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Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 19 avril 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 1er mai 2022)
Cet article s’appuie sur des analyses statistiques appliquées à un large éventail de simulations comparatives de dynamique moléculaire pour évaluer le risque de transmission des variants préoccupants du SARS-CoV-2 de l’être humain à la chauve-souris (Rhinolophus macrotis). Si la souche originelle et les premiers variants préoccupants de ce virus avaient montré une nette capacité à s’attacher tant à l’ACE2 humaine (hACE2) qu’à celle de chauve-souris, les variants Delta et Omicron marquent une évolution adaptative à l’hACE2. Les auteurs considèrent néanmoins qu’il existe toujours un risque significatif d’infection par des variants préoccupants entre espèces de mammifères avec la survenue de nouvelles vagues de COVID-19.
Date de publication : 4 avril 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 avril 2022)
Cette page Internet fournit des informations sur les espèces animales chez lesquelles l'infection par le SARS-CoV-2 a été identifiée aux États-Unis d’Amérique. Le tableau qu’elle contient est régulièrement actualisé.
Date de publication : 17 mars 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 mars 2022)
En utilisant un outil informatique mis au point précédemment, les auteurs ont développé une méthode fondée sur de nouvelles variables tirées de la fréquence des codons liés au spicule des coronavirus (RSCU - Relative Synonymous Codon Usage, ou biais d’usage du code) pour expliquer la spécificité d’hôte du SARS-CoV-2. En utilisant cette méthode de modélisation, ils arrivent comme d’autres chercheurs à la conclusion que les chauves-souris sont très vraisemblablement les hôtes naturels à l’origine de ce virus.
Date de publication :11 mars 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 24 avril 2022)
Constatant que la phylogénie et les constituants de l’ACE2 ne permettaient pas de conclure quant à la capacité d’entrée du SARS-CoV-2 dans les cellules de différents hôtes, les auteurs ont examiné six paramètres susceptibles d’intervenir dans l’attachement de la spicule virale à l’ACE2. Ils ont constaté que ces six paramètres ne conduisaient pas à discriminer des ordres de mammifères sensibles et d’autres qui ne le sont pas, et ont alors eu recours à un modèle de régression logistique faisant appel à ces six paramètres pour évaluer la sensibilité potentielle de différentes espèces d’animaux.
Date de publication : 4 mars 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 mars 2022)
Nouvelle méthode de bio-informatique pour déterminer quels sont les animaux potentiellement sensibles au SARS-CoV-2 en se fondant sur l’intensité de l’arrimage entre la protéine de spicule du virus et la protéine ACE2 plutôt que sur le séquençage et la structure de cette dernière. Est aussi simulée pour différentes espèces l’influence de certaines mutations sur l’affinité de liaison entre ACE2 et site d’attachement du SARS-CoV-2.
Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 26 février 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 mars 2022)
Par analyse spatiale, les auteurs montrent que les premiers cas humains de COVID-19 apparus en décembre 2019 étaient distribués près et aux alentours du marché de Huanan à Wuhan (Rép. pop. De Chine). Ils signalent également que des animaux vivants, dont des chiens viverrins, étaient vendus sur ce marché fin 2019, et que les prélèvements environnementaux positifs pour la recherche du SARS-CoV-2 étaient fortement associés aux lieux de vente d’animaux vivants.
Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 26 février 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 mars 2022)
En caractérisant l’évolution du récepteur ACE2 parmi un ensemble de mammifères, les auteurs ont mis en évidence une évolution rapide de l’interface ACE2/domaine de liaison des virus de type SARS dans le clade des rongeurs, alors que cette interface n’a subi qu’une faible adaptation chez les primates et les autres mammifères non connus pour héberger des SARS. Cela les conduit à penser que des espèces de rongeurs pourraient avoir acquis un certain degré de tolérance ou de résistance aux infections par les virus de type SARS, alors que les mammifères sans adaptation tangible, dont les primates, seraient plus à même de manifester des symptômes de maladie.
Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 25 février 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 mars 2022)
Dans cet article, les auteurs présentent les résultats des recherches sur le SARS-CoV-2 effectuées à partir de prélèvements collectés de janvier à mars 2020 sur le marché de Huanan à Wuhan (Rép. pop. De Chine). Il s’agissait de prélèvements environnementaux ou bien d’origine animale (produits animaux conservés dans des chambres froides, chats libres, fèces de félins, un chien, une belette, 10 rats). Contrairement aux prélèvements environnementaux, aucun prélèvement animal n’a fourni un résultat positif aux épreuves diagnostiques réalisées.
Date de publication : 18 février 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 avril 2022)
Cette note dresse à date le bilan détaillé des cas de SARS-CoV-2 confirmés chez des animaux domestiques : animaux de compagnie (chiens, chats, furets, rongeurs et lagomorphes) et animaux d’élevage (hors élevages de visons d’Amérique).
Date de publication : 18 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 avril 2022)
En utilisant des méthodes bio-informatiques et en considérant l’arbre phylogénique des sarbecovirus ainsi que d’autres données de génomique, les auteurs défendent l’idée que le SARS-CoV-2 aurait résulté d’une recombinaison entre le virus de chauve-souris RaTG13 et le Pangolin-CoV et que l’infection humaine trouverait son origine chez le pangolin.
Date de publication : 17 février 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 13 mars 2022)
Les auteurs étudient les aspects structurels et génétiques de l’interaction entre la protéine de spicule du SARS-CoV-2 et le récepteur cellulaire (ACE2) de différents groupes d’animaux qui y sont potentiellement sensibles, pour repérer ce qui influe sur l’éventail des hôtes du virus. Ils évoquent une possible persistance de variants du virus dans la faune sauvage avec les conséquences que cela peut avoir sur l’éradication de la COVID-19.
Date de publication : 8 février 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 février 2022)
Les auteurs, ayant utilisé des méthodes d’analyse génétique et phylogénique pour étudier les sarbecovirus des chauves-souris en relation avec le SARS-CoV-2, confortent l’hypothèse selon laquelle les Rhinolophes fer à cheval (genre Rhinolophus), dont l’aire de distribution couvre la Chine méridionale et le Sud-Est asiatique, sont très probablement à l’origine de ce virus après de multiples recombinaisons qui se sont produites sur une centaine d’années.
Date de publication : 24 janvier 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 avril 2022)
Ce Tableau de bord répertorie les cas d’infection par le SARS-CoV-2 chez les animaux au Canada que le Centre national des maladies animales exotiques de l’Agence canadienne d’inspection des aliments a confirmés. Il est interactif et permet d’afficher les données selon l’espèce, la province ainsi que la période de temps.
Date de publication : 20 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 1er mai 2022)
Les auteurs étudient les aspects structurels et génétiques de l’interaction entre la protéine de spicule du SARS-CoV-2 et le récepteur cellulaire (ACE2) de différents groupes d’animaux qui y sont potentiellement sensibles, pour repérer ce qui influe sur l’éventail des hôtes du virus. Ils évoquent une possible persistance de variants du virus dans la faune sauvage avec les conséquences que cela peut avoir sur l’éradication de la COVID-19.
Date de publication : 15 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 décembre 2021)
Cette étude, s’appuyant sur les séquences de gènes disponibles dans les banques de données internationales, a été réalisée en vue de mieux comprendre la répartition spatiale des souches de SARS-CoV-2 et des virus qui en sont proches chez les animaux domestiques et sauvages, leur diversité génétique, leurs similarités statistiquement significatives ainsi que les mutations génétiques qui sont survenues.Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 15 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 décembre 2021)
En procédant à une nouvelle étude de coronavirus voisins du SARS-CoV-2 isolés chez des rhinolophidés européens, les auteurs identifient différents déterminants moléculaires favorables à l’émergence du site de clivage de la furine qui est propre au SARS-CoV-2, ce qui vient en appui à l’hypothèse de ce virus.Date de publication : 13 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 décembre 2021)
Cette étude porte sur les divergences de composition du génome et d’utilisation des codons des souches de SARS-CoV-2 isolées chez l’être humain et les animaux en vue de comprendre les phénomènes de sélection naturelle susceptibles de jouer un rôle dans l’évolution, l’adaptabilité et la transmission de ce virus.Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 13 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 décembre 2021)
Les auteurs ont développé un outil de modélisation relatif à la distribution des chauves-souris hôtes de sarbecovirus en tenant compte de caractéristiques climatiques et paysagères. Les facteurs majeurs de cette répartition étant la saisonnalité des températures et l’existence de grottes dans un contexte où la planète va se réchauffer, ils proposent des scénarios d’évolution de cette répartition d’ici 2100 avec en certains lieux disparition des espèces et en d’autres concentration de celles-ci à proximité des populations humaines. Date de publication : 10 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 février 2022)
Les auteurs donnent un large aperçu des recherches en matière de surveillance entreprises dans divers endroits du monde pour évaluer le niveau d’exposition au SARS-CoV-2 de différents types d’animaux (de compagnie, de production, tenus en captivité ou sauvages). Ils passent aussi en revue les connaissances sur les possibilités de transmission du virus au sein des espèces et entre espèces et sur les conséquences que ces phénomènes pourraient avoir en matière de santé publique.
Date de publication : 9 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 décembre 2021)
Le journaliste fait le point sur le développement de vaccins vétérinaires dirigés contre le SARS-CoV-2 dans le monde et leur usage chez des animaux domestiques ou sauvages (dans des zoos). Date de publication : 9 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 avril 2022)
Les auteurs modélisent les interactions entre le récepteur cellulaire ACE2 et la protéine de spicule du SARS-CoV-2 chez différentes espèces animales et les comparent à ce qui se passe avec l’ACE2 humaine. Ils établissent un classement entre ces espèces, fondé sur cette affinité de liaison, mais reconnaissent que des expérimentations in vivo seraient nécessaires pour valider les résultats de leurs analyses faites in silico.
Date de publication : 6 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)
Date de publication : 18 novembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)
Date de publication : 17 novembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)
Date de publication : 4 octobre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 9 janvier 2022)
Revue des connaissances relatives à la sensibilité des espèces animales domestiques et sauvages à une infection expérimentale par le SARS-CoV-2, avec description des signes cliniques observés, ainsi qu’à la possibilité de transmission du virus entre congénères. Y sont aussi présentées des informations sur les infections naturelles qui se sont produites lors de contacts entre personnes et animaux.Date de publication : 26 septembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)
Les auteurs cherchent à déterminer, par des méthodes bio-informatiques appliquées à la structure de l’ACE2, quels animaux de la faune brésilienne seraient susceptibles de devenir des hôtes du SARS-CoV-2. Ils repèrent ainsi trois espèces : le puma (Puma concolor), le loup à crinière (Chrysocyon brachyurus) et le chien des buissons (Speothos venaticus) qui pourraient se contaminer en chassant le cerf de Virginie.Date de publication : 24 septembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 3 octobre 2021)
Date de publication : 7 septembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 3 octobre 2021)
Date de publication : 31 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 septembre 2021)
Date de publication : 27 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 5 septembre 2021)
Date de publication : 27 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 septembre 2021)
Date de publication : 25 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 5 septembre 2021)
Date de publication : 25 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)
Date de publication : 18 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 septembre 2021)
Date de publication : 10 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 août 2021)
Date de publication : 2 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 8 août 2021)
Date de publication : 14 juillet 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 septembre 2021)
Date de publication : 10 juillet 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 décembre 2021)
Date de publication : 8 juillet 2021 –(mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)
Les auteurs ont passé en revue la littérature disponible sur la sensibilité des espèces animales au SARS-CoV-2 et sur les facteurs les plus pertinents permettant d’estimer celle-ci ainsi que la capacité de ces espèces à transmettre le virus. Cette revue s’intéresse en particulier au polymorphisme de la TMPRSS2 et de l’ACE2, deux protéines de l’hôte qui contribuent aux différences constatées entre espèces.Date de publication : 24 juin 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)
Date de mise sur un forum de discussion : 8 juin 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 juin 2021)
Date de mise sur un forum de discussion : 12 mai 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 30 mai 2021)
Date de publication : 11 mai 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)
Par des méthodes statistiques, les auteurs calculent la probabilité d’attachement du virus aux cellules d’un ensemble d’espèces de mammifères. Ils observent aussi que chez sept d’entre elles, les contacts hydrophobes constatés entre le virus et l’ACE2 chez l’Homme font défaut, soit une affinité moindre entre l’un et l’autre chez ces animaux. Pour autant, la structure tridimensionnelle de leur ACE2 rend possible l’attachement viral.Date de publication : 26 avril 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 30 mai 2021)
Date de publication : 16 avril 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 septembre 2021)
Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 10 avril 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 avril 2021)
Date de publication : 7 avril 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 avril 2021)
Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 5 avril 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 avril 2021)
Date de publication : 31 mars 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 11 avril 2021)
Date de publication : 30 mars 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 11 avril 2021)
Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 26 mars 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 4 avril 2021)
Date de publication : 3 mars 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 4 avril 2021)
Date de publication : 28 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 mars 2021)
Date de publication : 26 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 14 mars 2021)
Date de publication : 26 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 21 mars 2021)
Date de publication : 25 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 24 avril 2022)
Les auteurs ont réalisé des simulations de dynamique moléculaire concernant les complexes formés par la liaison entre l’ACE2 humaine (hACE2) et le domaine d’attachement de la spicule du SARS-CoV-2, du SARS-CoV, du pangolin-CoV et du RaTG13 de la chauve-souris. En examinant le réseau des ponts hydrogène formés lors de cette liaison et en estimant les énergies libres en jeu localement, les auteurs ont trouvé que le pangolin-CoV et le SARS-CoV-2 s’attachaient à l’hACE2 de manière similaire alors que la liaison avec les deux autres virus était moins forte. Les auteurs considèrent que ces recherches renforcent l’hypothèse selon laquelle le pangolin peut potentiellement jouer le rôle d’hôte intermédiaire du SARS-CoV-2.
Date de publication : 16 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 mars 2021)
Date de publication : 14 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 21 février 2021)
Date de publication : 10 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 28 février 2021)
Date de publication : 5 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 28 février 2021)
Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 2 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 14 février 2021)
Date de publication : 19 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 mars 2021)
Date de publication : 18 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 31 janvier 2021)
Date de publication : 8 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)
Date de publication : 6 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)
Date de publication : 5 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 24 janvier 2021)
Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 4 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)
Date de publication : 29 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 janvier 2021)
Date de publication : 28 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 janvier 2021)
Date de publication : 21 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)
Les auteurs montrent que la glycoprotéine de spicule du SARS-CoV-2 a un tropisme marqué pour les récepteurs ACE2 non seulement de l’Homme mais aussi de nombre de mammifères, malgré les différences existant dans les séquences d’acides aminés de ces récepteurs. Ils identifient au sein de l’interface protéine de spicule – ACE2, par différentes méthodes, des résidus d’acides aminés qui sont susceptibles d’avoir joué un rôle essentiel dans l’apparition du SARS-CoV-2 chez l’Homme.
Date de publication : 18 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 24 janvier 2021)
Date de publication : 7 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 décembre 2020)
Date de publication : 3 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 mars 2021)
Date de publication : 2 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 décembre 2020)
Date de publication : 15 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 24 janvier 2021)
Date de publication : 11 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
Date de publication : 5 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)
Date de publication : 5 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)
Date de publication : 28 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)
Date de publication : 23 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)
Date de publication : 22 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 décembre 2020)
Date de publication : 9 octobre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
Date de publication : 5 octobre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 octobre 2020)
Date de publication : 4 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
Date de publication : 29 septembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 21 mars 2021)
Date de publication : 23 septembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 31 octobre 2020)
Date de publication : 8 septembre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 octobre 2020)
Date de publication : 31 août 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 31 octobre 2020)
Date de publication : 12 août 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 juillet 2020)
Date de publication : 10 août 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 septembre 2021)
Date de publication : 16 juillet 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 31 octobre 2020)
Date de publication : 10 juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 juillet 2020)
Date de publication : 7 juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 juillet 2020)
Date de publication : 3 juillet 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 8 novembre 2020)
Date de publication : 1er juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 septembre 2020)
Date de publication : 1er juillet 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 21 mars 2021)
Date de publication : 24 juin 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 5 septembre 2020)
Date de publication : 18 juin 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)
Date de publication : 11 juin 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 mars 2022)
Cette fiche explique de manière synthétique quelles sont les méthodes employées dans le cadre des recherches sur l’origine du SARS-CoV-2 et son évolution : séquençage, analyse informatique des séquences, construction des arbres phylogéniques. Elle évoque également l’éventuel rôle des chauves-souris et des pangolins dans la genèse vraisemblablement ancienne du SARS-CoV-2.
Date de publication : 27 mai 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)
Date de mise sur un forum de discussion : 22 avril 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 13 juin 2021)
Date de publication : 17 mars 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 décembre 2020)
APERÇU SUR L’ÉVOLUTION DE LA TUBERCULOSE BOVINE
EN FRANCE AU DÉBUT DU XXIe SIÈCLE (2001-2023)
Chillaud Thierry1
RÉSUMÉ
Le présent article se propose de dresser l’historique de la tuberculose bovine en France métropolitaine de l’an 2001 à aujourd’hui en s’appuyant sur les articles scientifiques et autres documents sur ce thème qui sont librement accessibles sur l’internet. Il montre les difficultés auxquelles les services de l’État et leurs partenaires dans la surveillance et la lutte contre la maladie se sont heurtés au fil des ans ainsi que les différents plans et dispositifs qui ont été mis en place pour tenter de les surmonter. Force est de constater que malgré tous les efforts consentis, l’objectif d’éradication fixé depuis de nombreuses années est encore loin d’être en vue.
Mots-clés : Surveillance, prophylaxie, tuberculose, bovins, faune sauvage, évaluation.
ABSTRACT
This article aims to draw up the history of bovine tuberculosis in mainland France from 2001 to today, based on scientific articles and other documents on this theme which are freely accessible on the internet. It shows the difficulties that state services and their partners in monitoring and combating the disease have encountered over the years as well as the various plans and systems that have been put in place to try to overcome them. It is clear that despite all the efforts made, the eradication objective set for many years is still far from being in sight.
Keywords: Surveillance, control, tuberculosis, bovines, wildlife, evaluation.
I - INTRODUCTION
La France a été déclarée officiellement indemne de tuberculose bovine par décision de la Commission européenne 2001/26/CE du 27 décembre 2000 prise dans le cadre des dispositions de la directive 64/432/CEE du conseil du 26 juin 1964 relative à des problèmes de police sanitaire en matière d'échanges intracommunautaires d'animaux des espèces bovine et porcine (déclaration renouvelée par le règlement d’exécution (UE) 2021/620 de la Commission du 15 avril 2021 établissant les modalités d’application du règlement (UE) 2016/429 du Parlement européen et du Conseil en ce qui concerne l’approbation du statut «indemne de maladie» et du statut de non-vaccination de certains États membres ou de zones ou compartiments de ceux-ci au regard de certaines maladies répertoriées et l’approbation des programmes d’éradication de ces maladies répertoriées).
_______________
Article reçu le 5 mai 2024 ; accepté le xx xx 2024
1 Inspecteur général de santé publique vétérinaire à la retraite
Ce statut, tel que défini par ladite directive (moins de 0,1 % d'élevages bovins infectés), a été obtenu grâce à un programme de prophylaxie collective de la maladie lancé par l’État français à partir de 1954 sur l’ensemble du territoire national dans les élevages bovins. Il semblait marquer une sorte de consécration après des années d’efforts en association avec les parties prenantes (administration vétérinaire de terrain en collaboration avec les vétérinaires sanitaires et les éleveurs soutenus par leurs organisations représentatives). Les résultats de la lutte tels qu’ils apparaissaient à cette époque ont pu être qualifiés d’incontestable succès par des spécialistes [Bénet et al., 2006], même si ceux-ci soulignaient les limites de la stratégie appliquée jusque là, la simple recherche de l’infection en vue de son élimination ayant montré ses insuffisances vis-à-vis de la protection des élevages indemnes.
Quoi qu’il en soit, cette acquisition de statut pouvait laisser penser que l’éradication n’était pas loin d’être achevée, même si la notion de « territoire indemne » telle que définie par l’Union européenne pouvait donner lieu à discussion [Toma et al., 2001a] mais présentait l’avantage de faciliter les échanges de bovins vivants et de leurs produits dans le cadre de la réalisation du marché commun européen.
Est présentée ci-après la courbe d’évolution de la tuberculose bovine en France de 1995 à 2023. Force est de reconnaître que l’objectif de l’éradication n’a pas encore été atteint, et que s’est même produit une remontée de la prévalence apparente troupeaux entre 2004 et 2018 ainsi qu’une tendance à la remontée de l’incidence apparente troupeaux entre 2004 et 2020, ces phénomènes résultant d'une réelle ré-émergence dans certains territoires et d'une meilleure détection des foyers dans d'autres.
Compte tenu de ce constat, il est apparu intéressant de tenter de dresser un historique relatif à l’évolution de la tuberculose bovine en France depuis 2001 au travers des publications qui sont en accès libre sur l’Internet.
Figure 1 (non citée dans le texte)
Courbe d’évolution de la tuberculose bovine en France métropolitaine de 1995 à 2023
(Source : Direction générale de l’alimentation)
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Depuis le début de l'épidémie de COVID-19, une rubrique spécifique a été régulièrement mise à jour jusqu'en mai 2022, fournissant des liens et des références d'articles vous informant sur les relations entre le virus responsable et le monde animal, sauvage et domestique.
Vous êtes invité(e) à consulter cette rubrique qui se trouve dans le menu "Ressources en épidémiologie" du site.
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- Catégorie : COVID-19 et monde animal
En ce début du XXIème siècle, en quelques années, trois coronaviroses zoonotiques sont apparues :
- Fin 2002, le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), dû au virus SARS-CoV-1, maladie à potentiel pandémique, heureusement maîtrisée mi-2003 ;
- En 2012, le syndrome respiratoire à coronavirus du Moyen-Orient (MERS-CoV), localisé depuis essentiellement dans la péninsule arabique et n'ayant contaminé qu'un petit nombre d'autres pays ;
- Fin 2019, la maladie à coronavirus (COVID-19), née apparemment à Wuhang (République populaire de Chine) et qui, en quelques semaines, est passée du stade de cas sporadiques chez l'Homme, à celui d'épidémie, puis de pandémie ayant atteint la quasi-totalité des pays du monde.
Cette crise sanitaire, d'origine zoonotique, a bouleversé la vie de milliards de personnes de par sa morbidité, sa mortalité ainsi que les mesures de lutte appliquées et leurs conséquences économiques.
Quelques semaines après l’apparition de la pandémie, l'AEEMA a jugé utile de rendre disponibles sur son site Internet des informations centrées, en raison du domaine d'intérêt et de compétence de ses adhérents, sur les relations entre ce virus et le monde animal, sauvage et domestique, tant en animaux de compagnie qu'en animaux de production et de laboratoire.
Pour les personnes qui souhaiteraient en savoir davantage en complément des articles (liens) proposés, choisis sur divers thèmes (cf. ci-dessous), l'AEEMA vous invite à consulter des sites Internet fournissant déjà des informations sur cette maladie, en particulier :
- le site de l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) : https://www.oie.int/fr/ce-que-nous-proposons/urgence-et-resilience/covid-19/
- le site de Pro-Med : https://promedmail.org/
- le site de l'Académie vétérinaire de France : https://academie-veterinaire-defrance.org/dossiers-thematiques/dossiers/coronavirus-et-covid-19
- le site du CDC : https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/daily-life-coping/animals.html
- le site de la FAO : http://www.fao.org/2019-ncov/fr/
- les pages du site de l'AFSCA (Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire, en Belgique) consacrées au COVID-19 chez les animaux : http://www.afsca.be/professionnels/publications/communications/covid19/animaux.asp
- Par ailleurs, la plateforme ESA (Epidémiosurveillance Santé Animale) publie des mises à jour sur le COVID-19 et les animaux. Vous trouverez le lien qui vous conduira à cette page spécifique parmi les articles référencés dans le thème 1 : COVID-19 et animaux. Mise à jour au 18/02/2022
De juillet 2020 à mai 2022, sans aucune prétention à l'exhaustivité, l'AEEMA a introduit périodiquement sur son site la référence de textes fournissant des informations jugées novatrices par rapport aux connaissances sur six secteurs des relations du COVID-19 au monde animal :
- Thème 1 : Le SARS-CoV-2 au sein des Coronavirus
- Thème 2 : COVID-19 et animaux sauvages
- Thème 3 : COVID-19 et animaux de compagnie
- Thème 4 : COVID-19 et animaux de production
- Thème 5 : COVID-19 et animaux de laboratoire
- Thème 6 : Prévention de la contamination de l'Homme par le SARS-CoV-2 à partir des animaux
Les textes retenus entraient dans l’une des catégories suivantes :
a/ des descriptions et/ou des recommandations par des organismes nationaux ou internationaux ;
b/ des résultats de travaux de recherche soumis pour publication (prépublication ou preprint) dans des revues à comité de lecture (évaluation par des pairs), mais non encore acceptés et donc non encore validés au plan scientifique ;
c/ des résultats de travaux de recherche publiés par des revues à comité de lecture, après évaluation par des pairs.
Au cours du temps, un même texte a pu passer de l'étape b/ à l'étape c/. Le lecteur est donc invité à vérifier l'éventuel changement d'état d'un document présenté sur le site de l'AEEMA comme soumis en vue de publication.
La liste arrêtée au 15 mai 2022 des textes classés par ordre alphabétique de leur premier auteur est accessible ici : liste alphabétique
L’investissement lourd en personnes et en temps que nécessitait la mise à jour hebdomadaire de cette rubrique du site de l’AEEMA, rapporté à la probablement faible consultation de celle-ci, ainsi que la diminution progressive de l’intensité de cette pandémie et de l’intérêt suscité, ont conduit le Conseil d’administration de l’association à décider d’y mettre un terme. Que ceux qui s’y sont consacrés pendant près de deux années, en particulier Thierry Chillaud pour la veille informative et Gilles Hattenberger pour l’aspect informatique, en soient ici remerciés.