Thème 1 : Le SARS-CoV-2 au sein des Coronavirus

 

 

Les articles sont présentés du plus récent au plus ancien. Les articles mis sur le site au cours des 30 derniers jours sont repérés par l'indication New

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     Auteurs : Zhou P. et Shi Z-L.
     Source : Science
     Date de publication : 8 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)
 
Ces deux chercheurs de la République populaire de Chine mettent l’accent sur l’aspect zoonotique du SARS-CoV-2, en commentant en particulier les évolutions de son génome au sein de chaque espèce atteinte et des effets que ces dernières peuvent avoir en termes de transmissibilité et de pathogénicité du virus ainsi que d’efficacité des vaccins destinés à l’Homme.
 

NewCORONAVIRUS DISEASE 2019 UPDATE (07): ANIMAL, CHINA, ORIGIN, WHO EXPERTS MISSION

     Auteur : ProMED, d’après CBS, AFP, South China Morning Post et Yangtze Daily
     Source : ProMED
     Date de publication : 6 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)
 
ProMED fait état des dernières informations concernant les négociations qui se poursuivent entre l’OMS et la République populaire de Chine sur la mission d’un groupe d’experts devant se rendre dans ce pays pour tenter de déterminer l’origine de la COVID 19. Sont aussi données des informations sur les mesures prises sur le marché aux produits de la mer de Wuhan.
 
     Auteurs : Castiglione G. M. et al.
     Source : bioRxiv
     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 4 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)
 
Un mécanisme conservé au cours de l’évolution qui s’avère essentiel à l’activité catalytique de l’ACE2 est exploité par le SARS-CoV-2 pour se lier aux cellules, ce qui permet potentiellement à ce virus d’infecter un très large éventail d’espèces.
 
     Auteur : ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control)
     Source : ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control)
     Date de publication : 23 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)
 
Il s’agit d’une note technique destinée à fournir aux laboratoires et aux décideurs des lignes directrices sur la mise en place de capacités de séquençage du SARS-CoV-2, sur les techniques à utiliser et sur l’usage de ce séquençage en matière de diagnostic, de recherche ainsi que d’enquêtes sur les foyers et de surveillance de la maladie, y compris dans le domaine animal.
 
     Auteurs : Conceicao C. et al.
     Source : PLOS BIOLOGY
     Date de publication : 21 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)
 

Les auteurs montrent que la glycoprotéine de spicule du SARS-CoV-2 a un tropisme marqué pour les récepteurs ACE2 non seulement de l’Homme mais aussi de nombre de mammifères, malgré les différences existant dans les séquences d’acides aminés de ces récepteurs. Ils identifient au sein de l’interface protéine de spicule – ACE2, par différentes méthodes, des résidus d’acides aminés qui sont susceptibles d’avoir joué un rôle essentiel dans l’apparition du SARS-CoV-2 chez l’Homme.

 
     Auteurs : Kenney S. P. et al.
     Source : Veterinary Pathology
     Date de publication : 28 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 janvier 2021)

Les auteurs considèrent que les maladies animales dues à des coronavirus fournissent des exemples intéressants pour comprendre l’épidémie actuelle de SARS-CoV-2. Ils donnent des informations actualisées sur plusieurs maladies animales à coronavirus (espèce hôte originelle, passage d’une espèce animale à l’autre, risque pour les humains, etc.).
 
     Auteurs : Moustaqil M. et al.
     Source : Emerging Microbes & Infections
     Date de publication : 29 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 janvier 2021)
 
Les auteurs démontrent que des protéases du SARS-CoV-2 peuvent directement cliver des protéines intervenant dans la réponse immunitaire innée de l’hôte (IRF3, NLRP12 et TAB1). Ils étudient s’il y a ou non clivage de ces facteurs immuns dans différentes espèces animales et en tirent des conclusions sur la difficulté de trouver des modèles animaux adéquats de la COVID-19. Ils poursuivent leur étude sur ce sujet en prenant notamment en compte diverses espèces de chauves-souris.
 
     Auteurs : Delgado Blanco J. et al.
     Source : PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY
     Date de publication : 7 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 décembre 2020)
 
Les auteurs examinent la variabilité de l’interaction entre le domaine de liaison cellulaire chez différentes espèces animales ainsi que chez des individus et la protéine S de différents isolats du SARS-CoV-2 ; par modélisation, ils montrent que l’énergie d’interaction à ce niveau et d’autres facteurs décrits expliquent la sensibilité différente de ces espèces, l’Homme s’avérant le plus sensible.

 

NewThe proximal origin of SARS-CoV-2

     Auteurs : Andersen K. G. et al.

     Source : Nature Medicine

     Date de publication : 17 mars 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 décembre 2020)

 

Hypothèses sur l’origine zoonotique du SARS-CoV-2, les auteurs argumentant pour écarter celle d’une échappée du virus d’un laboratoire.

 
     Auteur : Mallapaty S.
     Source : Nature
     Date de publication : 2 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 décembre 2020)
 
L’auteur décrit la composition de l’équipe de chercheurs qu’a constituée l’OMS pour enquêter sur l’origine de la pandémie de COVID-19 en R. P. de Chine. Parmi ces chercheurs, originaires majoritairement d’Europe, figurent des virologistes ainsi que des spécialistes de santé publique et des zoonoses.
 
     Auteurs : Hobbs E. C. et Reid T. J.
     Source : Transboundary and Emerging Diseases
     Date de publication : 22 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 décembre 2020)
 
Revue détaillée de la littérature scientifique disponible (à la date de rédaction de l’article) sur la sensibilité au SARS-CoV-2 de différentes espèces animales.

 

      Auteurs : Li P. et al.
      Source : bioRxiv
      Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 17 novembre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
 
Comparaison du récepteur ACE2 dans différentes espèces animales domestiques ou sauvages pour le RaTG13 (coronavirus de la chauve-souris), le SARS-CoV, et le SARS-CoV-2.

 

Where did COVID come from? WHO investigation begins but faces challenges

     Auteur : Mallapaty S.
     Source : Nature
     Date de publication : 11 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
 
L’auteur fait part des diverses difficultés auxquelles va être confrontée l’équipe internationale d’épidémiologistes constituée par l’OMS dans la recherche de l’origine de la COVID-19 au cours de ses investigations en République populaire de Chine.
 

     Auteurs : Brouwer P. J. M. et al.

     Source : bioRxiv

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 8 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)

 

Essai d’un vaccin à nanoparticules exprimant de multiples copies de la protéine de spicule du SARS-CoV-2. Les études d’immunité montrent qu’il induit la production d’anticorps neutralisants efficaces chez la souris, le lapin et le macaque crabier.


New putative animal reservoirs of SARS-CoV-2 in Italian fauna: a bioinformatic approach

     Auteurs : Buonocore M. et al.

     Source : Heliyon

     Date de publication : 5 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)

 

Par analyse des séquences d’amino-acides de la protéine ACE2 chez les animaux domestiques ou sauvages communément présents en Italie, les auteurs essayent de déterminer ceux d’entre eux qui pourraient jouer le rôle de réservoir du SARS-CoV-2 ou bien échanger le virus avec la population humaine.

 

     Auteur : OMS
     Source : OMS
     Date de publication : 5 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)
 
Cahier des charges établi par l’OMS en accord avec les autorités de la République populaire de Chine pour la constitution d’une équipe internationale multidisciplinaire en vue de déterminer l’origine de la COVID-19. Ce cahier des charges comprend des volets portant sur les animaux sauvages libres ou tenus en captivité ainsi que sur les produits d’origine animale.
 

« La question de l'origine du SARS-CoV-2 se pose sérieusement »

     Auteur : Pigenet Y.

     Source : CNRS Le journal

     Date de publication : 28 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)

 

Le virologue Étienne Decroly, Directeur de recherche au CNRS, fait le point sur les différentes hypothèses relatives à l’origine du SARS-CoV-2, dont celle de l’échappement accidentel d’un laboratoire.
 

     Auteurs : Guebre-Xabier M. et al.

     Source : Vaccine

     Date de publication : 23 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)

 

Essai d’un vaccin adjuvé dénommé NVX-CoV2373 contre la COVID-19 chez le macaque crabier (Macaca fascicularis).

 

     Auteurs : Jo W. K. et al.
     Source : Transboundary and Emerging Diseases
     Date de publication : 9 octobre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
 
Les auteurs présentent un panorama des connaissances sur le SARS-CoV-2, en mettant l’accent sur son potentiel zoonotique, et discutent des stratégies disponibles dans le cadre d’une approche dite « une seule santé ».

 

     Auteurs : Lam S. D. et al.
     Source : Scientific Reports
     Date de publication : 5 octobre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 octobre 2020)
 
Les chercheurs montrent par modélisation de la façon dont la protéine de spicule du SARS-CoV-2 s’attache à la protéine ACE-2 que chez certaines espèces de mammifères, ce lien pourrait s’établir aussi fermement qu’il le fait en cas d’infection humaine, ce qui pose une nouvelle fois la question du rôle de réservoir qu’elles pourraient jouer.
 
     Auteurs : Alexander M. R. et al.
     Source : The FASEB Journal
     Date de publication : 4 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
 
Les auteurs combinent la sensibilité connue de différentes espèces animales au SARS-CoV-2 avec des analyses de structure pour repérer des positions clés d’acides aminés du récepteur ACE2 dans ces espèces. Ils s’en servent pour construire une échelle de sensibilité au SARS-CoV-2 applicable à tout un ensemble d’espèces.
 
     Auteurs : Muñoz-Fontela C. et al.
     Source : Nature
     Date de publication : 23 septembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 31 octobre 2020)
 
Les auteurs résument les connaissances actuelles sur les espèces animales susceptibles ou non d’être utilisées comme modèles pour tester des candidats vaccins et des médicaments dans la lutte contre la COVID-19.
 
     Auteurs : Dupuy C. et al.
     Source : Plateforme ESA

     Date de publication : 9 septembre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 septembre 2020) 

 

Cette note présente l'état des connaissances sur le COVID-19 et les animaux, actualisé au 09/09/2020.
 
     Auteurs : Damas J. et al.
     Source : PNAS
     Date de publication : 8 septembre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 octobre 2020)
 
Après analyse comparative des séquences ACE2 de 410 espèces de vertébrés, les auteurs suggèrent qu’un grand nombre de mammifères pourraient éventuellement être infectés par le SARS-CoV-2. Ils considèrent que cela peut aider à identifier des hôtes intermédiaires du virus et soulignent les risques d’infection encourus par les espèces menacées d’extinction.
 
     Auteurs : Sansom Ph. et al.
     Source : The Naked Scientists
     Date de publication : 1er septembre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 septembre 2020)
 
     Auteurs : Zhao Xuesen et al.
     Source : Journal of Virology
     Date de publication : 31 août 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 31 octobre 2020)
 
Les auteurs ont étudié les récepteurs ACE2 de 14 espèces de mammifères et ont trouvé que plusieurs d’entre elles pouvaient être infectées par le type sauvage du SARS-CoV-2 ou son mutant caractérisé par une délétion au niveau du site de clivage de la furine dans la protéine de spicule.
 
     Auteurs : Sallard E. et al.  
     Source : Médecine/Science
     Date de publication : 10 août 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)
 
En se fondant sur des inférences phylogénétiques, l’analyse des séquences et les relations structure-fonction des protéines du SARS-CoV-2, les auteurs discutent les différents scénarios évoqués pour rendre compte de l’origine – naturelle (zoonotique) ou synthétique - du virus.
 
     Auteurs : El Masry I. et al.
     Source : FAO
     Date de publication : 20 juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 2 août 2020)
 
     Auteurs : Zhai Xiaofeng et al.
     Source : Journal of Virology
     Date de publication : 16 juillet 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 31 octobre 2020)
 
Se basant sur les structures révélées par rayon X du récepteur ACE2 chez l’être humain, les auteurs examinent la possibilité de liaison entre ce récepteur tel que retrouvé chez différentes espèces animales et la protéine de spicule du SARS-CoV-2 (animaux de compagnie, animaux de ferme et animaux hôtes intermédiaires éventuels du virus).
 

A WHO-led mission may investigate the pandemic’s origin. Here are the key questions to ask

     Auteur : Cohen J.

     Source : Science Magazine

     Date de publication : 10 juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 juillet 2020)

L'article mentionne la visite d'une équipe de l'OMS en République populaire de Chine, préalable à l'enquête épidémiologique qui devrait être organisée entre ce pays et l'organisation internationale sur l'origine (zoonotique) de la pandémie. Il reprend l'historique, les informations disponibles et les hypothèses émises à ce jour sur ce sujet. ProMED a repris cet article sur sa page d'accueil avec quelques commentaires.
 
     Auteur : United States Department of Agriculture, Animal and Plant Health Inspection Service
     Source : United States Department of Agriculture,Animal and Plant Health Inspection Service

     Date de publication : 8 juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 juillet 2020)

Ce texte fournit la liste des espèces animales (un seul animal par foyer) chez lesquelles l'infection par le SARS-CoV-2 a été identifiée aux Etats-Unis ; il est régulièrement actualisé.
 

     Auteur : DHS Science and Technology

     Source : Department of Homeland Security (DHS)

     Date de publication : 7 juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 juillet 2020)

Ce texte, actualisé chaque semaine, comporte au 7 juillet 2020 la liste en 20 pages des principales questions et réponses correspondantes sur le COVID-19 ; les animaux sont plus particulièrement évoqués pages 3, 5 et 16. A cette date, il est enrichi de 552 références bibliographiques accompagnées de leur lien.
 
     Auteur : OIE
     Source : OIE
     Date de publication : 3 juillet 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 8 novembre 2020)
 
Il s’agit de lignes directrices élaborées par l’OIE sur les conditions dans lesquelles des animaux domestiques ou sauvages devraient être testés vis-à-vis du SARS-CoV-2 et les cas positifs, signalés à cette organisation internationale.
 

Exposure of humans or animals to SARS-CoV-2 from wild, livestock, companion and aquatic animals: Qualitative exposure assessment - Supplementary tables on susceptibility of animals to SARS-CoV-2 based on predicted ACE2 affinity to bind SARS-CoV-2 receptor binding domain

     Auteurs : El Masry I. et al.
     Source : FAO

     Date de publication : 1er juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 septembre 2020)

 

Plus de 500 espèces animales y sont citées.


Evaluation for SARS-CoV-2 Testing in Animals

     Auteur : Centers for Disease Control and Prevention (CDC)

     Source : Centers for Disease Control and Prevention (CDC)

     Date de publication : 29 juin 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 juillet 2020)

 

Ce texte indique les règles à respecter aux Etats-Unis pour le dépistage/diagnostic de l'infection des animaux par le virus SARS-CoV-2.
 

Vet-LIRN SARS-CoV-2 Supplemental Necropsy Sample Inventory Checklist

     Auteur : U.S. Food and Drug Administration

     Source : U.S. Food and Drug Administration

     Date de publication : 24 juin 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 5 septembre 2020)

 

Cette page donne accès à une liste de contrôle standardisée sur les prélèvements et données à collecter lors de l’autopsie d’un animal atteint ou suspect d’être atteint par le SARS-CoV-2.

 

     Auteur : U.S. Department of Agriculture – Animal and Plant Health Inspection Service
     Source : U.S. Department of Agriculture – Animal and Plant Health Inspection Service
     Date de publication : 18 juin 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)
 

En cas de suspicion de foyer de SARS-CoV-2 chez les animaux, le document fixe les critères à utiliser pour déclarer un cas suspect, un cas probablement positif et un cas confirmé.

 

Auteur : Cyranoski D.
Source : Nature
Date de publication : 5 juin 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 Juillet 2020)
 

Animal models of mechanisms of SARS‐CoV‐2 infection and COVID‐19 pathology

     Auteurs : Cleary S. J. et al.

     Source : British Journal of Pharmacology

     Date de publication : 27 mai 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)

 

Les auteurs passent en revue les modèles animaux pouvant servir aux recherches sur l’infection par le SARS‐CoV‐2 et les mécanismes pathogènes en jeu dans la COVID‐19. Ils proposent différents moyens de rendre ces modèles plus performants pour conduire les études de pathogénicité et d’évaluation de possibles traitements.

 

COVID-19 from veterinary medicine and one health perspectives: What animal coronaviruses have taught us
Auteurs : Decaro N. et al.
Source : Research in Veterinary Science
Date de publication : 7 avril 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 Juillet 2020)
 
Auteur : Brugère-Picoux J.
Source : Association française pour l'avancement des sciences
Date de publication : 31 janvier 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 Juillet 2020)

 

 

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