Barbara Dufour

 

 

Pradier Sophie, Legrand Loïc, d’Ablon Xavier, Corbière Fabien, Paul Mathilde, Daix Charlène, Couroucé-Malblanc Anne & Marcillaud-Pitel Christel

Dans le cadre du sous-réseau SRA-Gourme (Syndrome respiratoire aigu) du RESPE (Réseau d’épidémio-surveillance en pathologie équine), chargé de la surveillance de la grippe, des infections à herpès virus équins (HVE) 1 et 4, de l’artérite virale et de la gourme équines, les vétérinaires sentinelles peuvent déclarer de façon volontaire un ou plusieurs cas de SRA sur la base d’une suspicion clinique (fièvre associée à un jetage et/ou de la toux). Les objectifs de cette étude sont de décrire ces cas déclarés de 2006 à 2013 et de caractériser les cas confirmés de grippe et d’infections à HVE 1-4 par rapport aux autres cas de SRA. Mille trois cent soixante-huit équidés atteints de SRA ont été déclarés au RESPE pendant la période d’étude et sur les 911 équidés pouvant être inclus dans l’analyse statistique, 8,8 % sont des cas confirmés de grippe et 10,1 % des cas confirmés d’infections à HVE 1-4. L’absence de toux constituerait un critère clinique intéressant pour caractériser un cas confirmé d’infections à HVE 1-4 par rapport aux autres cas de SRA.

 

Masson Claire, Maurin Max, Caspar Yvan & Bicout Dominique J.

La tularémie est classiquement considérée comme une zoonose de l’hémisphère Nord. Cette maladie est considérée comme ré-émergente à l’échelle mondiale, et émergente dans certains pays. De nombreux animaux sauvages, certains arthropodes vecteurs et certains environnements terrestres ou aquatiques sont impliqués dans le cycle de transmission de Francisella tularensis, mais les réservoirs naturels de ce pathogène demeurent encore partiellement inconnus. L’objectif de cette étude était de construire une matrice de relations entre les formes cliniques des cas humains de tularémie en France et les expositions à risque relevées chez les patients correspondants, afin d’identifier les déterminants environnementaux de ces infections. La motivation à terme de ce travail serait de construire des cartes de risque de transmission et d’identifier les cycles de transmission de F. tularensis dans chaque département en France.

 

Rose Nicolas, Andraud Mathieu, Blanchard Yannick & Grasland Béatrice

Les conséquences d’une introduction dans une zone à forte densité porcine (Bretagne) d’un nouveau variant de virus de la Diarrhée épizootique porcine (DEP) présentant les caractéristiques épidémiologiques des virus hyper-pathogènes circulant aux Etats-Unis ont été évaluées selon une approche par modélisation. Un modèle stochastique, individu-centré de propagation spatio-temporelle a été construit pour simuler la diffusion du virus dans la zone géographique. Les données de localisation géographique, type et taille d’élevage, mouvements d’animaux entre les troupeaux et fréquence de contacts avec les différents types de véhicules fréquentant les élevages, ont été utilisées pour le paramétrage. Le modèle a été développé en utilisant l’interface NAADSM (North American Animal Disease Spread Model). La structure du modèle infectieux repose sur une architecture de type SEIRS dont les probabilités de transitions sont gouvernées par des paramètres dérivés de la littérature et des rapports récents disponibles aux Etats-Unis et au Canada portant sur les souches hyper-virulentes. L’impact de différentes combinaisons de mesures de maîtrise a également été étudié (suppression des mouvements d’animaux pour les élevages situés dans un rayon de 2 km autour d’un élevage reconnu infecté, augmentation du niveau de biosécurité externe, mesures d’abattage systématique). Les simulations montrent qu’en l’absence de mesures de maîtrise, une épizootie importante serait observée avec des caractéristiques similaires, en termes de vitesse de propagation puis de persistance, à ce qui est observé aux Etats-Unis. La représentation de l’introduction d’une souche moins persistante en élevage (15 jours en moyenne) conduit uniquement à quelques cas sporadiques sans processus épizootique. Les mesures de maîtrise les plus efficaces sont l’abattage rapide (moins de 10 jours après leur infection) des premiers cas identifiés et la restriction précoce des mouvements d’animaux. L’accroissement du niveau de biosécurité externe des élevages augmente l’efficacité de ces mesures de prophylaxie sanitaire. Dans tous les cas, la rapidité de mise en place des mesures est un élément déterminant de la maîtrise de l’épizootie.

 

Quéré Pauline, Bronner Anne, Meziani Fayçal & Hendrikx Pascal

Le programme pilote d’épidémiosurveillance apicole Résabeille, composante française du dispositif européen Epilobee, a été mis en place au cours de deux campagnes consécutives (2012-2013 et 2013-2014) dans six départements. Cette surveillance programmée devait permettre d’estimer la mortalité hivernale et en saison ainsi que d’estimer la prévalence de certaines maladies infectieuses et parasitaires de l’abeille. L’objectif de notre étude était d’évaluer de manière quantitative la qualité des données collectées dans le cadre de ce programme de surveillance en France, et d’identifier les difficultés qui avaient pu survenir au moment de la collecte et de la centralisation des données. Plusieurs dimensions de la qualité des données (la complétude, le format, la plausibilité et la cohérence) ont pu être analysées de manière quantitative. En complément, afin d’évaluer la qualité de renseignement des fiches de visite ainsi que de leur saisie, 60 fiches de visite de printemps 2014 ont été tirées au sort et ont fait l’objet d’une analyse approfondie et d’une double saisie. Dans le cadre de l’évaluation des données relatives à la mortalité hivernale, la plausibilité variait entre 98 et 100 % selon la variable étudiée, et la cohérence était de 82 %. A partir d’un échantillon aléatoire de 60 fiches de visite, entre 77 et 97 % des données étaient renseignées. La saisie était possible pour toutes les données à renseigner sur la fiche de visite, mais entre 12 et 27 % de ces données nécessitaient une interprétation avant la saisie (en recherchant la valeur correcte par croisement avec d’autres informations de la fiche de visite). En comparant la saisie de ces fiches réalisée par les acteurs dans les départements avec notre double saisie, nous avons estimé qu’entre 36 et 73 % des données mal renseignées sur les fiches de visites (et dont l’information correcte pouvait être retrouvée en croisant avec d’autres informations de la fiche de visite) avaient été mal interprétées au moment de la saisie, et qu’entre 0 et 2 % des données correctement renseignées sur les fiches de visites étaient mal saisies. Compte tenu des résultats de l’évaluation, des axes d’amélioration ont été proposés pour les campagnes à venir. Ils relèvent de l’évolution du questionnaire de visite, du renforcement de la formation, de l’assistance et de la coordination des acteurs ainsi que de la mise en place d’une procédure de vérification des données avant leur saisie dans la base.

 

Amat Jean-Philippe, Hendrikx Pascal, Ferry Bénédicte, Hans Aymeric, Grandcollot-Chabot Marie, Tapprest Jackie, Leblond Agnès & Dufour Barbara

L’anémie infectieuse des équidés (AIE) est une maladie virale des équidés, dont la prévalence en France a fortement chuté depuis les années 1980 mais pour laquelle des cas sporadiques ou groupés sont encore régulièrement recensés. Le système de surveillance français comporte plusieurs dispositifs assurant une surveillance évènementielle ou programmée. L’objectif de ce travail était d’évaluer l’ensemble du système de surveillance de l’AIE, à l’aide de la méthode semi-quantitative OASIS (variante « flash ») afin d’identifier des axes d’amélioration. Les points forts majeurs identifiés sont la qualité du diagnostic de laboratoire, la simplicité et la rapidité des procédures de déclaration. Les principales recommandations portent sur une meilleure formalisation des objectifs de surveillance (pouvant conduire à une évolution des modalités de surveillance), un renforcement de la cohésion entre les dispositifs et une meilleure structuration de l’organisation institutionnelle centrale : unité centrale d’animation, comité de pilotage, comité scientifique et technique. Il ressort également de cette évaluation la nécessité d’améliorer la gestion et le traitement des données, en particulier leur centralisation, leur analyse épidémiologique régulière et le recours accru aux échanges informatisés pour les résultats d’analyses de laboratoire. Le travail conduit a aussi permis de montrer que l’utilisation de la méthode OASIS sous sa forme simplifiée « flash » était globalement bien acceptée par les partenaires du système de surveillance. Elle a permis en outre d’identifier avec un rapport temps/efficacité satisfaisant les principaux points faibles et de proposer des grandes améliorations du système.

 

Delooz Laurent, Mori Marcella, Petitjean Thierry, Evrard Julien, Czaplicki Guy & Saegerman Claude

Le sud de la Belgique (Wallonie) a été récemment confronté, sur l'ensemble de son territoire, à une augmentation significative et inhabituelle du nombre de fœtus bovins avortés présentant un caractère nettement ictérique associé à une splénomégalie. Malgré un large éventail d'analyses, aucune cause définitive de ces avortements n'avait pu être établie mais certains résultats d'analyse soutenaient l'hypothèse d'une leptospirose. Cette suspicion a, depuis, été confirmée et des études complémentaires ont été entreprises. Cette première description de cas permettra aux vétérinaires praticiens d’être informés sur ce phénomène récent et émergent. En effet, un point critique essentiel au bon fonctionnement de la surveillance épidémiologique est la formation des agents de terrain aux maladies concernées et au fonctionnement du réseau. Ainsi, il faut espérer que davantage de suspicions seront acheminées au laboratoire dans le cadre de cette surveillance.

 

Alba-Casals Ana, Fernández-Fontelo Amanda, Revie Crawford, Dórea Fernanda, Sánchez Javier, Romero Luis, Cáceres Germán, Pérez Andrés & Puig Père

La mortalité enregistrée dans des élevages bovins a démontré dans différentes études avoir un potentiel important comme une composante de surveillance syndromique. Pourtant, l'usage de ces systèmes pour découvrir les événements anormaux en temps proche du réel n'a pas été évalué en pratique. Pour mettre en place ce type de système, un certain nombre de défis doivent être affrontés. Les difficultés principales sont associées à la nature non-spécifique de données, puisque de multiples événements peuvent provoquer de la mortalité bovine dans une ferme. De plus, ces données sont récoltées à partir de sous-populations hétérogènes qui peuvent être groupées et étudiées conformément à différents traits (par ex. le type de production, le type de ferme et/ou d’individus, les conditions d’élevage et de l'environnement, ou le niveau administratif). Dans cette étude, nous présentons les éléments essentiels d'un système syndromique pour recueillir des données de mortalité bovine dans une région, modéliser des séries temporelles et détecter des évènements anormaux à grande et petite échelle.

 

Moyne Oriane, Cardoso Élodie, Rey Delphine, Besnard Gilles, Foussadier Rémi & Bicout Dominique J.

Inconnu en dehors des jungles asiatiques il y a encore quarante ans, le moustique tigre Aedes albopictus, vecteur de nombreux agents pathogènes humains, s’est désormais établi sur les cinq continents, y compris en ville. En France, il fait l’objet d’un plan national de surveillance de la dengue et du chikungunya et plusieurs cas de transmission autochtones ont été reportés récemment, soulignant ainsi la réalité du risque de transmission dans les zones où ce moustique est implanté. Probablement introduit en région Rhône-Alpes via le transport routier, Ae. albopictus est considéré comme présent et actif dans cinq des huit départements depuis 2013. Il est aujourd’hui question d’identifier les zones favorables à son implantation et comment la colonisation vers ces zones pourrait se faire. Ainsi, l’objectif de notre travail est de construire des cartes de susceptibilité de présence d’Ae. albopictus en Rhône-Alpes par modélisation combinant à la fois les connaissances sur les déterminants climatiques mais aussi environnementaux de son installation.

 

Faverjon Céline, Andersson Mats Gunnar, Vial Flavie, Legrand Loïc & Leblond Agnès

Dans ce travail nous proposons d’appliquer le cadre statistique utilisé lors de l’évaluation des pièces à conviction au cas de la surveillance syndromique. Nous avons utilisé cet outil pour évaluer les résultats de la surveillance syndromique en tant que « preuves » circonstancielles d’une épizootie. L’idée de base est d’exploiter les distributions de cas attendues afin de calculer le ratio entre la probabilité d’observer n cas lorsqu’une épizootie est en cours et la probabilité d’observer ce même nombre de cas lorsqu’il n’y a pas d’épizootie. Le rapport de vraisemblance ainsi obtenu correspond à la valeur de la preuve. D’après la règle de Bayes, en multipliant ce rapport avec les probabilités a priori que la maladie circule, on obtient une connaissance a posteriori sur le statut de la maladie. Cette approche a été appliquée à des séries temporelles représentant le nombre de chevaux présentant des symptômes nerveux. La séparation claire entre connaissance a priori et évaluation de la valeur de la preuve permet un raisonnement transparent apte à s’intégrer dans un processus de décision. Par ailleurs, l’approche bayésienne permet d’intégrer facilement les données de surveillance syndromique avec d’autres sources d’information telles que des évaluations de risque d’introduction et/ou de transmission d’agents pathogènes.

 

Maïtia Fabienne, Dufour Barbara, Dominguez Morgane, Sailleau Corinne, Bréard Emmanuel, Millemann Yves & Zanella Gina

La surveillance clinique de l’infection congénitale des agneaux, veaux et chevreaux par le virus Schmallenberg (SBV) a été initiée en France dès le 4 janvier 2012. Elle reposait sur les vétérinaires praticiens qui renseignaient des fiches de suspicions accompagnées de prélèvements biologiques pour le diagnostic du virus dès l’apparition de suspicions de la maladie. Ces fiches de renseignements ont été analysées dans le but de décrire finement les suspicions cliniques rapportées. L’objectif était d’étudier les relations entre les résultats RT-PCR et des informations disponibles sur ces fiches. L’étude des 1 589 suspicions cliniques d’infection par le SBV incluses dans ce travail a révélé que le meilleur type de prélèvement pour la détection du SBV par RT-PCR était l’encéphale. L’espèce ovine était la plus fréquemment atteinte et la présence de malformations de la tête, de la colonne ou des membres était fortement liée à des résultats positifs, d’autant plus quand deux ou trois de ces malformations étaient présentes en même temps.

 

Calavas Didier, Bronner Anne, Marcé Clara, Fediaevsky Alexandre & Hendrikx Pascal

La situation sanitaire en France continentale pour les animaux d’élevage est globalement très favorable vis-à-vis de nombreux dangers sanitaires de catégorie I. Une majorité de ces dangers sanitaires sont actuellement absents du territoire. Des dispositifs de surveillance sont organisés et en place pour certains d’entre eux, et il existe une solide organisation sanitaire depuis les acteurs de terrain jusqu’à l’animation centrale, avec de plus depuis octobre 2011, la montée en puissance de la Plateforme de surveillance épidémiologique en santé animale. Cependant, le système de surveillance dans son ensemble souffre d’un certain nombre de limites et de défauts. Pour y pallier, il est proposé de concevoir par filière de production une surveillance intégrée des dangers sanitaires exotiques, composée de quatre volets : des dispositifs de surveillance événementielle, des dispositifs de surveillance programmée, un dispositif de surveillance clinique voué à la détection d’émergences, et la surveillance de signaux non spécifiques, encore dénommée surveillance syndromique. Ces quatre volets sont à faire évoluer à partir de l’existant ou à créer de novo, en les combinant afin de trouver l’organisation la plus efficiente.

 

Bernelin-Cottet Cindy, Garnier Anabelle, Sailleau Corinne, Viarouge Cyril, Romey Aurore, Fablet Aurore, Vitour Damien, Bréard Emmanuel & Zientara Stéphan

Depuis les années 2000, quatre sérotypes du virus de la fièvre catarrhale ovine (BT) ont été identifiés en Corse. Fin 2013, le sérotype 1 du virus (BTV-1) était détecté en Corse et une campagne de vaccination obligatoire contre ce sérotype a été mise en place chez les ruminants domestiques. Dans le cadre de cette vaccination et d’une enquête réalisée sur des troupeaux de chèvres, des échantillons biologiques ont été collectés sur des caprins corses. Le diagnostic de laboratoire a permis de confirmer la présence du BTV-1 dans l’île, mais également d’un autre sérotype de BTV. Le génome de ce virus a été entièrement séquencé et les comparaisons de séquences nucléotidiques suggèrent qu’il s’agit d’un nouveau sérotype du virus de la fièvre catarrhale ovine jamais décrit jusqu’alors.

 

Bona Maria Cristina, Durante Serena, Gennero M. Silvia, Abete M. Cesarina, Zoppi Simona, Dondo Alessandro, Grattarola Carla, Ru Giuseppe & Mignone Walter

Depuis plusieurs années, la population du chamois alpin (Rupicapra rupicapra) de la province d'Imperia, au Nord-Ouest de l’Italie est contrôlée par un suivi sanitaire. Le plan de surveillance a été mis en place pour étudier les effets de la coexistence entre les animaux domestiques, presque exclusivement en élevage extensif, et la faune sauvage dans la région. Les chamois des Alpes maritimes constituent une seule unité territoriale de population, démographiquement distincte, située dans un territoire bien défini ; la population est la plus à l'ouest et au sud de la région alpine, et donc d'un intérêt particulier en rapport avec les caractéristiques de l'habitat méditerranéen. Ce travail vise à présenter les résultats de la surveillance sanitaire dans la période 2002-2012, en utilisant les composants classiques de l'épidémiologie descriptive (distribution des maladies selon le lieu, le temps et les caractéristiques des animaux).

 

 

Irico Lara, Vitale Nicoletta, Radaelli Maria Cristina, Chiavacci Laura & Possidente Rosaria

Depuis plusieurs années, l'augmentation de la mortalité des abeilles est observée partout dans le monde. En 2012, l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) a rédigé un projet pour comparer l'état de santé des ruchers dans 17 Pays de l'Union Européenne, dont l’Italie. Les données de l'Italie du Nord-Ouest (NWI) ont été recueillies dans une base de données et analysées pour évaluer l'association de la mortalité avec les activités de gestion des ruchers. Les Régions du NWI présentaient un taux de mortalité printanière moyenne respectivement de 6,2 % (Ligurie), 3,2 % (Piémont) et 11,8 % (Vallée d'Aoste). La différence n’était pas statistiquement significative (test du χ²: 4,54, p = 0,10). La mortalité d’ensemble du NWI a été de 5,8 % (CI95 % 3,8-7,8). Au niveau des ruchers, le taux de mortalité le plus élevé a été observé pendant la visite printanière : 41,6 % des ruchers observés ont montré au moins une colonie morte, tandis que pendant l'été, les ruchers avec au moins une colonie morte ont été de 12,5 %. Cette différence était statistiquement significative (test de Mac Nemar = 3,90 p = 0,0482). Aucun facteur de risque présent dans le questionnaire et considéré dans cette étude, n’était statistiquement significatif.

 

Bellio Alberto, Bianchi Daniela Manila, Adriano Daniela, Gallina Silvia, Zuccon Fabio, Delvento Paola, Possidente Rosaria, Chiavacci Laura & Decastelli Lucia

Cette étude rapporte les résultats des analyses effectuées de 2011 à 2014 pour la détection des larves de Trichinella spp. dans des échantillons de tissus musculaires prélevés dans la Région du Piémont, Italie. Un total de 212 997 échantillons (61 177 en 2011, 53 709 en 2012, 61 493 en 2013 et 36 618 en 2014) ont été analysés. Toutes les analyses ont été effectuées selon les méthodes décrites dans le Règlement CE 2075/2005. Quatre renards en 2011, un renard en 2012 et deux sangliers en 2013 ont fourni des résultats positifs pour Trichinella spp.. Aucun des échantillons provenant des animaux d'élevage n’était contaminé par Trichinella spp., ce qui confirme que la biosécurité des élevages est capable d'éviter le contact entre les animaux sauvages et domestiques et protège les troupeaux de l'infection.

 

Răileanu Cristian, Aniță Adriana, Porea Daniela & Savuța Gheorghe

La fièvre hémorragique de Crimée-Congo (FHCC) est une zoonose largement répandue causée par un virus (Nairovirus) de la famille des Bunyaviridae transmis par les tiques. Les petits ruminants infectés par VFHCC font habituellement une infection bénigne, parfois avec virémie transitoire. Des échantillons de sérum à tester pour les anticorps VFHCC avaient été recueillis auprès de 90 petits ruminants en provenance de différentes localités des départements de Tulcea et de Constanta. Tous les sérums ont été testés pour la présence des anticorps IgG contre VFHCC par un coffret ELISA commercial (Vectorbest, Novosibirsk, Russie), avec des modifications mineures. L’examen sérologique a révélé la présence des anticorps IgG anti-VFHCC pour 16/29 (55 %) chèvres et pour 51/61 (85 %) moutons. Les résultats de notre étude suggèrent la possible circulation du virus de la FHCC dans des élevages de ruminants des départements de Tulcea et de Constanta. En outre, les animaux infectés par le VFHCC constituent une menace potentielle pour les employés des abattoirs et pour la santé publique.