sous-estimée.
La production de nouvelles séquences génomique virales, toujours plus importante grâce aux technologies de séquençage de nouvelle génération, dépasse actuellement nos capacités de caractérisation de ces virus. Faute de temps et de moyens, très peu de données épidémiologiques et virologiques sont disponibles pour ces nouveaux virus. Or, face au risque de (ré)-émergence de zoonoses d’origine virale, notre aptitude à estimer puis déterminer rapidement la capacité d’un virus à infecter l’Homme devient un enjeu de santé publique mondiale.
L’étude de Mollentze et al., publiée en 2021 dans PLOS Biology, propose l’utilisation de modèles d’apprentissage automatique fondés sur la recherche de signatures génomiques, comme moyen innovant de prédiction du potentiel zoonotique d’un virus et de hiérarchisation de la recherche. Dans notre texte, après une brève présentation de leur méthode, nous avons décidé de mettre en lumière et de discuter ce que nous pensons être les points forts (et pistes d’amélioration) de l’étude de Mollentze et de ses collaborateurs.
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