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Éditorial
Barbara Dufour

 

 

La détection des bovins infectés excréteurs est un point critique pour l'évaluation des risques de transmission de l'infection par Coxiella burnetii entre bovins et des bovins à l'Homme. Coxiella burnetii est excrétée chez les ruminants dans les produits de la parturition, mais aussi dans les fèces, le sperme, l'urine, le mucus vaginal et le lait. Cependant, la valeur informative de ces différents types d'échantillon biologique pour le dépistage des vaches laitières excrétrices en conditions réelles d'élevage n'a jamais été évaluée. L'objectif de cette étude était de décrire les réponses obtenues en appliquant une technique PCR dite en temps réel à des échantillons de lait, mucus vaginal et matières fécales collectés chez 280 vaches laitières issues de cinq élevages commerciaux connus pour être naturellement infectés par Coxiella burnetii, ainsi que d'évaluer les associations possibles entre voies d'excrétion. La plupart des bovins n'ont été détectés excréteurs que par une seule voie (85% des excréteurs détectés). Les animaux détectés excréteurs simultanément dans les trois voies étaient rares (moins de 2%). Ainsi, qualifier une vache laitière vis-à-vis de l'excrétion de Coxiella burnetii à partir du résultat d'un test PCR appliqué à un seul type d'échantillon biologique peut conduire à de nombreux faux-négatifs, et donc à une sous-estimation du risque de propagation de l'infection entre animaux et de transmission des animaux à l'homme.

 

En 1996, alors qu'une vague d'épisodes cliniques de salmonellose bovine sévissait en Bourgogne, les Groupements de défense sanitaire (G.D.S.) de Bourgogne ont proposé aux Laboratoires départementaux d'analyses et aux vétérinaires de mettre en place un réseau régional d'alerte à la salmonellose bovine. Pour toute salmonelle isolée sur des bovins par les Laboratoires départementaux de Bourgogne, le réseau transmet par le canal de la Fédération régionale des G.D.S. aux cabinets vétérinaires du canton touché ainsi qu'à ceux des cantons limitrophes les informations disponibles sur le foyer identifié. En 10 années de fonctionnement, le réseau a émis près de 1000 alertes adressées à 10 000 cabinets vétérinaires. Le bilan pluriannuel révèle une décroissance constante du nombre de foyers depuis 1996, observée par ailleurs dans d'autres réseaux comme le Réseau d'épidémiosurveillance des salmonelloses bovines (R.E.S.S.A.B.). La distribution géographique des foyers se révèle très variable d'une année sur l'autre et montre parfois des micro épizooties locales. D'autres informations comme le sérovar, le profil d'antibiorésistance et les symptômes observés sont collectées par le réseau. Ainsi, le sérovar Typhimurium prédomine régulièrement à plus de 80% des souches identifiées. Malgré les biais attachés à ces informations, ce réseau, dont la finalité reste l'appel à la vigilance des vétérinaires, permet d'exercer une épidémiosurveillance régionale active et économique.

 

Des stratégies de contrôle sont mises en place pour maîtriser la propagation des infections par le virus de la maladie des muqueuses (BVDV), telles que le dépistage et l'élimination des animaux infectés permanents immunotolérants (IPI). L'objectif de l'étude était d'étudier l'influence de la survie des IPI sur la propagation et la persistance du BVDV dans les troupeaux bovins laitiers. Un modèle stochastique en temps discret à compartiments a été développé, intégrant la dynamique du troupeau et la dynamique d'infection par le BVDV. Le troupeau modélisé a été structuré en cinq lots : veaux, jeunes génisses, génisses mises à la reproduction, vaches en lactation et vaches taries, représentant un troupeau bovin laitier type en France. Plusieurs stades d'infection étaient possibles : protégé par anticorps maternels (M), sensible (S), infecté transitoirement (T), guéri et immun (suivant le moment d'infection : hors gestation (R), en début (Ra), au milieu (Rb), ou en fin de gestation (Rc)), IPI (P). Les IPI ont un taux de mortalité plus élevé que les autres animaux. La sensibilité du modèle à la variation de la survie des IPI a été analysée, suite à une unique introduction du virus dans le troupeau par naissance d'un animal infecté. Sans intervention, la demi-vie des IPI est estimée à un an. Des demi- vies plus courtes (1, 2, 3 et 6 mois) ont été testées, simulant une disparition précoce résultant du dépistage plus élimination. Les sorties du modèle étudiées ont été la probabilité d'extinction de l'infection 6 mois, 1 an et 2 ans après introduction du virus, le temps mis pour atteindre une probabilité d'extinction de l'infection de 50, 70, 80, 90 et 100% et la taille du foyer (nombres cumulés moyens d'IPI et d'infectieux transitoires) 10 ans après introduction du virus. Les résultats étaient très sensibles à une diminution de la survie des IPI. Un an après introduction du virus, l'extinction de l'infection avait lieu dans 40% des troupeaux en moyenne, si aucune intervention n'était réalisée. Pour une demi-vie des IPI réduite à 6, 3 ou 1 mois, l'extinction avait lieu dans 60, 70 et 90% des troupeaux, respectivement. L'extinction de l'infection dans 90% des troupeaux avait lieu après plus de cinq ans sans intervention. Elle avait lieu en moyenne avant un an pour une demi-vie des IPI réduite à un mois la taille du foyer diminuait suite à une réduction de la demi-vie des IPI avec 35 à 65% d'IPIs en moins et 30 à 80% d'infectieux transitoires en moins. Cette étude a permis de quantifier la vitesse d'assainissement des troupeaux bovins laitiers structurés en lots, selon la capacité à détecter et éliminer précocement les animaux IPI.

 

Une étude biochimique rétrospective des cas d'ESB diagnostiqués en France a permis d'identifier aux cotés de la forme classique, deux nouvelles formes atypiques. Ces formes se distinguent entre elles et de la forme classique de la maladie, entre autres par les caractéristiques biochimiques de la protéine prion pathologique mise en évidence par la technique de Western Blot. Cet article présente l'utilisation de l'analyse discriminante de Fisher pour la différenciation moléculaire des trois types d'ESB. Cette méthode quantitative permet la prise en compte de l'ensemble des données biochimiques pour définir une classification des différents types de cas.

 

Cet article fait le bilan des connaissances sur la fièvre catarrhale ovine acquises depuis 2000. Après les introductions successives de trois sérotypes différents en Corse, il est possible de comparer l'impact de chaque souche et d'analyser les modalités de propagation. Les différentes stratégies de surveillance (clinique, sérologique et entomologique) mises en place entre 2000 et le premier semestre 2006 en Corse et sur le continent sont analysées en fonction du risque d'introduction ou du statut de la région (infecté ou indemne). L'efficacité des campagnes de vaccination généralisée et la situation dans les pays voisins sont également discutées.

 

Une étude cas/témoins [Jarrige et al., soumis] a mis en évidence la consommation d'aliments concentrés par les bovins pendant leurs deux premières années de vie, comme principale source de contamination des cas d'encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) nés après l'interdiction des farines animales en France en 1990 (cas dits NAIF). Dans une moindre mesure la consommation de lactoremplaceur par les bovins et l'achat d'aliments du commerce pour volailles dans ces exploitations étaient aussi associés à l'ESB. En utilisant les mêmes données d'enquête, deux études complémentaires ont été menées, l'une prenant en compte les différentes périodes possibles de contamination des bovins, l'autre restreignant l'échantillon d'étude aux exploitations où des volailles étaient présentes. Un modèle de régression logistique conditionnelle a été utilisé, prenant en compte la taille de l'atelier bovin et le type de production des bovins. Cette étude montre que la consommation d'aliments composés par les bovins est significativement à risque s'ils sont consommés avant l'âge de deux ans (OR=7,8 [1,4-45,3]) ou s'ils sont consommés à la fois avant et après deux ans (OR=6,8 [1,2-37,9]). En revanche, la consommation d'aliments composés uniquement après l'âge de deux ans n'apparaît pas significativement à risque. Par ailleurs, dans les exploitations ayant des volailles, l'achat d'aliments du commerce pour ces espèces est aussi significativement associé à l'occurrence de l'ESB (OR=3,9 [1,1-13,7]).

 

Des sérums en provenance de plus de 1200 chèvres réparties à travers la Belgique, l'Espagne, la France et l'Italie ont été analysés par séroneutralisation afin d'actualiser la situation épidémiologique de l'infection de la chèvre par l'herpèsvirus caprin 1 (CpHV-1). Les analyses sérologiques ont montré que le CpHV-1 ne semble pas présent en Belgique et en France, alors que la prévalence apparente est élevée en Espagne et en Italie.

 

La brucellose due à Brucella suis est une zoonose commune à différentes espèces animales, y compris le sanglier. En raison d'une population importante de sangliers au Piémont, depuis 2000 un programme de surveillance a été établi, comprenant en particulier une surveillance sérologique de la brucellose. L'obtention de résultats sérologiques positifs en 2001 a conduit à des vérifications bactériologiques. Ont été analysés : les sérums de 2 688 sangliers par le test au rose bengale, de 3 535 sangliers par fixation du complément et des prélèvements de 1 864 sangliers par bactériologie. Brucella spp a été isolée chez 160 animaux. L'infection brucellique peut être considérée comme enzootique dans certaines zones du Piémont.

 

Entre 1997 et 1998, une épizootie de peste porcine africaine (PPA) à réduit de plus de la moitié l'effectif de porcs de la région du lac Alaotra (Madagascar) qui était initialement de 40 000 têtes. Face à cette épizootie, des paysans de cette région ont développé l'élevage ovin qui était resté marginal. La situation sanitaire de cet élevage étant mal connue, une étude épidémiologique participative a permis d'associer la population à l'établissement du diagnostic, à la formulation des solutions et à leur mise en application en adéquation avec la situation socio-économique. Selon les éleveurs, la situation sanitaire ovine était dominée par les parasitoses internes (78%), leur répartition étant fonction du type d'environnement. Les parasitoses internes ont été responsables de 88% des mortalités, les maladies infectieuses d'origine virale ou bactérienne de 10% et les parasitoses externes de 2% de mortalité, respectivement. Comme solutions, trois voies d'amélioration de la situation sanitaire ont été établies au travers de cette démarche participative: un calendrier de prophylaxie médicale a été établi, l'amélioration de l'habitat ainsi que celle de l'alimentation ont été initiées.

 

Une évaluation du coût d'un plan de contrôle de l'IBR en Belgique est réalisée sur une période de 10 ans. Sur base des différents protocoles d'acquisition et de maintien des statuts sanitaires de troupeau, définis par la prochaine législation, et d'une décroissance constante de la prévalence de l'IBR, les coûts annuels par statut, les coûts individuels moyens par étape de certification et les coûts individuels moyens en fonction de la taille de troupeau sont calculés. Le statut le moins onéreux à acquérir et à maintenir est le statut indemne d'IBR.

 

A l'occasion du dépistage organisé pour l'épidémio-surveillance de la peste porcine classique chez les sangliers en région Wallonne, une enquête sérologique vis-à-vis du virus SuHV1 a été entreprise entre septembre 2004 et décembre 2005 sur environ 2 300 sangliers. Cette enquête est basée sur un test Elisa commercial validé en interne pour le sanglier. Elle démontre l'existence d'une infection enzootique des suidés sauvages wallons par le virus de la maladie d'Aujeszky, avec des disparités sub-régionales importantes. L'analyse préliminaire de différents paramètres (âge, sexe, saison ou mois de prélèvement), en rapport avec la biologie des sangliers, permet d'éveiller ou de confirmer des pistes concernant la pathogénie de l'infection dans cette espèce.

 

Suite à des décennies de lutte, l'incidence de troupeaux atteints de tuberculose bovine a diminué progressivement pour finalement passer sous le seuil de 0,1% depuis 1997. Actuellement, la tuberculose bovine à Mycobacterium bovis sévit encore à l'état sporadique. Depuis que la Belgique est reconnue officiellement indemne de tuberculose bovine en 2003 (décision 2003/467/CE), cinq à dix foyers sont identifiés annuellement. Afin de mieux comprendre l'épidémiologie de l'infection dans notre pays, le typage moléculaire des souches de M. bovis, isolées depuis 1995, a été réalisé. Entre août 1995 et novembre 2005, l'isolement de M. bovis a été réalisé dans 233 foyers de tuberculose. Les souches de M. bovis provenant de 93% de ces foyers de tuberculose ont été typées à l'aide des techniques de restriction fragment length polymorphism (RFLP IS6110) et de spoligotypage. Chacune de ces techniques présente une capacité de discrimination différente en fonction des génotypes, mais les deux techniques sont complémentaires. Ensemble, elles distinguent plus de 40 génotypes. La technique de mycobacterial interspersed repetitive unit - variable-number tandem repeat analysis (MIRU-VNTR), évaluée sur un échantillonnage de 128 souches, discrimine, à elle seule, les souches de façon similaire aux techniques précédentes mises en oeuvre conjointement. D'autre part, la stabilité des profils obtenus par la technique de MIRU-VNTR a été démontrée sur un échantillonnage de souches isolées dans les mêmes exploitations bovines et dans des exploitations présentant des liens épidémiologiques documentés. Cette technique de typage performante et facile à mettre en oeuvre remplacera progressivement les deux autres techniques. Entre 1995 et 2005, 12 lignées aux génotypes distincts ont été observées en Belgique. Une lignée est clairement dominante puisqu'elle représente 48% des exploitations infectées. Cette lignée est celle qui était associée à la recrudescence de la tuberculose bovine observée en province de Liège entre 1995 et 1996. D'autres lignées sont plus rarement isolées (maximum 9% des exploitations). L'analyse rétrospective montre que certaines lignées peuvent réapparaître plusieurs années après avoir été observées et que des souches nouvelles apparaissent ponctuellement. Deux souches non encore identifiées depuis 1995 sont ainsi apparues en 2004. Ce résultat suggère qu'en plus de la circulation des souches de M. bovis entre exploitations belges, d'autres voies d'introduction de la tuberculose bovine doivent être suspectées dans certaines exploitations. Le typage moléculaire continu des souches de M. bovis constitue un précieux outil pour (ré-) orienter les enquêtes épidémiologiques amenant à prendre des mesures appropriées de gestion.

 

L'estimation de la prévalence réelle d'une maladie dans une région donnée à partir des résultats d'un ou plusieurs tests diagnostiques appliqués sur des individus dont le statut est inconnu signifie que, en l'absence d'un test parfait (gold standard) et sans information externe concernant les caractéristiques des tests, le nombre de paramètres à estimer dépasse le nombre de paramètres estimables à partir des données. L'approche bayésienne permet l'intégration d'opinions d'experts ou informations a priori pour réduire le nombre de paramètres à estimer au nombre de paramètres estimables et autorise ainsi l'estimation de la prévalence réelle de la maladie et des caractéristiques des tests impliqués dans le diagnostic. Un modèle statistique bayésien tenant compte de la dépendance conditionnelle éventuelle entre les tests a été établi et appliqué sur les résultats de quatre tests pour le diagnostic de la cysticercose porcine dans une population de 868 porcs zambiens traditionnels. Plusieurs critères de validation de l'analyse ont été étudiés et vérifiés. La prévalence réelle de la maladie au sein de cette population a été estimée à 60%, soit trois fois plus que la prévalence apparente estimée au préalable dans cette région à l'aide d'un test unique peu sensible. L'approche bayésienne se présente comme une technique fiable de modélisation de résultats issus de l'application de tests multiples pour le diagnostic d'une maladie. Son application peut s'étendre à d'autres maladies et à un nombre variable de tests diagnostiques.

 

Suite à l'épizootie d'encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) au Royaume-Uni qui a culminé en 1993, la France a été parmi les premiers pays touchés en Europe continentale. Comme au Royaume-Uni, le cheptel laitier a été plus atteint que le cheptel allaitant, et il a été fait l'hypothèse que ceci provenait d'une consommation plus importante d'aliments concentrés. Cependant, l'influence du niveau d'intensification du troupeau n'a pas été étudiée en élevage laitier en regard du risque d'ESB. L'article porte sur l'analyse de cette question. Deux bases de données françaises ont été utilisées et connectées : la base de données du Contrôle laitier qui porte sur plus de 70 000 troupeaux chaque année et la base de données des cas ESB, qui peut être considérée sans biais de notification depuis la mise en place systématique des tests de dépistage à l'abattoir et à l'équarrissage en juillet 2001. Seuls les troupeaux de race Holstein ont été pris en compte, car ils sont de loin les plus nombreux et répartis sur l'ensemble du territoire, comparativement aux autres races. Le risque ESB pour différents niveaux de production laitière a été étudié en estimant les odds ratios à partir de régressions logistiques avec ajustement sur la zone géographique, la taille du troupeau et l'année de naissance. Le niveau de production laitière a été considéré l'année de naissance des cas, dans la mesure où le risque de contamination le plus élevé se situe dans le jeune âge, selon les résultats de modélisation. L'analyse a porté sur 33 584 troupeaux pour lesquels les données du contrôle laitier étaient connues pour la période d'intérêt, parmi lesquels 144 ont été atteints d'ESB entre juillet 2001 et juillet 2003. Le résultat principal est un risque ESB 3,8 fois plus élevé pour la classe des troupeaux présentant le niveau de production laitière le plus élevé (production annuelle standardisée à 305 jours de 10 000 kg et plus), en comparaison avec les troupeaux présentant le niveau de production le moins élevé (moins de 7 000 kg). Les niveaux de production intermédiaires ne présentent pas de risque ESB accru par rapport au niveau le plus faible. La taille du troupeau ne paraît pas liée au risque ESB hormis par le mécanisme d'un risque accru de dépister au moins un animal infecté quand la taille du troupeau augmente.