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Réduire l’utilisation des antibiotiques en élevage suppose, pour obtenir une adhésion volontaire efficace aux mesures et objectifs de réduction (dans le cadre du plan ecoantibio 2017 notamment), de disposer d’un argumentaire valide sur l’impact attendu du changement des pratiques ciblées. Or il est peu aisé de conduire des essais cliniques randomisés pour estimer l’impact de ces pratiques et l’anticiper le cas échéant. Une approche par score de propension sur des données observationnelles a donc été appliquée, afin de déterminer si les traitements antibiotiques préventifs précoces en élevage de poulets de chair avaient une incidence positive sur les performances techniques et sanitaires des lots étudiés. L’analyse explicitée dans le présent article n’a pas permis d’identifier un intérêt significatif de la pratique étudiée sur la mortalité totale ou à 7 jours, la croissance, le taux de saisie ou le nombre de traitements antibiotiques ultérieurs.

 

Une enquête a été réalisée dans 143 élevages naisseurs-engraisseurs afin d’identifier les facteurs non infectieux associés à la pneumonie et à la pleurésie chez les porcs en fin d’engraissement. Pour chaque élevage, la pneumonie et la pleurésie ont été notées, à l’abattoir, sur 30 porcs d’un lot. Préalablement à cet examen lésionnel, une visite en élevage a permis de collecter les données relatives à la conduite et aux pratiques d’élevage et aux conditions de logement des porcs au moyen de questionnaires. Les conditions climatiques ont été mesurées dans la salle de post-sevrage et la salle d’engraissement contenant les porcs faisant l’objet d’une notation des lésions pulmonaires. Les élevages ont été classés en trois catégories selon la note médiane de pneumonie du lot (classe 1 : <=0,5 ; classe 2 : 0,5<note<=3,75 ; classe 3 : >3,75). Un élevage a été considéré affecté par de la pleurésie étendue lorsqu’au moins un porc présentait une note >= 3 (notation sur 4 points). Deux modèles de régression logistique ont été élaborés pour identifier les facteurs associés aux lésions pulmonaires, l’un prenant pour variable d’intérêt la pneumonie, l’autre la pleurésie étendue. Un intervalle entre les bandes de porcs de moins de quatre semaines (odds ratio (OR)=4,5 ; intervalle de confiance à 95 % (IC 95 %) : 1,5-13,6), les salles d’engraissement de grande taille (OR=4,3 ; IC 95 % : 1,6-11,6) et une concentration élevée en CO 2 (OR=4,2 ; IC 95 % : 1,6-11,3) en engraissement sont significativement associés à la classe 2 de pneumonie. Ces facteurs sont associés à la classe 3, auxquels s’ajoute la modalité d’introduction de l’air en post- sevrage (OR=5,1 ; IC 95 % : 1,4-18,8). Une plage de ventilation courte (OR=2,7 ; IC 95 % : 1,2-5,9) et l’absence de traitement insecticide en maternité (OR=2,7 ; IC 95 % : 1,2-5,8), une section des queues après 1,5 jour de vie (OR=2,6 ; IC 95 % : 1,2-5,7) et une castration après 14 jours d’âge (OR=2,7 ; IC 95 % : 1,1-6,8) sont associés à de la pleurésie étendue. Une température inférieure à 23°C en engraissement (OR=3,0 ; IC 95 % : 1,3-6,8) et une taille d’élevage supérieure à 200 truies (OR=3,1 ; IC 95 % : 1,4-6,9) augmentent significativement la probabilité qu’un lot présente au moins un porc atteint de pleurésie étendue.

 

La France, officiellement indemne de tuberculose bovine depuis 2001, est actuellement caractérisée par une faible prévalence générale avec des foyers bovins localisés à certaines zones du territoire et des foyers sauvages identifiés chez les sangliers, les blaireaux et les cervidés à proximité des foyers bovins. Un dispositif national de surveillance de l’infection à M. bovis dans la faune sauvage, nommé Sylvatub, a été mis en place par le Ministère en charge de l’Agriculture en 2011, reposant sur des activités de surveillance événementielle et/ou programmée selon une analyse de risque locale. Toutefois, la surveillance de la faune sauvage est contrainte par des difficultés particulières et nécessite un investissement humain, financier et matériel considérable. Une méthode d’évaluation du dispositif Sylvatub est proposée, afin d’évaluer la sensibilité, la spécificité et les coûts de chacune des activités de surveillance et du dispositif dans son ensemble, et d’identifier des stratégies de surveillance optimales en termes de ratio coût-efficacité. La méthode présentée est une méthode d’évaluation quantitative, reposant sur la modélisation stochastique de probabilités de détection de l’infection à M. bovis chez certaines espèces sauvages en France, au travers d’arbres de scénarios.

 

M. Andraud, Marine Dumarest, L. Cariolet, Elodie Barnaud, F. Eono, Nicole Pavio & N. Rose

L’hépatite E est une zoonose dont l’espèce porcine est considérée comme principal réservoir dans les pays industrialisés. Un essai expérimental de transmission a été mis en place afin d’étudier les principales caractéristiques de l’infection par le virus de l’hépatite E chez le porc. Un modèle mathématique prenant en compte trois voies de transmission a permis de quantifier la transmission en fonction de la structure de contact entre les animaux (contacts directs et indirects) ainsi que le rôle joué par l’environnement dans le processus infectieux. Les résultats obtenus montrent que la transmission par contact direct peut être un facteur de persistance de l’infection en élevage porcin avec un nombre de reproduction partiel estimé à 1,06 [0,25 ; 2,13]. Cependant, cette voie de transmission seule ne permet pas d’expliquer les fortes prévalences observées en élevage, qui sont plus vraisemblablement dues à la persistance du virus dans l’environnement et une contamination par voie oro-fécale.

 

D. Sutter, S. Bruhn, Hansueli Ochs, J. Danuser, Barbara Thür, Christina Nathues & L. Perler

Le virus du SDRP, introduit en Suisse par l’importation de sperme frais de verrats contaminé, a pu être éradiqué avant l’apparition des premiers symptômes. Le système d’alerte dicté par les mesures préventives a permis la mise en place très rapide des mesures de lutte. La mise sous séquestre des exploitations suspectes et l’analyse de 9 500 échantillons de sang ont empêché la propagation de ce virus en Suisse.

 

Anne Praud, Barbara Dufour, Laurence Meyer & B. Garin-Bastuji

L’étude et le choix des stratégies décisionnelles en santé animale nécessitent de disposer d’informations sur l’efficacité des outils disponibles, qu’il s’agisse d’un test unique, d’une association de plusieurs tests ou d’un ensemble de critères cliniques et épidémiologiques. Lorsqu’il existe une référence permettant de connaître le statut infectieux des individus étudiés, l’estimation des caractéristiques des tests peut être effectuée de manière directe. En santé animale, il est toutefois fréquent de ne pas disposer de cette information, lorsqu’aucun test ne référence n’est disponible ou lorsqu’il n’a pas pu être mis en œuvre, pour des raisons pratiques, économiques ou éthiques. Dans ce cas, l’étude des tests requiert l’utilisation de méthodes statistiques adaptées, telles l’utilisation de modèles à classe latente implémentés par une approche bayésienne.

 

E. Petit, Claire Pelletier & V. Robergeot

Dans le département de Saône-et-Loire les premiers foyers cliniques de maladie de Schmallenberg déclarés en 2012 se situaient surtout à l’est et au nord du département, alors que la majeure partie des populations bovine et ovine occupe le sud-ouest. Afin d’évaluer l’étendue de la circulation virale et de la protection immunitaire du cheptel dans le département, une enquête de séroprévalence a été menée sur cinq zones identifiées à partir des déclarations de cas cliniques. La base de sondage était constituée des prélèvements de la prophylaxie de l’I.B.R réalisée lors de l’hiver 2011 2012 et a servi à un sondage en grappes visant à estimer une prévalence bovine. Au total, 343 élevages ont été analysés sur un échantillon de 5 individus par le Laboratoire départemental d'analyses de Saône-et-Loire. Les séroprévalences estimées dans chaque zone montrent des différences en partie significatives allant de 5 % pour la zone sans cas déclaré à 79 % pour la zone est, montrant ainsi, d’une part, une bonne corrélation entre les déclarations cliniques et la séroprévalence et, d’autre part, l’hétérogénéité de la circulation virale à l’échelle du département. L’analyse des distributions des résultats d’échantillons par les méthodes proposées par Auvigne et Petit indique globalement quatre niveaux de prévalence intracheptel différents. Les résultats de ces deux méthodes sont discutés.

 

Ariane Payne, Lucie Millet, J. Hars, Barbara Dufour & Emmanuelle Gilot-Fromont

La Côte-d’Or connaît une recrudescence de la tuberculose bovine qui circule au sein d’un système multi-hôtes impliquant des espèces sauvages notamment blaireaux et sangliers qui peuvent constituer un réservoir de l’infection et entraver l’assainissement des cheptels. Un suivi télémétrique de 10 blaireaux et 11 sangliers a été entrepris en zone infectée entre août 2011 et décembre 2012 afin de quantifier les contacts indirects entre ces individus et les bovins, pouvant conduire à la transmission interspécifique de M. bovis. Pour chaque animal suivi, le nombre de localisations par nuit dans les pâtures et la surface des pâtures incluse dans le domaine vital par mois ont été calculés. Les résultats montrent une variabilité importante qui a été analysée par des modèles linéaires généralisés mixtes en testant l’effet de différentes variables. Ainsi, la distance entre le terrier et la pâture pour le blaireau et la proportion de pâture disponible pour le sanglier sont des facteurs déterminants de l’utilisation des pâtures. Chez le blaireau, le printemps est plus propice que les autres périodes à la fréquentation des pâtures et ce d’autant plus que les températures quotidiennes sont basses. Les sangliers utilisent les pâtures surtout en été et beaucoup moins en hiver sauf par temps doux et humide lorsque les lombrics sont facilement accessibles. Associés à la connaissance du taux d’infection, des conditions de rémanence de M. bovis dans l’environnement et aux densités des populations sauvages étudiées, ces résultats fournissent des éléments permettant de mieux évaluer le risque de transmission de la tuberculose bovine entre ces espèces sauvages et les bovins.

 

V. Auvigne & L. Léger

La typologie est une technique statistique d’analyse de données qui vise à regrouper les individus étudiés en types, ou catégories, en fonction de leur ressemblance sur un ensemble de variables. C’est un outil adapté à l'étude de réalités complexes. L’objet de cette communication est de présenter une application de cette technique à un cas d’analyse de résultats de profils sérologiques, constitués de cinq analyses spécifiques de sérotype d’un agent infectieux (ELISA vis-à-vis de cinq antigènes d’E. coli chez le porc). La procédure d’analyses de données consiste en une analyse en composantes principales suivie d’une classification hiérarchique ascendante. Les groupes sont décrits et la signification biologique de la typologie discutée. L’intérêt de cette approche est discuté. La typologie peut en particulier être un outil intéressant au service du dialogue entre épidémiologiste et praticien car elle combine rigueur statistique et approche centrée sur l’individu. Elle peut également être la base d’outils d’aide au diagnostic.

 

Stéphanie Bougeard, Coralie Lupo, Claire Chauvin, Christelle Fablet, S. Dray & N. Rose

L’objectif de cet article est d’illustrer la démarche de développement de méthodes statistiques en vue de leur application. Un exemple est proposé pour le développement de méthodes de régression multi-bloc à variables latentes appliquées aux données d’épidémiologie animale. Les différentes étapes de cette démarche sont illustrées : la mise en place du cahier des charges auquel ces méthodes doivent répondre, le développement méthodologique, le développement d’indices et de graphes d’aide à l’interprétation, la phase de test avec l’application à de nombreux jeux de données et enfin le développement d’un package sur le logiciel libre R permettant un accès aisé pour tous à ces méthodes. Une illustration à partir d’une méthode de régression multi-bloc, ainsi que de son mode d’utilisation par le package R développé, est proposée sur des données d’épidémiologie analytique dont l’objectif est de déterminer les facteurs de risque des pertes (mortalité et saisies) dans la filière poulet de chair.

 

C. Viarouge, Corinne Sailleau, G. Rives, Alexandra Desprat, E. Bréard, Manuelle Miller, X. Baudrimont, R. Lancelot, D. Vitour & S. Zientara

En Guyane, la séroprévalence du virus de la fièvre catarrhale ovine (FCO) est élevée mais les sérotypes qui circulent dans ce département n’ont jamais été déterminés avec précision. Aucune donnée n’est disponible en ce qui concerne la prévalence du virus de la maladie hémorragique épizootique (EHD). Dans ce contexte, un protocole d’étude, visant à déterminer l’identité des sérotypes d’Orbivirus présents en Guyane, a été mis en place depuis 2011. Entre juin et août 2011, les sangs et sérums de 122 bovins âgés de 6 à 12 mois ont été prélevés et analysés par ELISA et RT-PCR. De plus, en juillet 2011 et février 2012 respectivement, des ovins et caprins présentant des signes cliniques évocateurs de la FCO et des ovins récemment importés de France métropolitaine ont fait l’objet des mêmes analyses. Les résultats ont confirmé une circulation virale intense (viro- et séroprévalence respectivement de 85 % et 84 % pour la FCO et de 60 % et 40 % pour l'EHD). Les virus de la FCO de sérotypes 1, 2, 6, 10, 12, 13, 17 et 24 ont été identifiés ainsi que les sérotypes 1 et 6 de l’EHDV. La présence d'un grand nombre de sérotypes des virus de la FCO et de l’EHD dans les Iles Caraïbes et en Amérique centrale et du sud montre qu'il est important de surveiller et contrôler les échanges d'animaux entre ces régions.

 

Kamila Gorna, Evelyne Houndjè, Aurore Romey, A. Relmy, Sandra Blaise-Boisseleau, M. Kpodékon, C. Saegerman, F. Moutou, S. Zientara & L. Bakkali Kassimi

Cette étude décrit l’isolement et la caractérisation du virus de la fièvre aphteuse circulant au Bénin entre juin et août 2010. Dans ce but, 77 échantillons de tissus épithéliaux, collectés dans trois départements du nord du Bénin ont été analysés. Le virus de la fièvre aphteuse a été isolé à partir de 42 échantillons. 33 isolats ont été identifiés comme appartenant au sérotype O et 9 au sérotype A. L'analyse phylogénétique a permis d’identifier deux groupes différents d’isolats de type O et un seul groupe d’isolats de type A. La comparaison avec les séquences disponibles dans la base de données GenBank a mis en évidence une relation étroite entre les isolats du Bénin et les souches de topotype O de l'Afrique de l’Ouest et de topotype africain A de génotype VI. La caractérisation des souches circulantes dans cette région devrait contribuer à une meilleure sélection des souches vaccinales et permettre également la mise à jour des données d'épidémiologie moléculaire disponibles.

 

B. Toma

Dans de nombreux pays développés où l’élevage porcin est important au cours de la seconde moitié du 20ème siècle, la maladie d’Aujeszky s’est hissée aux premiers rangs de la pathologie porcine. Des programmes nationaux de lutte contre cette maladie ont permis de la maîtriser dans la filière porcine de la plupart de ces pays. Cependant, parallèlement à l’amélioration de la situation épidémiologique de la maladie dans les élevages de porcs, une circulation silencieuse du virus chez les porcs sauvages ou les sangliers a été détectée dans la plupart de ces mêmes pays et semble souvent en progression et/ou en extension. Cet article illustre les difficultés rencontrées au cours du 20ème siècle pour l’identification du réservoir véritable de cette maladie transmissible, son évolution, conditionnée notamment par des actions de l’Homme en élevage porcin et sur la faune sauvage, ainsi que les conséquences induites par le changement de statut du réservoir porcin, de domestique à sauvage, sur l’épidémiosurveillance et sur les mesures de prophylaxie de cette maladie.