Thème 6 : Prévention de la contamination de l'Homme par le SARS-CoV-2 à partir des animaux

 

 

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     Auteurs : Burkholz S. et al.
     Source : bioRxiv
     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 29 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 janvier 2021)
 
Les auteurs examinent les mutations du génome du SARS-CoV-2 associées à sa transmission de l’Homme aux visons au Danemark, aux États-Unis et aux Pays-Bas et au retour du virus à l’Homme. Ils s’inquiètent des futurs virus mutants pouvant se propager entre espèces, ce qui peut avoir des conséquences importantes sur l’efficacité des vaccins et des thérapeutiques à base d’anticorps monoclonaux.
 
     Auteur : Konishi T.
     Source : bioRxiv
     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 27 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 3 janvier 2021)
 
Discussion par l’auteur des différentes souches variantes du SARS-CoV-2 apparues chez les visons au Danemark et aux Pays-Bas, des mutations intervenues par comparaison aux souches humaines, et du caractère plus ou moins infectieux pour les êtres humains de ces souches isolées chez les visons.
 
     Auteurs : Taylor C. A. et al.
     Source : PNAS
     Date de publication : 19 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 décembre 2020)
 
Cette étude conduite aux Etats-Unis tend à démontrer qu’en matière de COVID-19 les abattoirs ont un impact sur la propagation de la maladie qui va bien au-delà des établissements concernés et de leurs employés. Cet impact varie en fonction de plusieurs facteurs, tels que la taille de l’abattoir, la vitesse de la chaîne d’abattage, l’envergure de l’entreprise d’appartenance, etc.. 
 
     Auteur : Staten Serum Institut (Danemark)
     Source : ProMED
     Date de publication : 13 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 décembre 2020)
 
Point sur l’évolution au Danemark des foyers de COVID-19 dans les élevages de visons ainsi que sur les cas humains en relation avec ces élevages, notamment dans les établissements qui ont traité les peaux des visons sacrifiés. Des informations sont aussi fournies sur les cas d’infection chez les chats vivant dans les élevages de visons et le statut des chats libres capturés aux alentours.
 
     Auteurs : Sooksawasdi Na Ayudhya S. et Kuiken T.  
     Source : Veterinary Pathology
     Date de publication : 9 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 décembre 2020)
 
Les auteurs comparent la pandémie actuelle de COVID-19 avec la pandémie de grippe due au virus influenza H1N1 en 2009, cette comparaison pouvant aider à une meilleure appréciation des conséquences possibles de tels événements en matière de santé publique et de santé animale, notamment en ce qui concerne le franchissement de la barrière d’espèce, l’établissement d’un nouveau réservoir de virus, etc..
 

SARS-CoV-2 mink-associated variant strain – Denmark

     Auteur : OMS

     Source : OMS

     Date de publication : 3 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 13 décembre 2020)

 

Point sur l’évolution au Danemark des foyers de COVID-19 dans les élevages de visons ainsi que des cas humains en relation avec ces élevages, et recommandations plus développées de l’OMS sur ce sujet.

 
     Auteurs : Académie nationale de médecine et Académie vétérinaire de France
     Source : Académie nationale de médecine et Académie vétérinaire de France
     Date de publication : 25 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 décembre 2020)
 
Les deux académies passent en revue les espèces animales sensibles au SARS-CoV-2 et émettent plusieurs recommandations sur les actions à mener en conséquence de l’apparition d’un virus mutant dans certains élevages de visons.
 
     Auteurs : Brugère-Picoux J. et al.
     Source : Académie nationale de médecine et Académie vétérinaire de France
     Date de publication : 24 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 décembre 2020)
 
Examen des connaissances sur la sensibilité des animaux domestiques et sauvages vis-à-vis du SARS-CoV-2 et conséquences à en tirer en matière de santé publique.
 
     Auteur : Koopmans M.
     Source : The Lancet Infectious Diseases
     Date de publication : 20 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
 
L’auteur présente la problématique posée par l’apparition de souches mutantes du SARS-CoV-2 dans des élevages de visons au Danemark.
 
     Auteurs : Hammer A. S. et al.
     Source : Emerging Infectious Diseases
     Date de publication : 18 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
 
Examen du génome et étude phylogénique des souches de SARS-CoV-2 isolées chez des visons de différents élevages au Danemark ainsi que des souches retrouvées chez des personnes à leur contact.
 
     Auteurs : van Dorp L. et al.
     Source : bioRxiv
     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 16 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
 
Les auteurs se sont intéressés aux séquences du génome des souches de SARS-CoV-2 isolées chez le vison qui ont été publiées et y ont repéré des mutations récurrentes qui ne se retrouvent que rarement dans les souches de SARS-CoV-2 humaines, ce qui signifie une adaptation en cours du virus à l’espèce vison.
 
     Auteur : Lassaunière R. et al.
     Source : Statens Serum Institut (Danemark)
     Document accessible sur le Web depuis le : 16 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
 
L’étude examine les changements intervenus dans la composition en amino-acides de la glycoprotéine de spicule du SARS-CoV-2 dans les foyers de COVID-19 apparus dans les élevages de visons du Danemark ainsi que leur impact sur les caractéristiques antigéniques du virus.
 
     Auteur : Mallapaty S.
     Source : Nature
     Date de publication : 16 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
 
De l’avis des scientifiques, l’existence des souches mutantes du SARS-CoV-2 trouvées à ce jour chez les visons ne remettrait pas en question l’efficacité des vaccins.
 

Pandemic dooms Danish mink—and mink research

     Auteur : Lesté-Lasserre C.

     Source : Science

     Date de publication : 13 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)

 

L’auteur explicite les enjeux en matière de santé publique qui sous-tendent la décision prise par le gouvernement du Danemark d’éliminer tous les élevages de visons du pays à la suite de l’apparition en leur sein d’une souche mutante du SARS-CoV-2 (désormais appelée en anglais le ΔFVI-spike mutant).

 

     Auteur : Statens Serum Institut (Danemark)
     Source : Statens Serum Institut (Danemark)
     Document accessible sur le Web depuis le : 13 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
 
Le document commente les évolutions les plus récentes intervenues dans l’épisode de COVID-19 qui touche les élevages de visons danois et les personnes en contact avec ces élevages.


Rapid Risk Assessment: Detection of new SARS-CoV-2 variants related to mink  

     Auteur : ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control)

     Source : ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control)

     Date de publication : 12 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)

 

L’évaluation de risque fait suite à la circulation d’une souche mutante particulière du SARS-CoV-2 chez des visons et des personnes au Danemark (« Cluster 5 »), qui se caractérise par des modifications marquées dans les domaines fonctionnels de la protéine de spicule, ce qui pourrait affecter les traitements, certaines épreuves de diagnostic et les caractéristiques antigéniques du virus.

 

Mink and COVID-19

     Auteur : gouvernement du Danemark

     Source : gouvernement du Danemark

     Date de publication : 12 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)

 

Jeu de questions - réponses établi par le gouvernement du Danemark sur toutes les questions que les citoyens de ce pays peuvent se poser sur l’apparition d’une souche mutante du SARS-CoV-2 dans des élevages de visons du Jutland.

 

Transmission of SARS-CoV-2 on mink farms between humans and mink and back to humans

     Auteurs : Oude Munnink B. B. et al.

     Source : Science

     Date de publication : 10 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)

 

Les recherches conduites dans 16 élevages de visons néerlandais, sur la base du séquençage complet du génome du SARS-CoV-2, sur les animaux et les personnes à leur contact, permettent aux auteurs de montrer ce qui s’est produit en matière de circulation du virus.

 

Mutation du virus Sars-CoV-2 chez les visons danois et mesures de précaution

     Auteurs : Académie nationale de médecine et Académie vétérinaire de Franc

     Source : Académie nationale de médecine

     Date de publication : 5 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)

 

Alerte conjointe et recommandations émises par les deux académies à la suite de mutations problématiques du SARS-CoV-2 apparues dans cinq élevages danois de visons.
 
     Auteurs : Pang X. et al.
     Source : National Science Review
     Date de publication : 23 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 décembre 2020)
 
Les auteurs ont conduit une enquête épidémiologique pour déterminer l’origine d’une résurgence de la COVID-19 à Pékin en juin 2020 et ont conclu que des produits importés sous le régime du froid de pays à risque élevé de maladie et manipulés sur un grand marché local pouvaient en être responsables.
 
     Auteur : ANSES
     Source : ANSES
     Date de publication : 16 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
 
Il s’agit d’un état des connaissances au 30 septembre 2020 sur le rôle éventuel des animaux dans la propagation de la COVID-19 : les coronavirus dans différentes espèces, positionnement phylogénique du SARS-CoV-2, réceptivité et sensibilité à ce virus de différentes espèces animales domestiques ou sauvages.
 
     Auteur : Gouvernement des Pays-Bas          
     Source : ProMED
     Date de publication : 14 septembre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 septembre 2020)  
 
Dans cette page de ProMED, le modérateur fournit une traduction en anglais des deux paragraphes intitulés « Santé publique » figurant dans la lettre adressée le 28 août 2020 par le Ministre de l’agriculture et celui de la santé au parlement des Pays-Bas sur les risques de transmission du SARS-CoV-2 aux êtres humains à partir des foyers apparus dans les élevages de visons.

 

     Auteurs : IUCN et OIE
     Source : IUCN et OIE

     Date de publication : 25 août 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 5 septembre 2020)

Il s'agit de Recommandations faites en vue de diminuer le risque de transmission du virus de la COVID 19 de l'Homme aux mammifères sauvages.  


     Auteurs : Fisher D. et al.
     Source : bioRxiv

     Date de publication : 18 août 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 30 août 2020)

Constatant la réapparition de foyers de COVID-19 dans des zones réputées assainies, qui pourrait s’expliquer par le commerce de produits alimentaires porteurs du SARS-Cov-2, les auteurs ont contaminé des pièces de saumon, de poulet et de porc et démontré que le virus pouvait y survivre dans les conditions habituelles de conservation de ces produits.

 

     Auteur : OIE (Organisation mondiale de la santé animale)
     Source : OIE

     Date de publication : 29 juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 2 août 2020)

Cette page du site Internet de l'OIE donne un aperçu des groupes de travail et groupes ad hoc mis en place par cette Organisation en réponse à l'émergence du SARS-CoV-2 ; elle résume les recommandations élaborées par son groupe de travail sur la faune sauvage en matière de commerce international des animaux sauvages en lien avec les maladies zoonotiques émergentes. En complément, l'OIE indique avoir lancé un programme ambitieux destiné à aider ses pays membres à gérer la santé de la faune sauvage, en vue de réduire et maîtriser les risques d'épisodes de transmission de maladies entre celle-ci, le bétail et l'Homme, tout en assurant la protection de la biodiversité.

 

     Auteurs : Ministère danois de l'environnement et de l'alimentation, site Web de l'administration danoise vétérinaire et alimentaire, AFP via Al Arabiya pour les Pays-Bas
     Source : ProMED

     Date de publication : 3 juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 juillet 2020)

L'OMS soupçonne une transmission du virus de l'animal à l'Homme chez deux travailleurs, dans un élevage de visons néerlandais. Sont également listées toutes les précautions sanitaires à prendre dans de tels élevages.

 

     Auteur : Centers for Disease Control en Prevention (Etats-Unis)
     Source : Centers for Disease Control en Prevention

     Date de publication : 11 juin 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 2 août 2020)

Dans cette page du site internet, les CDC fournissent des recommandations sur les précautions à prendre par leurs détenteurs dès lors que des animaux de compagnie se révèlent atteints du virus responsable de la COVID 19 (animaux ayant simplement une sérologie positive ou bien malades). Ces précautions sont en particulier les mesures à mettre en place pour éviter la contamination d'autres animaux et celles destinées à éviter que les animaux domestiques atteints transmettent la maladie à l'Homme.

 

     Auteur : Commission européenne

     Source : Journal officiel de l’Union européenne

     Date de publication : 3 juin 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 juillet 2020)

Depuis 2000, une directive européenne (directive 2000/54/CE), régulièrement mise à jour, énonce des règles visant à protéger les travailleurs qui, du fait de leur activité professionnelle, sont exposés ou risquent d’être exposés à des agents biologiques (notamment dans l'agriculture, l'industrie agroalimentaire, les cliniques vétérinaires) ; elle indique les mesures à prendre pour toute activité susceptible de présenter un risque d’exposition à de tels agents, et pour déterminer la nature, le degré et la durée de l’exposition des travailleurs auxdits agents. La directive (UE) 2020/739 vient ajouter en urgence le SARS-CoV-2 à l’annexe III de la directive précitée, annexe qui dresse la liste des agents biologiques connus pour provoquer des maladies infectieuses chez l’Homme, classés selon leur niveau de risque d’infection.

 
     Auteurs : Bondad-Reantaso M. G. et al.  
     Source : Asian Fisheries Science
     Date de publication : 20 avril 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 25 octobre 2020)
 
L’article développe les arguments disponibles pour affirmer que la probabilité de contamination des animaux aquatiques et de leurs produits par le SARS-CoV-2 est négligeable.
 
     Auteur : ANSES
     Source : ANSES
     Date de publication : 14 avril 2020  - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 juillet 2020)
 
Cet avis fait le point sur le rôle potentiel des animaux de compagnie, des animaux de rente et des aliments dans la transmission du SARS-CoV-2 (pas de preuve que les animaux domestiques jouent un rôle épidémiologique dans la diffusion du SARS-CoV-2).
 
    Auteur : Académie vétérinaire de France
    Source : Académie vétérinaire de France
    Date de publication : 2 avril 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 juillet 2020)

 

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