Barbara Dufour

 

N. Keck, J-L Moyen, E. Gueneau & Maria-Laura Boschiroli

L’émergence de foyers de tuberculose dans certaines zones géographiques a rendu nécessaire le renforcement des mesures de surveillance et de gestion. Celles-ci doivent reposer sur des méthodes de dépistage dans les élevages et de diagnostic post-mortem adaptées. Certaines caractéristiques épidémiologiques, pathogéniques et immunologiques de la maladie limitent cependant les performances des tests disponibles. Une détection précoce de l’infection chez les animaux vivants est possible par des tests fondés sur la détection d’une immunité cellulaire (IMC). L’utilisation d’antigènes spécifiques des mycobactéries du complexe de M. tuberculosis a renforcé la spécificité de ces tests, qui reste néanmoins à améliorer. Le dosage des anticorps est généralement considéré comme peu sensible mais pourrait permettre d’améliorer la sensibilité du dépistage pour certaines catégories d’animaux non dépistées par les tests IMC, notamment ceux considérés comme anergiques. Le diagnostic de la maladie à partir d’échantillons prélevés à l’abattoir associe désormais des techniques moléculaires au diagnostic bactériologique et histologique pour améliorer la sensibilité du diagnostic et réduire le délai d’analyse. Le dépistage/diagnostic de la tuberculose bovine représente un challenge permanent et évolutif, du fait qu’aucun test n’est capable de détecter tous les cheptels infectés ou tous les animaux infectés d’un foyer, et que leurs performances varient notablement selon le contexte épidémiologique. Par ailleurs, les différents tests détectent l’infection à des stades évolutifs variés, ce qui peut entraîner des résultats contradictoires. Il est donc nécessaire d’associer les tests entre eux afin d’élaborer des schémas diagnostiques adaptés, soit pour améliorer la sensibilité de détection des animaux infectés (utilisation en parallèle), soit pour améliorer la spécificité (utilisation en série). Les conditions de cette association et la façon dont les résultats sont interprétés dans le cadre des mesures de gestion, doivent être définies sur la base de données scientifiques obtenues dans diverses situations épidémiologiques. L’évolution technologique et la diminution du coût d’accès à certaines techniques de pointe ou alternatives offrent des perspectives intéressantes pour le futur, qui seront évaluées par certaines actions de recherche. Ceci permettra de faire évoluer les schémas diagnostiques et d’adapter le réseau des laboratoires à ces évolutions.

 

Aurélie Courcoul, J-L. Moyen, Laure Brugère, Sandy Faye, Sylvie Hénault, Hélène Gares & Maria-Laura Boschiroli

La culture bactérienne et l'histopathologie sont actuellement les tests officiels les plus utilisés dans l'Union Européenne pour confirmer le diagnostic de tuberculose bovine sur un animal suspect. La PCR est également employée car elle permet d'obtenir un diagnostic rapide ; pourtant, ses caractéristiques n'ont pas été évaluées dans les conditions de terrain. L'objectif de notre travail était donc d'estimer et de comparer les sensibilités et spécificités de la culture bactérienne, l'histopathologie et la PCR dans les conditions d'utilisation françaises. Cinq mille deux cent onze animaux abattus entre 2008 et 2012 et analysés par culture bactérienne et PCR (kit PCR LSI VetMAX™ Mycobacterium tuberculosis Complex, Life Technologies®) ont été inclus dans l’étude. Six cent quatre-vingt-dix-sept d'entre eux ont également fait l'objet d'un examen histopathologique. Afin d'estimer les caractéristiques de ces trois tests, une analyse par classe latente a été mise en œuvre dans un cadre bayésien prenant en compte la dépendance entre la PCR et la culture. La sensibilité de la PCR estimée par notre modèle était supérieure à celle de la culture bactérienne (en moyenne 87,7 % [82,5-92,3 %] pour la PCR contre 78,1 % [72,9-82,8 %] pour la culture). La spécificité des deux tests était très bonne (en moyenne 97,0 % pour la PCR [94,3-99,0 %] et 99,1 % pour la culture [97,1-100 %]). Nos résultats ont montré que l'histopathologie était au moins aussi sensible que la PCR (en moyenne 93,6 % [89,9-96,9 %]) mais moins spécifique que les deux autres tests (en moyenne 83,3 % [78,7-87,6 %]). D'après ces résultats, la PCR pourrait donc être utilisée en remplacement de la culture bactérienne comme test de confirmation de la tuberculose bovine à partir de prélèvements d'animaux suspects.

 

Anne Praud & Barbara Dufour

L’objectif de cette étude était de comparer l’efficacité du protocole de dépistage de la tuberculose bovine en cas de suspicion et intégrant le dosage de l’interféron gamma (IFN), appliqué entre 2009 et 2012 en Côte-d’Or, au protocole utilisant uniquement les intradermotuberculinations simple (IDS) et comparative (IDC), recommandé par la réglementation européenne. Les sensibilités des trois tests ont été estimées à l’aide d’un modèle à classe latente implémenté par approche bayésienne. Par la suite, les sensibilités des deux associations en série ont été estimées à partir des résultats obtenus par approche bayésienne. La sensibilité du protocole IDC-IFN et la sensibilité du protocole IDS-IDC n’étaient pas significativement différentes. Aucun excès de risque lié à l’utilisation du protocole mis en œuvre en Côte-d’Or n’a pu être mis en évidence. Etant donné les conditions très particulières de cette étude, il importe néanmoins de rester extrêmement précautionneux quant à l’interprétation de ces résultats.

 

J-L. Moyen, E. Gueneau, N. Keck, Hélène Gares & Maria-Laura Boschiroli

Le diagnostic indirect de la tuberculose bovine repose essentiellement sur les intradermotuberculinations (IDT). Les IDT présentent de bonnes caractéristiques intrinsèques, qui peuvent néanmoins être significativement dégradées par les conditions de réalisation et des réactions croisées. Le test de dosage de l’interféron gamma (IFN) est pénalisé par une logistique lourde et un coût élevé ce qui en réserve l’utilisation à des contextes particuliers. La sérologie, largement employée dans la prophylaxie de nombreuses maladies animales, est rapide, pratique et économique. Son emploi en cheptel allaitant ou dans les races de taureaux de combat est beaucoup plus simple que les IDT qui exigent deux interventions à trois jours d’intervalle. Cependant, la sensibilité plus faible pour le diagnostic des infections par les mycobactéries et le délai parfois très long d’apparition des anticorps limitaient considérablement les conditions dans lesquelles la sérologie pouvait être employée. L’arrivée de nouveaux antigènes, spécifiques des mycobactéries du complexe de M. tuberculosis (MTC), a permis la mise au point d’outils sérologiques prometteurs. Les premiers essais réalisés dans différents pays où la tuberculose bovine est présente de façon enzootique ont donné de bons résultats (Se : 60-90 %). Ceci a conduit à mener de premières évaluations « terrain » en France d’un kit sérologique commercial (Idexx). Des essais de spécificité et de sensibilité ont été menés en Camargue, en Côte-d’Or et en Dordogne. Le taux de spécificité est bon et homogène entre les différentes races, régions et laboratoires (96,9 à 99,7 %). La sensibilité, acceptable dans des cheptels Camarguais anciennement infectés (environ 50 %), est mauvaise en races allaitantes ou laitières (0 à 30 %). Ces résultats décevants contrastent fortement avec ceux obtenus dans d’autres pays. La prévalence intra-cheptel, généralement très faible en France, associée à la détection souvent précoce des foyers pourrait expliquer cette forte différence de valeur intrinsèque. D’autres essais sur des animaux préalablement tuberculinés ont été réalisés pour évaluer l’intérêt d’une éventuelle réaction anamnestique en vue d’améliorer la sensibilité du test. Les résultats de ces essais, encore peu nombreux, sont encourageants (Se : 50-60 %) et proches de ceux obtenus dans d’autres pays pour un usage similaire. Ils doivent néanmoins être confirmés et validés sur un effectif plus important. La sérologie pourrait ainsi être utilisée sur des animaux préalablement tuberculinés, comme outil complémentaire aux tests à médiation cellulaire afin d’augmenter la sensibilité de détection des animaux infectés, notamment des anergiques.

 

J-J. Bénet & Barbara Dufour

Des études épidémiologiques réalisées par des stagiaires ont été conduites au cours des 10 dernières années à partir des données produites par la lutte contre la tuberculose bovine en France. Le premier type d’étude, descriptif, a permis de confirmer la perception des acteurs locaux, à savoir le faible nombre de bovins atteints par foyer (au maximum trois dans 71 % des cas après découverte d’un animal porteur de lésion à l’abattoir, ou dans 66 % des cas lors de détection par une intradermotuberculination). Mais, l’exploitation de données collectées en 1988 a révélé que les pourcentages correspondants n’étaient pas notablement différents. La répartition géographique était localisée à des zones où certains facteurs de risque ont pu être mis en évidence (nombre d’animaux par élevage ; âge des animaux à la réforme ; parcellisation des pâtures). Le deuxième type d’étude portait sur la qualité des tests de dépistage. Les sensibilités de l’IDS et de l’IDC à l’échelle des troupeaux ont été calculées en tenant compte de la fréquence des élevages ne comportant qu’un ou deux animaux infectés : respectivement à 0,95 et 0,90. De très grandes différences selon les départements ont pu être observées dans les taux de troupeaux dans lesquels au moins un bovin présentait une réaction non spécifique à la tuberculination, de 5 % à 40 %, voire plus. Elles correspondaient à des différences minimes de spécificité individuelle (entre 0,993 et 0,9997), la taille des troupeaux amplifiant considérablement leur effet. Le troisième type d’étude a permis de comparer des matériels d’injection de tuberculine et de légitimer l’usage de nouvelles seringues en remplacement de la seringue traditionnelle. Un protocole substitutif à la mesure du pli de peau avant injection a été étudié (mesure à J3 soit en avant, soit de l’autre côté de l’encolure) : le changement de site introduit une variabilité supplémentaire, qui a eu pour effet de modifier le résultat pour six des 19 bovins utilisés. Cette étude devra être poursuivie. La discussion permet de souligner les conséquences de ces observations du point de vue de la conception de la lutte.

 

Amandine Hauer, T. Cochard, Krystel de Cruz, Claudine Karoui, Sylvie Hénault, F. Biet & Maria-Laura Boschiroli

Le génotypage de souches de Mycobacterium bovis, la bactérie responsable de la tuberculose chez les mammifères, apporte des données précieuses en permettant d’étudier la dynamique de cette zoonose et de mieux comprendre sa nature complexe. Les génotypes de la collection complète de souches, provenant d’animaux sauvages et de rente, de M. bovis françaises, répertoriées de 1978 à 2011, ont été obtenus par spoligoypage et typage VNTR. Des fluctuations dans la variabilité génétique du bacille au cours du temps et en fonction de la zone géographique étudiée ont été constatées, avec une diminution de la diversité génétique des souches ces dix dernières années. Cependant certaines souches persistent au cours du temps et sont réparties sur l’ensemble du territoire. Trois types de souches représentent plus de 50 % de la totalité des M. bovis françaises : SB0120, SB0134 et la famille F4. Leur typage VNTR permet de mettre en lumière leur grande diversité et la forte régionalisation de certains types. Par ailleurs, la connaissance approfondie du génotype a permis d’identifier des souches régionalisées infectant de manière indifférenciée aussi bien la faune sauvage que les animaux de rente. Ce constat prouve la capacité des souches à proliférer au sein d’un système multi-hôtes. En conclusion, les outils de caractérisation moléculaire de la tuberculose bovine sont d’une très grande utilité pour compléter les approches épidémiologiques conventionnelles. Ils permettent d’améliorer le suivi des foyers, d’orienter la mise en place de nouveaux schémas de surveillance mais également d’évaluer l’efficacité des programmes de contrôle.

 

M. El Amine Bekara, Lamiae Azizi, J-J. Bénet & B. Durand

L’objectif de ce travail est de décrire l’évolution de la distribution de la tuberculose bovine en France, dans le temps et dans l’espace entre 1965 et 2000 et d’étudier la relation entre cette évolution et l’évolution des structures et des pratiques d’élevage, parallèlement à celle des mesures de détection et de contrôle. Un modèle spatio-temporel hiérarchique Bayésien a été utilisé pour réaliser cette étude. Les résultats montrent l’existence d’un sur-risque dans la partie sud de la France pendant la période d’étude. Quatre facteurs ont été associés à un risque élevé d’incidence de la tuberculose bovine : la taille des élevages, le pourcentage de la surface toujours en herbe dans la surface agricole utilisée dans le département, la densité d’élevages bovins et le pourcentage des vaches laitières. Ces résultats suggèrent que la professionnalisation et la spécialisation des élevages bovins ont joué un rôle dans la réduction du risque de la tuberculose bovine en France entre 1965 et 2000.

 

Laure Dommergues, Séverine Rautureau, E. Petit & Barbara Dufour

La France a obtenu le statut officiellement indemne de tuberculose bovine en 2001. Depuis, la Côte-d’Or a fait face à une recrudescence du nombre de foyers qui ont été attribués à une contamination par le voisinage dans 35 % des cas. Le but de cette étude était de décrire finement les facteurs de risque du voisinage dans une zone infectée de tuberculose bovine, à partir d’une enquête de terrain et en utilisant la méthode d’analyse des réseaux sociaux. Tous les contacts ne présentant pas le même risque pour la transmission de la tuberculose, une pondération a été effectuée. Dans la zone, 95 % des contacts étaient explicables par des contacts directs au pâturage, ou indirects via des blaireaux ou des sangliers. Les différentes modalités de contacts n’étaient pas indépendantes entre elles et aucune ne pouvait expliquer à elle seule les contacts de voisinage d’une exploitation, ce qui conduit à devoir envisager la mise en œuvre simultanée de plusieurs mesures de lutte dans les exploitations.

 

Aurore Palisson, J-J. Bénet & B. Durand

La France est reconnue officiellement indemne de tuberculose bovine (TB) depuis 2001. Cependant, environ 100 cas par an sont détectés, certains suite à l’introduction de bovins infectés. Une étude de cohorte rétrospective a été utilisée pour quantifier le risque pour un cheptel d’être infecté suite à l’introduction de bovins provenant de futurs foyers de TB. Le risque que représentait un bovin acheté a été estimé selon le temps qu’il a passé dans le futur foyer, ainsi que le délai entre la vente de ce bovin et la détection de l’infection chez le vendeur. L’achat de bovins détenus par de futurs foyers durant la 6ème ou la 1ère année précédant la détection de l’infection, est apparu comme un facteur de risque avec des OR ajustés de 2,89 [1,54-5,44] et 4,44 [1,01-19,54] respectivement. Ces résultats sont cohérents avec la pathogénie de la maladie. On peut observer une contamination forte et les animaux les plus à risque seront ceux détenus durant l’année précédant la détection. Au contraire, on peut observer une évolution à bas-bruit avec des animaux infectés six ans avant la détection de la maladie.

 

Elodie Barbier & A. Hartmann

Depuis les années 2000, en Côte-d’Or, on assiste à une recrudescence des cas de tuberculose à Mycobacterium bovis dans les cheptels bovins, associée à une contamination de la faune sauvage à proximité des élevages contaminés. Dans certaines zones du département, la faune sauvage infectée serait impliquée dans le retour de la maladie aux bovins. La transmission indirecte de la maladie par l’environnement semblerait une voie importante de la contamination entre faune sauvage et domestique. Afin d’évaluer la prévalence de M. bovis dans l’environnement et d’évaluer le rôle de l’environnement dans la transmission indirecte de la maladie, nous avons développé des outils moléculaires de détection adaptés aux matrices environnementales complexes (sol, eau, matières fécales). Ces outils à la fois spécifiques et sensibles nous ont permis d’analyser de nombreux prélèvements réalisés en 2013. Seuls deux échantillons de sol se sont révélés faiblement positifs.

 

Ariane Payne, J. Hars, Céline Fossot, Élodie Barbier, A. Hartmann, Maria-Laura Boschiroli, É. Guéneau, Barbara Dufour & Émmanuelle Gilot-Fromont

Mycobacterium bovis peut être transmis à des populations sauvages variées dont certaines peuvent entretenir l’infection et/ou la retransmettre aux cheptels bovins, pouvant empêcher leur assainissement. En Côte-d’Or, la tuberculose bovine, en recrudescence depuis plusieurs années chez les bovins, circule également dans le compartiment sauvage composé sur ce site de blaireaux, sangliers, cerfs et renards. Afin d’établir leur statut épidémiologique et d’évaluer dans quelle mesure ces populations pouvaient constituer une source d’infection pour les bovins, nous avons estimé différents facteurs de risque : les niveaux d’infection et d’excrétion, les niveaux de densité et le niveau de contact avec les bovins. Ici nous décrivons particulièrement l’estimation de la capacité d’excrétion et du niveau de contact par suivi de sites d’élevage. Nos résultats suggèrent qu’en Côte-d’Or, les trois populations ayant le rôle le plus important et aptes à retransmettre l’infection aux bovins sont le blaireau, le sanglier et le cerf, mais d’autres études sont encore nécessaires pour confirmer ces hypothèses et savoir si certaines espèces peuvent entretenir l’infection de façon autonome. En outre, elles pourraient, conjointement, constituer une communauté d’hôtes réservoir.

 

Céline Richomme, Mariana Boadella, Aurélie Courcoul, B. Durand, A. Drapeau, Y. Corde, J. Hars, Ariane Payne, A. Fediaevsky & Maria Laura Boschiroli

Le sanglier (Sus scrofa) est de plus en plus considéré comme un acteur important à prendre en compte dans l'épidémiologie de la tuberculose bovine (TB) ; le suivi de la TB chez cette espèce revêt alors un enjeu important pour établir des programmes globaux de lutte contre cette maladie. Afin d’estimer en France l'exposition des sangliers sauvages au complexe Mycobacterium tuberculosis (MTC), un ELISA fondé sur un dérivé de protéine bovine purifiée (PPD) a été utilisé pour tester une sérothèque de 2 080 échantillons provenant d’animaux prélevés à la chasse dans 58 départements entre 2000 et 2010. Deux valeurs seuils ont été utilisées pour l'interprétation diagnostique : le seuil de 0,2, recommandé par le fabricant (spécificité : 96,4 % ; sensibilité : 72,6 %) et le seuil de 0,5 (spécificité : 100 % ; sensibilité : 65 %). Une bonne cohérence spatio-temporelle entre les sangliers séropositifs et les foyers de TB chez les bovins est mise en évidence, en particulier à la valeur seuil de 0,5 (la distance moyenne entre un foyer bovin et les sangliers séropositifs les plus proches étant de 13 km). Au-delà de permettre une première description de la séroprévalence globale et de la répartition géographique de l’exposition au MTC des sangliers en France, nos résultats suggèrent que le test ELISA peut être utilisé à une échelle populationnelle comme un premier outil de surveillance de la TB chez les sangliers, suivi d’éventuelles investigations complémentaires combinant examens lésionnels et culture.