Dufour Barbara

 

 

Ouagal Mahamat, Brocchi Emiliana, Grazioli Santina, Ben Youssef Adel, Sumption Keith,Hendrikx Pascal, Berkvens Dirk & Saegerman Claude

La détection précoce des maladies est l’un des principaux objectifs des réseaux d’épidémiosurveillance en Afrique de l’Ouest et du Centre. L’une des qualités essentielles d’un réseau de surveillance épidémiologique est sa sensibilité. Au Tchad, la fièvre aphteuse est la maladie la plus souvent suspectée par le réseau d’épidémiosurveillance des maladies animales (REPIMAT). La surveillance de cette maladie dans le cadre du REPIMAT est événementielle (clinique) et concerne essentiellement les bovins à cause de l’importance de cette espèce dans l’économie du pays. Cependant, la déclaration des cas de fièvre aphteuse se limite aux suspicions cliniques et aucun prélèvement complémentaire n’est réalisé en vue de la confirmation du diagnostic par un laboratoire. Afin d’apprécier la sensibilité du REPIMAT pour la surveillance de cette maladie, une enquête sérologique a été menée dans huit des neuf délégations régionales d’élevage les plus peuplées du pays en bovins. Les échantillons tirés aléatoirement ont été analysés par le laboratoire de référence OIE/FAO de la fièvre aphteuse de Brescia en Italie avec l’appui de la Commission européenne de lutte contre la fièvre aphteuse. Le test NSP 3ABC-ELISA a été utilisé pour la détection des anticorps dirigés contre des protéines non structurales (NSP) et les résultats de son application indiquent une infection récente ou passée. La déclaration des suspicions cliniques a été comparée avec la séroprévalence. Au total, des prélèvements ont été effectués dans 106 troupeaux/villages et sur 796 bovins. Le taux de prévalence troupeau était de 63 % (IC 95 % : 51,9 - 71,2) alors que le taux de séroprévalence individuelle des animaux dans les troupeaux était de 35,6 % (IC 95 % : 32,2 - 39,0). Une relation globale significative et positive a été observée entre la séroprévalence estimée et le nombre de suspicions cliniques enregistrées dans le cadre du REPIMAT. Cependant, cette relation est faible mais hétérogène, ce qui laisse présager une marge d’amélioration pour le rapportage des suspicions cliniques de fièvre aphteuse dans plusieurs délégations d’élevage où des mesures correctives peuvent être envisagées.

 

Fernández-Fontelo Amanda, Puig Pedro, Caceres Germán, Romero Luis, Revie Crawford, Sanchez Javier, Dórea Fernanda C. & Alba Anna

La collecte automatisée de données non-spécifiques sur la santé du bétail combinée avec les techniques actuelles d'exploration de données et les analyses de séries temporelles facilitent le développement de la surveillance syndromique vétérinaire. Ces approches peuvent améliorer la surveillance traditionnelle des maladies animales. Un exemple est l'analyse continue de données sur les bovins morts qui sont enregistrées au niveau de la ferme. Il faut conduire des recherches additionnelles pour mettre ce processus d’analyse en place afin de pouvoir s’en servir de système d’alerte. L’objet de l’étude est : 1 - de créer une méthode pour déterminer automatiquement à différents niveaux spatiaux les paramètres des modèles de moyennes mobiles et intégrés autorégressifs classiques (ARIMA) en incluant la tendance et la saisonnalité ; 2.- de prédire la mortalité à venir au cours d’une période donnée ; et 3 - de détecter des pics de mortalité dépassant de manière significative la mortalité prédite. L'application de ce travail est illustrée en utilisant des données sur les bovins laitiers morts dans deux régions d'Espagne. La mortalité hebdomadaire enregistrée est modélisée au niveau du comté (ie. comarca), de la province et de la région entre 2006 et 2013. En utilisant ces modèles, la mortalité est prédite entre janvier 2014 et juin 2015. Les valeurs de mortalité qui dépassent les limites des intervalles de confiance de la mortalité prédite sont identifiées comme des pics de mortalité. Les causes de tels pics de mortalité dans quelques fermes affectées sont évaluées en utilisant les données des rapports d'expertise réalisées par les compagnies d'assurance. Ce travail permet de comparer l’évolution de la mortalité des bovins laitiers appartenant à des populations soumises à des pratiques d’élevage et des environnements différents, illustrant une approche originale d'obtention de données de mortalité à différents niveaux administratifs.

 

 

Bouveret Adrien, Dufour Barbara & Rivière Julie

La lutte collective contre la tuberculose bovine (danger sanitaire de première catégorie) a commencé en France dès 1955 à la suite de la création des groupements de défense sanitaire (GDS). Le dispositif mis en place s’est montré efficace, puisque la prévalence de la maladie n’a eu de cesse de diminuer jusqu’à l’obtention par la France du statut indemne de tuberculose bovine décerné par l’Union Européenne en 2001. Cependant, si l’allègement des mesures réglementaires a été la règle au cours des dernières décennies, la vigilance des autorités sanitaires s’est de nouveau accrue car, depuis 2005, une augmentation de la prévalence a été constatée en France et constitue actuellement une préoccupation importante. C’est pour ces raisons que l’évaluation du dispositif de surveillance semblait pertinente, notamment d’un point de vue de son efficacité et de son coût, d’autant que des allègements réglementaires ont été réalisés dans le but principal de limiter le coût de la surveillance, sans réelle information concrète concernant son efficacité (i.e. sur le terrain). Ce travail a consisté à élaborer des arbres de scénarios représentatifs des protocoles de surveillance de la tuberculose bovine en élevage et à estimer de manière quantitative et stochastique des paramètres d’entrée nécessaires aux simulations. La structure des arbres de scénarios, comprenant l’ensemble des nœuds influençant les probabilités d’infection et/ou de détection de la tuberculose en élevage, a ainsi pu être élaborée, permettant l’installation d’une base scientifique pour les études à venir. Par ailleurs, de nombreuses données n’étaient pas disponibles, notamment sur les facteurs influençant la détection de la maladie, et c’est pour cette raison qu’une consultation d’experts a été nécessaire. Les réponses des experts pour chaque branche des arbres de scénarios, ainsi que le paramétrage en découlant, ont été présentés dans cet article, permettant une première estimation de l’influence des conditions de terrain sur les caractéristiques des tests de dépistage en élevage.

 

Poirier Valentine & Praud Anne

En France, l’assainissement des élevages foyers de tuberculose bovine est habituellement réalisé par abattage total (AT) du troupeau. Toutefois, depuis 2014, l’abattage sélectif (AS) des seuls animaux réagissant aux tests d’intradermotuberculination (ID) et/ou de dosage de l’interféron gamma (IFNᵧ) est possible sur tout le territoire français, sur dérogation. L’objectif de cette étude était de dresser une typologie des foyers assainis par AS. Les données ont été recueillies dans cinq départements entre juillet 2014 et janvier 2017. Sur le terrain, les délais (entre contrôles ou avant abattage) fixés par note de service n’étaient pas toujours respectés mais l’impact sanitaire de ces écarts semblait faible. Parmi les animaux à résultats non négatifs aux tests de dépistage, 52,6 % ont été abattus. Ceux n’ayant pas été abattus étaient principalement des animaux à résultat négatif à l’ID et non conclusif à l’IFNᵧ, et dont les résultats aux contrôles suivants s’avéraient négatifs. L’AS a permis d’épargner 78,9 % des animaux présents mais allongeait nettement les durées d’APDI (Arrêté préfectoral portant déclaration d’infection). L’IFNᵧ apportait une réelle plus-value à l’ID dans la recherche des animaux infectés.

 

Guillerit Faustine & Dufour Barbara

Le Réseau national échouages (RNE) joue un rôle majeur dans la surveillance des populations de mammifères marins par le biais des échouages. Il est actuellement en cours de changements fonctionnels, que ce soit du point de vue des protocoles, des analyses ou encore de la gestion des correspondants. Dans cette dynamique, les dangers majeurs et secondaires affectant les mammifères marins ont été déterminés, puis leurs outils diagnostiques les plus adaptés ont été identifiés. Par ailleurs, treize réseaux d’échouage européens et le réseau français de faune sauvage terrestre ont été étudiés afin d’identifier leurs points clés de fonctionnement et leur points critiques. À la suite de cela, des propositions d’optimisation du fonctionnement du RNE ont été réalisées sur les thèmes de la réorganisation de la prise en charge de terrain des échouages et de l’implication d’un réseau de laboratoires dans le réseau. Les principaux éléments limitants sont l’aspect financier et le soutien des acteurs.

 

Ventujol Aurélie, Decors Anouk, Le Maréchal Caroline, Toux Jean-Yves, Allain Virginie, Mazuet Christelle, Bayon-Auboyer Marie-Hélène, Le Bouquin Sophie & Souillard Rozenn

Entre 2000 et 2013, en France, 129 foyers de botulisme ont été signalés chez les oiseaux sauvages et 396 chez les volailles respectivement par les réseaux d’épidémiosurveillance SAGIR (« Surveiller et Agir ») et RNOEA (Réseau National d’Observations Epidémiologiques en Aviculture). Vingt-neuf espèces d’oiseaux sauvages et huit espèces de volailles ont été affectées, principalement les canards colverts et les poulets de chair. La famille des anatidés représentait 85 % des oiseaux sauvages autopsiés dans le cadre du réseau SAGIR. La plupart des foyers ont été rapportés en été et la mortalité a pu dépasser 200 oiseaux par foyer dans la faune sauvage. La toxine la plus fréquemment identifiée dans les foyers était de type « C » chez les oiseaux sauvages (43 % des foyers avec toxine identifiée) et chez les volailles (62 % des foyers avec toxine identifiée). D’après l’analyse bivariée, les cas de botulisme chez les anatidés sauvages étaient significativement associés aux facteurs suivants : l’été, un bon état physiologique, le milieu humide, le régime alimentaire granivore, les canards de surface et l’espèce canard colvert. Cet état des lieux du botulisme aviaire a permis d’obtenir une image descriptive des épisodes de botulisme dans la faune sauvage et en élevage en France de 2000 à 2013.

 

Garin-Bastuji Bruno

Alors que la classification des Brucella était restée inchangée depuis les années 1970, de « nouvelles » espèces sont venues compléter la liste des souches dites « classiques » de Brucella depuis les années 2000. Contrairement à ces dernières, qui regroupent les Brucella d’importance majeure en santé animale et en santé publique (B. abortus, B. melitensis et B. suis) ainsi que B. canis, B. ovis et B. neotomae, et qui sont zoonotiques (à l’exception de B. ovis) et ont pour espèce-hôte préférentielle une espèce domestique, les « nouvelles » Brucella ont été isolées majoritairement d’espèces animales sauvages variées : B. ceti et B. pinnipedialis de mammifères marins, B. microti de rongeurs sauvages (mais aussi du Renard roux et du sol), B. vulpis du Renard roux. D’autres souches ont été isolées soit uniquement de patients humains (B. inopinata et B. inopinata-like), du Babouin (B. papionis), de rongeurs ou d’amphibiens sauvages, sans autre réservoir connu. Bien que la classification ne soit pas encore stabilisée et que toutes les espèces ne soient pas encore bien définies, on sait aujourd’hui que plusieurs de ces « nouvelles » Brucella, dites « atypiques », sont apparentées entre elles et correspondent probablement à un stade d’évolution du genre antérieur à une adaptation des Brucella à un hôte préférentiel terrestre (ruminants et chien domestique) ou marin (cétacés et pinnipèdes).

 

Bénet Jean-Jacques, Marsot Maud, Garin Emmanuel & Rivière Julie

Cet article propose une méthode d’analyse de la validité des résultats des études épidémiologiques, reposant sur plusieurs étapes : définition de la qualité d’une étude épidémiologique, évaluation de l’adéquation des buts de l’étude aux besoins, identification du type d’étude (descriptive ou explicative), évaluation de la validité interne du protocole (échantillonnage, mesures, analyse et interprétation des données), évaluation de la validité externe, bilan global). Il s’appuie également sur des études de cas présentées sous forme d’enseignement programmé (problèmes à résoudre à l’aide de questions à choix multiples et organisées selon un itinéraire permettant l’apprentissage de la méthode d’évaluation), qui pourront être téléchargées ultérieurement à partir du site de l’AEEMA (http://aeema.vet-alfort.fr/).

 

Amat Jean-Philippe, Hénaux Viviane, Tapprest Jackie, Sala Carole & Alba-Casals Ana

 

Toma Bernard

 

Toma Bernard