Page 1 de couverture : Le professeur Edmond Nocard, dont le nom a été donné au bâtiment dans lequel il a travaillé à l’École vétérinaire d’Alfort jusqu’en 1903, bâtiment récemment restauré, agrandi, au sein duquel est en cours d’installation le Département des productions animales et de santé publique (DPASP) de l’École d’Alfort, comprenant l’unité des Maladies réglementées, zoonoses et épidémiologie (MRZE), nouveau nom de l’ancien service de Maladies contagieuses, zoonoses et législation sanitaire (cf. page 141), à l’origine de la création de l’AEEMA.

 

 

 

 

 

Bien que la France métropolitaine soit officiellement déclarée indemne de rage des mammifères non volants depuis 2001, le risque rabique demeure. La principale menace provient des carnivores domestiques introduits ou réintroduits illégalement sur le territoire, comme l’illustre le dernier cas de rage introduit en 2015. Une analyse quantitative de risque a été envisagée pour estimer la probabilité d’introduction du virus sur le territoire, en lien avec les mouvements de carnivores domestiques. Pour cela, la construction d’arbres de scénarios modélisant les différentes voies d’entrée possibles du virus et s’adaptant au contexte actuel a été nécessaire. Afin de paramétrer un modèle réaliste, des données de terrain sont indispensables. Pour répondre à cet objectif, deux enquêtes ont été conduites, respectivement auprès de toutes les Directions départementales en charge de la protection des populations et auprès de vétérinaires praticiens canins de France métropolitaine. Ces enquêtes ont permis d’identifier la provenance des animaux introduits ainsi que l’ampleur des non-conformités. Bien qu’elles ne soient pas exhaustives, ces données contribueront au paramétrage des arbres de scénarios permettant d’estimer la probabilité annuelle d’introduire au moins un carnivore domestique infecté de rage en France.

 

Les flux liés aux opérations militaires sont à risque au regard de l’introduction sur le territoire national français ou de la diffusion à l’échelle internationale d’agents de maladies humaines, animales et végétales. Les conséquences qui résulteraient de l’importation de certains de ces agents pourraient être catastrophiques sur les plans sanitaire, économique, mais aussi médiatique. Pour répondre à cette problématique, les forces armées françaises ont mis en place des plans de maîtrise sanitaire opérationnels. Ces plans définissent les mesures de biosécurité à appliquer, à l’échelle collective et individuelle, afin de maîtriser les risques sanitaires liés aux flux militaires.

 

Le traitement statistique des données d’épidémiologie analytique vétérinaire vise à déterminer les facteurs de risque d’une maladie ou d’un problème de santé publique vétérinaire. Pour répondre à cet objectif, les modèles linéaires généralisés sont utilisés. Pour le cas où les observations proviennent de différentes sous-populations, ces modèles existent sous forme de modèles sur classes latentes, aussi connus sous le nom de modèles de mélange. Cependant, en épidémiologie vétérinaire notamment, ces méthodes présentent trois principales limites :

Chacune de ces hypothèses étant rarement vérifiée en pratique, nous proposons une extension des modèles sur classes latentes pour le cas d’un grand nombre de variables ne vérifiant pas d’hypothèse distributionnelle. Ces variables peuvent présenter, de plus, la particularité d’être organisées en blocs thématiques. La méthode proposée est appelée régression multi-bloc sur classes latentes. Elle combine la recherche simultanée de sous-populations au sein des observations, ainsi que de modèles de régression (multi-bloc) locaux associés à chacune de ces sous-populations. Cette nouvelle méthode est appliquée, à titre d’exemple, à la recherche de marqueurs de risque de l’utilisation des antibiotiques dans des élevages français de lapins.

 

La leptospirose est une maladie animale présente dans le monde entier, avec un impact économique majeur sur l'industrie de l'élevage et une capacité zoonotique importante. La maladie représente un défi majeur dans les pays en voie de développement car les personnes et les animaux vivent souvent en étroite association. Le sérotype Hardjo de Leptospira dont l'hôte principal est le bétail a fait l'objet de nombreuses études, mais il existe peu de données sur d'autres sérotypes en circulation ou émergents. Pour mieux comprendre la maladie chez les bovins et comment la prévenir et/ou la contrôler, il est nécessaire d'identifier le génotype et le sérotype de Leptospira en circulation. Cet article présente les résultats de plusieurs investigations réalisées sur une collection historique belge de cas d'ictère congénital chez des fœtus avortés de bovins provenant de l'épisode émergent de leptospirose de 2014 [Delooz et al., 2015]. Les résultats ont révélé que L. Grippotyphosa et L. Australis étaient les sérogroupes les plus répandus avec respectivement 17/42 et 13/42 tests de micro-agglutination positifs pendant cet événement émergent associé au même schéma clinique. L'étude confirme également que l’ictère congénital est associé à L. kirschneri et L. interrogans et permet le génotypage de l'ADN obtenu de ces deux espèces.

 

En Europe, le virus de la peste porcine africaine (PPA) est à l’origine d’une des maladies infectieuses transfrontalières les plus menaçantes pour les porcs domestiques et les sangliers, avec de sérieuses conséquences pour leurs populations et l’économie. Depuis sa détection en Belgique, en septembre 2018, la France a mis en place des mesures de gestion tout en s’interrogeant sur leur impact sur les mouvements de sangliers et le risque lié de propagation du virus de la PPA. Pour répondre à cette problématique, l’Anses a conduit la première élicitation connue d’experts sur le sujet. L'importance relative de facteurs de dérangement des sangliers a été évaluée. L'impact possible d’activités humaines sur les mouvements de sangliers a été estimé selon une approche stochastique, afin de saisir la variabilité d'un large éventail de conditions territoriales et l'incertitude liée à l’élicitation d’experts. Une analyse par arbre de régression a permis de regrouper les activités selon le dérangement qu’elles engendraient chez les sangliers. La modification de l'environnement du sanglier et l’envahissement de l'espace apparaissent comme les facteurs les plus dérangeants pour les sangliers et par conséquent les activités humaines ou forestières agissant sur ces facteurs : éclaircissement de parcelles par engins, coupe de bois (abattage de gros arbres), débardage et ramasseurs de champignons/bois de cerf. Les résultats de cette élicitation d’experts sont particulièrement importants pour les gestionnaires et les parties prenantes impliqués dans la crise de la PPA en Europe.

 

Au Kenya, et en Afrique de l’Est d’une manière générale, la pleuropneumonie contagieuse caprine (PPCC) est l’une des principales maladies transfrontalières infectieuses des petits ruminants. Elle affecte fortement les moyens de subsistance des éleveurs en zone pastorale. Des campagnes de vaccination semestrielles sont organisées en vue de contrôler la maladie qui reste enzootique avec une haute prévalence. L’impact de la maladie et le rapport coût-bénéfice des mesures de contrôle sont difficiles à évaluer en zone pastorale du fait d’un manque de données fiables. L’enclavement des zones, la mobilité et la dynamique des troupeaux ainsi que le haut niveau d’analphabétisme des populations rendent la collecte d’informations extrêmement difficile. De telles analyses sont néanmoins primordiales en vue d’évaluer l’efficacité des programmes de contrôle et de justifier l’organisation des campagnes de vaccination dans le cadre d’un programme d’éradication de la PPCC ou d’un programme de soutien aux moyens de subsistance visant à préserver l’un des biens de production les plus importants de la région. Un suivi longitudinal de troupeaux a été mis en place durant un an dans le district de Turkana en vue de collecter des données sur la dynamique des troupeaux et d’enregistrer les différentes causes de mortalité. Sur la base de ces données, un modèle stochastique a été développé en vue d’évaluer les pertes économiques annuelles liées à la PPCC dans un troupeau standard de 100 chèvres et de comparer ces pertes au coût de la vaccination. Le ratio coût-bénéfice de la vaccination semestrielle a ensuite été déterminé. Différents scénarios ont été pris en compte avec 95 %, 50 % et 20 % d’effectivité vaccinale. Le modèle montre que le ratio coût-bénéfice de la vaccination reste intéressant même avec une effectivité vaccinale limitée à 20 % (ratio moyen de 5,715 avec un écart-type de 3,914). Une meilleure efficacité est néanmoins requise si l’on veut atteindre des résultats durables, que ce soit sur le plan du contrôle de la maladie ou sur le plan de l’amélioration des moyens de subsistance.

 

La traçabilité représente un enjeu majeur pour le suivi sanitaire des populations animales et assurer la sécurité des aliments. En France, la base de données d’identification des équidés (SIRE), gérée par l’Institut français du cheval et de l’équitation, constitue le cœur de la traçabilité de ces espèces. La limite actuelle de cette base est le manque d’information sur la date de mort des équidés, à l’origine d’un défaut de connaissance de la population vivante d’équidés (sa taille, ses caractéristiques). L’objectif de ce travail a été d’identifier des pistes d’amélioration de la traçabilité des équidés morts et d’analyser leur acceptabilité et leur faisabilité à travers la mise en place d’une approche collaborative. Dans un premier temps, les pratiques et la perception des acteurs intervenant après la mort d’un équidé (e.g. détenteurs, standardistes d’une société d’équarrissage, centre d’incinération, compagnies d’assurance, etc.) ont été recueillies par différents types d’enquêtes. À la suite de ces enquêtes, deux groupes de travail ont été mis en place et ont permis d’identifier des pistes concrètes d’amélioration de la traçabilité des équidés équarris et abattus qui sont actuellement en cours d’évaluation technique et financière.

 

L’Organisation mondiale de la santé animale (OIE), l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) ont pour objectif d’éradiquer la rage humaine d'origine canine d’ici 2030. Cependant, les stratégies actuelles de contrôle de la rage chez les chiens domestiques ne tiennent pas compte de la variabilité comportementale entre individus d’une même population ou de la variabilité entre populations de chiens d'origine différente. Notre objectif est d’étudier les réseaux de contacts entre chiens, ceux-ci pouvant influer sur la transmission de maladies infectieuses et par voie de conséquence, sur les stratégies de contrôle à adopter. Cette étude porte sur les chiens appartenant à des propriétaires, mais ayant la possibilité de divaguer sans surveillance. Nous avons collecté des données dans deux pays : le Guatemala et l’Indonésie. Au total, 341 chiens ont été équipés de capteurs de contact géoréférencés. À l’aide de méthodes d’analyse des réseaux sociaux, nous avons pu mettre en évidence les différences et similitudes entre chiens d’une même zone (nombre de contacts, intermédiarité) et entre les réseaux de contacts de différentes zones (structure, regroupements).

 

Les forces armées françaises sont souvent déployées dans des pays où sévissent des maladies animales épizootiques et où les structures sanitaires étatiques sont souvent désorganisées, voire affaiblies. Des plans de maîtrise sanitaire opérationnels ont été élaborés afin d’éviter l’importation d’agents pathogènes ou de vecteurs de maladies lors du retour du matériel et du personnel vers la métropole. Le Service de santé des armées, au travers de ses compétences vétérinaires, effectue une analyse des risques zoo-sanitaires et phytosanitaires présents dans le pays de déploiement et établit des recommandations techniques. Sur la base de cette expertise, le commandement de la force met en place, sur le lieu de déploiement, des mesures collectives et des mesures individuelles, avant embarquement du fret et du personnel. L’application de ces mesures fait l’objet d’une surveillance de commandement et d’un contrôle sanitaire. Les retours d’expérience sont exploités afin de tirer les enseignements et de procéder à une amélioration continue des processus en cours.

 

 

La gale sarcoptique est probablement la parasitose externe la plus fréquente dans les élevages de porcs. L’objectif de cette étude était d'évaluer les performances d'une grille de notation des lésions cutanées induites par la gale sarcoptique chez le porc charcutier via une approche comparée de la sensibilité et de la spécificité des méthodes de notation visuelle à l’abattoir et d'un test ELISA. Quatre-vingt-quatre élevages du Centre et du Nord-Est de la France ont été inclus, les lésions cutanées de 4 574 porcs ont été notées individuellement de 0 à 3 à l'abattoir, selon la grille de notation décrite par Pointon et al. [1999]. Pour chaque élevage, 10 prélèvements sanguins ont été réalisés au moment de la saignée des animaux, puis analysés à l'aide du test Sarcoptes-ELISA 2001®Pig. Sur l'ensemble des prélèvements, seuls 8 se sont révélés séropositifs, répartis dans 6 élevages. 9,5 % des animaux contrôlés présentaient des lésions cutanées étendues (note 2 ou 3). Aucune association entre la notation individuelle et le statut sérologique de l'élevage n'a pu être mise en évidence. Que le statut de l'élevage soit défini par la note moyenne des lésions ou par le taux d'animaux présentant des lésions étendues, la sensibilité et la spécificité du diagnostic de la gale par ce type de notation à l'échelle du troupeau sont insuffisantes (comprises entre 0,5 et 0,77, avec des intervalles de crédibilité très importants), d’après les résultats d'une approche statistique bayésienne des performances comparées de la notation visuelle et de l'ELISA, sans test de référence.