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Éditorial
Barbara Dufour

 

Le traitement statistique des enquêtes d'épidémiologie analytique animale est habituellement effectué à l'aide de méthodes qui s'apparentent aux modèles linéaires généralisés. Pourtant, le format des données pose souvent des problèmes relatifs à l'utilisation de ces modèles. La première limite est que les nombreuses variables explicatives ne peuvent pas toutes être intégrées au modèle. La seconde limite est que ces variables présentent des quasi-colinéarités marquées, ce qui affecte la pertinence et la stabilité des résultats. La troisième limite est relative à la structure des variables explicatives en blocs ayant une signification zootechnique intéressante dont il apparaît important de mesurer le poids dans l'explication de la maladie. Les phénomènes de santé animale étant complexes, la maladie est souvent décrite par plusieurs variables, ce qui constitue la dernière limite. Afin de résoudre ces difficultés, nous proposons une solution qui se positionne dans le cadre des méthodes factorielles multiblocs. Cette méthode, appelée analyse des redondances multibloc, permet la description et la prédiction de données structurées en plusieurs tableaux de variables explicatives orientés vers l'explication d'un autre tableau, la maladie. Les résultats illustrant cette méthode sont issus d'une enquête analytique visant à déterminer les facteurs de risque du niveau de séroprévalence intra-élevage au circovirus porcin de type 2.

 

L'objectif de cette étude est de préciser et quantifier les facteurs de risque associés à différents niveaux de séroprévalence en Salmonella des porcs en fin d'engraissement. Dans 123 élevages, le statut sérologique vis-à-vis des salmonelles a été établi sur « jus de viande ». Des questionnaires ont permis de collecter les informations relatives aux facteurs de risque potentiels. L'analyse statistique a été effectuée par régression logistique. Le mélange de bande en maternité et l'absence de conduite en tout plein-tout vide en engraissement sont des pratiques influant sur la séroprévalence. En quarantaine, l'absence d'adaptation au microbisme digestif et de traitement antiparasitaire est également défavorable. Deux facteurs de risque en lien avec le sanitaire en maternité sont mis en évidence : les diarrhées et l'absence d'antibiotique en systématique chez les porcelets. La qualité hygiénique de l'eau et le respect des protocoles de nettoyage-désinfection sont associés à une faible prévalence. Le nombre de porcs par case en engraissement est également lié à la séropositivité en salmonelles.

 

Le taux de transmission instantané est l'un des paramètres clés dans un modèle épidémiologique. Il est défini comme le nombre moyen de nouvelles infections produites par un individu infectieux par unité de temps. Contrairement aux données de terrain, les essais expérimentaux, qui se déroulent en environnement maîtrisé, permettent de se focaliser sur un aspect de la transmission. L'essai dont il est question ici a permis d'estimer le taux de transmission par contact direct de porcs inoculés par le PCV2 en fonction du temps écoulé depuis l'inoculation.

 

Circulation du virus West Nile dans l'avifaune française. Bilan de sept années de surveillance
J. Hars, Marion Mortamais, Jennifer Pradel, P. Auge, Elsa Jourdain, D. Chavernac, J. Languille & H. Zeller

La fièvre de West Nile est une arbovirose dont les hôtes amplificateurs sont les oiseaux sauvages, et le cheval et l’homme des hôtes sensibles accidentels. A la suite de l’émergence de la maladie, en août 2000, chez le cheval en Petite Camargue, une enquête sérologique conduite par l’Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) sur cinq espèces d’oiseaux sauvages a permis de révéler de faibles séroprévalences chez des canards colverts (8%) et des pies bavardes (22%). Depuis 2001, un programme d’épidémiosurveillance du virus West Nile dans l’avifaune a été mis en œuvre en France. Il est fondé sur la détection, par le réseau SAGIR, de mortalité anormale chez les oiseaux sauvages et sur le suivi sérologique d’oiseaux sentinelles (canards colverts appelants et volailles) répartis sur une trentaine de sites le long de la côte méditerranéenne. Aucune mortalité anormale due au virus West Nile n’a été observée dans l’avifaune française, mais le virus a été isolé ponctuellement, pour la première fois en Europe occidentale, en 2004 en Camargue sur un moineau domestique (Passer domesticus) et une pie bavarde (Pica pica). Plusieurs séroconversions ont été observées en Camargue, particulièrement en 2004 où elles sont apparues avant l’apparition de 32 cas cliniques équins. Ceci a démontré l’intérêt de la surveillance du virus WN chez des oiseaux sentinelles comme système d’alerte précoce.

 

Les tiques jouent un rôle majeur dans la propagation des maladies vectorielles car elles peuvent transmettre de nombreux agents pathogènes (virus, bactéries, protozoaires), potentiellement dangereux pour l'animal et/ou l'Homme. La modélisation épidémiologique est un outil puissant pour tester des stratégies de maîtrise des maladies. Dans le cas des maladies vectorielles, elle nécessite de modéliser dans un premier temps la dynamique de population du vecteur, en l'occurrence la tique Ixodes ricinus. Ce travail présente le modèle développé qui permet de simuler le cycle de cette tique en fonction de facteurs biotique (densité d'hôtes) et abiotique (température). Ce modèle a ensuite été appliqué à différents habitats (zone boisée et prairie, séparées par un écotone) entre lesquels les hôtes migrent. Les résultats montrent une simulation réaliste de l'évolution des densités de tiques. De plus, les résultats du modèle multi-habitats soulignent la forte influence de la migration des hôtes entre habitats. Le bois apparaît comme une source de tiques pour la prairie, qui peut être considérée comme un puits. Ce modèle doit par la suite intégrer la propagation des agents pathogènes.

 

La néosporose est une infection des bovins reconnue au niveau mondial comme cause primaire d'avortement, aussi bien dans les élevages à viande, que dans les élevages à vocation laitière. Nous avons évalué la présence de ce protozoaire parasite dans les avortons par la méthode PCR dans les élevages de la Région du Piedmont (Italie), puis nous avons comparé les résultats obtenus avec les résultats de la sérologie pour établir la corrélation avec la séroprevalence. L'analyse PCR a été réalisée sur les tissus de 71 fœtus avortés provenant de 34 élevages à sérologie positive pour N. caninum. Nous avons mis en évidence une séroprévalence majeure au moment du vêlage dans les élevages à viande. Cette étude confirme que N.caninum est une cause importante d'avortement et que la recherche du DNA par PCR est une méthode valide pour détecter N.caninum.

 

Le Paquet Hygiène impose la transmission aux abattoirs d'informations sanitaires d'élevage d'intérêt. La connaissance du statut de contamination des animaux envoyés à l'abattoir vis-à-vis des Campylobacter spp. thermotolérants, Clostridium perfringens, Listeria monocytogenes, Salmonella enterica et Yersinia enterocolitica pourrait ainsi être envisagée. Le statut de contamination de 19 lots de porcs issus de huit élevages et abattus dans trois abattoirs du Grand Ouest a été caractérisé. Le statut de contamination d'un lot a été établi sur l'analyse bactériologique de pools de matières fécales fraîches en élevage, de pools de prélèvements individuels de contenus rectaux, de viande et d'amygdales à l'abattoir. Des différences statistiquement significatives ont été observées pour les prévalences de contamination des matières fécales entre l'élevage et l'abattoir, ainsi que pour la contamination des carcasses en fonction de l'abattoir. Le statut de contamination des carcasses est expliqué par le statut de contamination des animaux abattus, combiné au niveau de maîtrise de l'hygiène en abattoir.

 

Le traitement classique des données manquantes consiste à éliminer les observations incomplètes de l'analyse statistique, limitant ainsi sa puissance statistique. De plus, un biais de sélection peut être introduit si le sous-échantillon analysé n'est plus représentatif de l'échantillon initial. Une autre méthode consiste à attribuer des valeurs à ces données manquantes. Une revue de la méthode d'imputation multiple des données manquantes est ici présentée. Cette méthode permet de conserver toute l'information des données et d'effectuer des analyses sans perte de puissance ni introduction de biais. Une illustration de l'application de cette méthode est proposée au travers d'une étude de recherche de marqueurs de risque de la saisie des carcasses de poulets en abattoir, à partir de données collectées lors d'une enquête épidémiologique.

 

L'objectif du modèle Age-Période-Cohorte (APC) est d'attribuer à l'âge des individus, la cohorte de naissance et la période d'observation, leurs effets respectifs sur l'évolution temporelle d'une mesure ou d'un phénomène. Cependant, du fait de la relation linéaire qui lie la période, l'âge et la cohorte, l'ajustement du modèle pose problème dès lors que les trois variables sont présentes simultanément dans le modèle. En l'absence d'hypothèses quant aux effets spécifiques des variables, le modèle s'avère incapable de distinguer les effets propres de chaque facteur. Dans le cadre de notre étude, l'utilisation des données issues de la surveillance exhaustive de l'encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) permet de formuler les contraintes nécessaires à l'identification du modèle APC. L'approche Age-Période-Cohorte se révèle alors une méthode pertinente pour étudier l'évolution de la prévalence de l'ESB en France. De plus, elle permet d'aborder l'évolution de la maladie dans son contexte réglementaire et est une ouverture à l'étude d'autres variables après ajustement sur les trois principaux facteurs affectant la prévalence de l'ESB, que sont l'âge des animaux au moment du dépistage, leur cohorte de naissance et la période d'observation dans laquelle on se place.

 

En raison de la propagation de la fièvre catarrhale ovine dans la région méditerranéenne, la Suisse a mis sur pied un système d'alerte précoce dès 2003. Avec l'apparition du BTV-8 en Europe centrale en 2006, le pays est menacé non seulement par le sud mais également par le nord et le système de surveillance a, de ce fait, été étendu à l'ensemble du pays. Le programme comporte la surveillance sérologique du lait des bovins des régions à risque, la surveillance clinique renforcée de tous les animaux de rente réceptifs ainsi que la surveillance de l'activité des vecteurs. Grâce à la bonne information des détenteurs d'animaux et des vétérinaires, les premiers cas cliniques apparus en automne 2007 ont été rapidement découverts. La surveillance de bovins sentinelles par sérologie du lait s'est également avérée appropriée pour détecter les foyers cliniquement inapparents.

 

Le virus West Nile (WN) circule régulièrement sur le littoral méditerranéen français depuis sa réémergence en Camargue, en 2000. Bien que le foyer ne semble pas s'étendre, le cas d'émergence d'arboviroses dans de nouvelles contrées nous a incités à nous intéresser, en Dombes, à un des principaux vecteurs de virus WN en Camargue : Culex modestus (Ficalbi). En effet, la zone humide de la Dombes est parsemée de centaines d'étangs hébergeant les gîtes larvaires de cette espèce. De plus, située à 300 km de la Camargue, elle accueille de nombreux oiseaux migrateurs qui peuvent introduire le virus WN. Nous présentons dans cet article l'étude entomologique que nous avons menée en 2007 sur 39 étangs. Les objectifs étaient d'estimer la fréquence de Cx. modestus et de la comparer avec celle des années 70. Nous observons que Cx. modestus est très répandu (retrouvé dans plus de 80% des étangs) alors qu'il semblait l'être beaucoup moins au début des années 70 (présente dans moins de 25% des étangs). Nous discutons de la nature de ces différences (variations interannuelles ? évolution des populations ?) ainsi que des facteurs qui peuvent les expliquer. Cette étude s'intègre dans un cadre plus global consistant à étudier la bio-écologie et les facteurs déterminant la présence d'autres espèces, potentiellement vectrices d'arbovirus, qui sont également présentes dans les étangs.

 

Une enquête a été conduite dans environ 100 troupeaux caprins répartis dans les principales régions caprines françaises pour estimer la prévalence de l'infection par Mycobacterium avium paratuberculosis (Map). Dans ces troupeaux, tous les animaux de plus de six mois ont fait l'objet d'un test sérologique ELISA vis-à-vis de Map. Les prévalences apparentes et réelles ont été définies et estimées tant au niveau des troupeaux qu'au niveau individuel et intra-troupeau. La prévalence réelle des troupeaux infectés a été estimée à 57% tandis que la prévalence individuelle réelle a été estimée à 5,6% avec IC à 95% = [5,1 - 6,0] dans la population d'étude. La prévalence intra-troupeau réelle est en moyenne de 11,3%, avec un écart-type de 7,7%. Près de 50% des troupeaux infectés ont une prévalence intra-troupeau réelle supérieure à 10%. En dépit de l'absence de résultats pour une région caprine importante (Rhône-Alpes), les résultats de cette enquête montrent que l'infection par Map est largement présente dans toutes les régions et apportent les éléments épidémiologiques descriptifs préliminaires nécessaires à la mise en œuvre d'un éventuel plan de lutte contre cette maladie.

 

En 2001, alors que la France est déclarée officiellement indemne de tuberculose, le premier cas de tuberculose chez des ongulés sauvages en liberté est découvert dans la forêt de Brotonne (Seine-Maritime et Eure). Des enquêtes épidémiologiques successives mettent alors en évidence des prévalences apparentes d'infection élevées dues à une souche de M. bovis du même génotype que celui isolé dans les foyers bovins proches. L'infection étant souvent asymptomatique, le diagnostic passe par la mise en culture de ganglions rétropharyngiens, pulmonaires et mésentériques. En 2006-2007, 28,6% ± 5% des sangliers étaient porteurs de lésions d'allure tuberculeuse, majoritairement calcifiées (83,6%), dont 78% étaient localisées aux ganglions rétropharyngiens. La prévalence de l'infection était de 31% ± 5,7%. Cette valeur très élevée et stable depuis la découverte du foyer, montre que les effets des mesures mises en place ne sont pas encore visibles dans cette espèce, contrairement à ce qui a été observé chez le Cerf cette même année. Les résultats de cette étude montrent l'importance de poursuivre la surveillance de la tuberculose chez les ongulés sauvages de la forêt de Brotonne, mais aussi dans d'autres sites du territoire français, plus particulièrement là où la maladie n'est pas encore totalement éradiquée dans les cheptels bovins.