Thème 2 : COVID-19 et animaux sauvages

 

 

Les articles sont présentés du plus récent au plus ancien. Les articles mis sur le site au cours des 30 derniers jours sont repérés par l'indication New

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     Auteurs : Liu K. et al.
     Source : PNAS
     Date de publication : 17 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)
 
Les auteurs s’intéressent à la sensibilité des chauves-souris au SARS-CoV-2, en étudiant en particulier la capacité du domaine de liaison de la protéine de spicule du virus isolé chez l’Homme à se lier au récepteur ACE2 de ces animaux.
 

NewAt Risk of Extinction, Black-Footed Ferrets Get Experimental COVID Vaccine

     Auteur : Aleccia J.

     Source : KHN

     Date de publication : 23 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 3 janvier 2021)

 

Vaccination expérimentale contre la COVID-19 de putois américains ou putois à pieds noirs (Mustela nigripes – espèce en danger d’extinction) tenus en captivité dans un centre de conservation situé près de Fort Collins (Colorado, États-Unis).

 

     Auteurs : Gryseels S. et al.
     Source : Mammal Review

     Date de publication : 6 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 décembre 2020)

L’examen de différentes publications récentes amène à conclure qu’un large éventail de mammifères sont sensibles au SARS-CoV-2, et que cette sensibilité n’est pas, ou modérément, prévisible. En conséquence, les précautions sanitaires les plus grandes doivent être prises par les personnes qui interagissent avec les animaux sauvages dans la nature.

 

NewConfirmation of COVID-19 in a Snow Leopard at a Kentucky Zoo

     Auteur : U.S. Department of Agriculture, Animal and Plant Health Inspection Service

     Source : U.S. Department of Agriculture, Animal and Plant Health Inspection Service

     Date de publication : 11 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 décembre 2020)

 

Signes respiratoires chez trois léopards des neiges entretenus dans le zoo de Louisville (Kentucky, Etats-Unis) et confirmation de l’atteinte par le SARS-CoV-2 de l’un d’entre eux ; ces félins ont vraisemblablement été contaminés par un soigneur asymptomatique, malgré les précautions sanitaires prises localement.

 

NewCORONAVIRUS DISEASE 2019 UPDATE (536): ANIMAL, USA (UTAH) WILD MINK, FIRST CASE

     Auteur : U.S. Department of Agriculture, Animal and Plant Health Inspection Service

     Source : U.S. Department of Agriculture, Animal and Plant Health Inspection Service

     Date de publication : 11 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 décembre 2020)

 

Premier cas de SARS-CoV-2 confirmé chez un vison sauvage aux USA, dans l’État de l’Utah.

 

Hacking the diversity of SARS-CoV-2 and SARS-like coronaviruses in human, bat and pangolin populations

     Auteurs : Dimonaco N. J. et al.

     Source : bioRxiv

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 24 novembre 2020 (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 décembre 2020)

 

Comparaison, par des méthodes récentes, des génomes de coronavirus isolés chez l’Homme (SARS-CoV-2), chez les chauves-souris (bat-CoV) et chez les pangolins (pangolin-CoV), qui sont disponibles dans des répertoires publics, dans l’objectif de repérer les mutations adaptatives qui pourraient avoir facilité l’apparition du SARS-CoV-2 dans la population humaine.

 

Serological evidence of exposure to a coronavirus antigenically related to severe acute respiratory syndrome virus (SARS‐CoV‐1) in the Grey‐headed flying fox (Pteropus poliocephalus)

     Auteurs : Boardman W. S. J. et al.

     Source : Transboundary and Emerging Diseases

     Date de publication : 3 novembre 2020(mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 13 décembre 2020)

 

Des prélèvements collectés entre 2015 et 2018 à Adélaïde (Australie) sur 301 renards volants (ou roussettes) à tête grise (Pteropus poliocephalus) ont montré chez un certain nombre de ces chauves-souris l’existence d’anticorps dirigés contre un virus ayant des affinités avec le SARS-CoV-1.

 

 

Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan

     Auteurs : Murakami S. et al.

     Source : Emerging Infectious Diseases

     Date de publication : 2 novembre 2020 (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 décembre 2020)

 

Les chercheurs ont détecté au Japon un sarbecovirus phylogénétiquement lié au SARS-CoV-2 chez une chauve-souris commune dans ce pays (Rhinolophus cornutus). Bien que la protéine de spicule de ce virus ne reconnaisse pas le site d’attachement des cellules humaines, les chercheurs considèrent qu’il pourrait être à l’origine d’une zoonose par l’intermédiaire d’un autre animal.

 

Pandemic danger to the deep: The risk of marine mammals contracting SARS-CoV-2 from wastewater

     Auteurs : Mathavarajah S. et al.

     Source : Science of the Total Environment

     Date de publication : 29 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 décembre 2020)

 

Les auteurs s'inquiètent de la présence du SARS-CoV-2 dans les eaux usées (non ou insuffisamment traitées) qui atteignent la mer en Alaska et du risque de contamination des mammifères marins (baleines, dauphins, phoques et otaries) qui en résulte. Par la voie de la modélisation (comparaison de l'affinité du récepteur ACE2 avec le virus dans différentes espèces), ils ont évalué la sensibilité de ces espèces au virus. Ils alertent sur les effets dévastateurs que pourrait avoir celui-ci sur ces populations déjà en déclin.
 
     Auteurs : Böszörményi K. P. et al.
     Source : bioRxiv
     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 5 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)
 
Comparaison de l’évolution de l’infection par le SARS-CoV-2 chez deux espèces de macaques génétiquement proches : le macaque rhésus (Macaca mulatta) et le macaque crabier (Macaca fascicularis). Sont présentés les résultats du suivi clinique, virologique et immunologique après inoculation d’épreuve.
 

Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan

     Auteurs : Murakami S. et al.

     Source : Emerging Infectious Diseases

     Date de publication : 2 novembre 2020 (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 décembre 2020)

 

Les chercheurs ont détecté au Japon un sarbecovirus phylogénétiquement lié au SARS-CoV-2 chez une chauve-souris commune dans ce pays (Rhinolophus cornutus). Bien que la protéine de spicule de ce virus ne reconnaisse pas le site d’attachement des cellules humaines, les chercheurs considèrent qu’il pourrait être à l’origine d’une zoonose par l’intermédiaire d’un autre animal.

 

Risk assessment of SARS-CoV-2 in Antarctic wildlife

     Auteurs : Barbosa A. et al.

     Source : Science of the Total Environment

     Date de publication : 29 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 13 décembre 2020)

 

Les auteurs évaluent le risque de transmission du SARS-CoV-2 de l’Homme à la population des animaux sauvages de l’Antarctique en prenant en considération les informations disponibles sur la sensibilité des espèces animales présentes, la dynamique de l’infection dans la population humaine et les interactions existant entre les deux populations.

 

Pandemic danger to the deep: The risk of marine mammals contracting SARS-CoV-2 from wastewater

     Auteurs : Mathavarajah S. et al.

     Source : Science of the Total Environment

     Date de publication : 29 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 décembre 2020)

 

Les auteurs s'inquiètent de la présence du SARS-CoV-2 dans les eaux usées (non ou insuffisamment traitées) qui atteignent la mer en Alaska et du risque de contamination des mammifères marins (baleines, dauphins, phoques et otaries) qui en résulte. Par la voie de la modélisation (comparaison de l'affinité du récepteur ACE2 avec le virus dans différentes espèces), ils ont évalué la sensibilité de ces espèces au virus. Ils alertent sur les effets dévastateurs que pourrait avoir celui-ci sur ces populations déjà en déclin.
     Auteurs : McAloose D. et al.
     Source : mBio
     Date de publication : 13 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)
Première description de l’infection par le SARS-CoV-2 de tigres et de lions au zoo du Bronx (New York, USA).
 
     Auteurs : Aid M. et al.
     Source : Cell
     Date publication : 9 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)
 
Dans cette étude sont comparés les prélèvements d’autopsie opérés sur des poumons d’êtres humains et de macaques rhésus infectés par le SARS-CoV-2. Sont ensuite évalués les processus en jeu conduisant aux lésions observées en utilisant diverses techniques d’investigation.

 

     Auteurs : Huan Y. et al.
     Source : bioRxiv

     Date de publication : 8 septembre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 septembre 2020)  

 

Les recherches faites par les auteurs les conduisent à conclure que de nombreuses espèces de chauves-souris ne sont pas des hôtes potentiels du SARS-CoV-2.

 
     Auteurs : Olival K. J. et al.
     Source : PLOS PATHOGENS
     Date de publication : 3 septembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)
 
Les auteurs examinent le risque que des personnes transmettent par inadvertance le SARS-CoV-2 à des chauves-souris sauvages. Considérant la distribution des lignées de β-coronavirus et l’éventail de leurs hôtes, ils considèrent que plus de 40 espèces de chauves-souris des zones tempérées en Amérique du Nord pourraient être infectées.
 
       Auteurs : Bartlett S. L. et al.
       Source : bioRxiv
       Date de publication : 14 août 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 16 août 2020)
 

Les auteurs décrivent les résultats des investigations cliniques, radiologiques, virologiques, etc. qu'ils ont faites à partir de fin mars 2020 chez de grands félidés sauvages (tigres de Malaisie et de Sibérie, lions) tenus en captivité au zoo du Bronx (New York), à la suite de la contamination de l'un au moins d'entre eux par le SARS-CoV-2 par l'intermédiaire de soigneurs excréteurs.

 
     Auteurs : Boni M. F. et al.
     Source : Nature Microbiology
     Date de publication : 28 juillet 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 13 décembre 2020)
 
Les auteurs tendent à démontrer par des études phylogénétiques en utilisant trois méthodes bio-informatiques que c’est chez les chauves-souris que le SARS-CoV-2 a évolué jusqu’à pouvoir se répliquer dans le tractus respiratoire supérieur du Pangolin et de l’Homme.
 
     Auteur : Shabir O.
     Source : News Medical
     Date de publication : 27 juillet 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 5 septembre 2020)
 
L’auteur passe en revue les similitudes et différences entre le RaTG13 (coronavirus en relation avec le SARS) trouvé chez les chauves-souris et le SARS-CoV-2 responsable de la pandémie actuelle.
 
     Auteurs : Griffin Bryan D. et al.                                                             
     Source : BioArchives
     Date de publication : 26 juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 2 août 2020)
 
Les auteurs de l'article ont démontré que la souris sylvestre ou souris du soir (Peromyscus maniculatus) [qui est répandue dans toute l'Amérique du Nord] est susceptible d'être infectée par le virus de la COVID 19. Ils s'inquiètent du rôle zoonotique que cette souris pourrait jouer, compte tenu du fait qu'elle est déjà le réservoir d'autres maladies transmissibles à l'Homme (maladie de Lyme, etc.).
 
     Auteurs : Schlottau K. et al.
     Source : The Lancet
     Date de publication : 7 juillet 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 4 octobre 2020)
 
 Etude de la sensibilité d’animaux hôtes potentiels du SARS-CoV-2 et du risque zoonotique associé.
 
     Date de publication : 23 juin 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 octobre 2020)
 
 Au vu du risque potentiellement élevé de transmission du SARS-CoV-2 entre singes du genre Chlorocebus (vervets) et êtres humains, les auteurs ont examiné les données disponibles sur le génome de vervets et de singes verts pour mettre en évidence les variations rencontrées au niveau des régions codant pour la protéine ACE2 et la protéase TMPRSS2 et essayer d’en tirer des conclusions sur leur sensibilité à l’infection.
 

Possible Bat Origin of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2

     Auteurs : Lau S. K. P. et al.

     Source : Emerging Infectious Diseases

     Date de publication : 21 juin 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 décembre 2020)

 

Les auteurs montrent que le SARS-CoV-2 est très proche de certains coronavirus des chauves-souris rhinolophes fer à cheval, et que c’est de celui du pangolin que son domaine de liaison au récepteur cellulaire est le plus proche.
 
Auteurs : Santini J.M. et al.
Source : The Lancet Microbe
Date de publication : 18 juin 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 juillet 2020)
Annexes de l'article : cliquez ici
 
Animal source of the coronavirus continues to elude scientists
     Auteur : Mallapaty S.
     Source : Nature

     Date de publication : 18 mai 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 23 août 2020)

L’auteur discute les différentes approches qui ont été empruntées pour essayer de mettre en évidence l’origine zoonotique de l’épidémie de COVID-19 dans la population humaine, sans qu’aucune n’ait été considérée comme parfaitement probante à ce jour.

 

     Auteurs : Liu P. et al.
     Source : PLOS PATHOGENS
     Date de publication : 14 mai 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)
 
Etude du génome d’un coronavirus trouvé dans deux groupes de pangolins malais malades, probablement importés illégalement en République populaire de Chine. Ce coronavirus du pangolin était génétiquement associé au SARS-CoV-2 sans pour autant en être le précurseur. 
 
     Auteurs : Franklin A. B. et al.
     Source : Science of the Total Environment
     Date de publication : 12 mai 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 8 novembre 2020)
 
Les auteurs imaginent un mécanisme hypothétique par lequel les êtres humains pourraient transmettre le SARS-CoV-2 à la faune sauvage d’Amérique du Nord par l’intermédiaire des installations de traitement des eaux usées.

     Auteur : ANSES
     Source : ANSES
     Date de publication : 11 mai 2020 (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 8 novembre 2020)
 
L’Anses dresse l’état des connaissances scientifiques sur la présence, l’infectiosité et la persistance du virus SARS-CoV-2 dans le milieu aquatique (eaux usées, eaux de surface, eaux souterraines, eaux saumâtres, eaux de mer), en lien avec l’excrétion humaine.
 
Isolation of SARS-CoV-2-related coronavirus from Malayan pangolins
     Auteurs : Xiao K. et al.
     Source : Nature

     Date de publication : 7 mai 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 23 août 2020)

Les auteurs ont mis en évidence la présence chez un spécimen de pangolin javanais (Manis javanica) d’un coronavirus très proche du SARS-CoV-2. L’ARN de ce coronavirus a été détecté chez d’autres pangolins de la même espèce. Les auteurs discutent le rôle de réservoir ou d’hôte intermédiaire qu’a pu jouer le pangolin dans l’émergence de la COVID 19 dans la population humaine.

 
        Auteur : Moutou F.     
       Source: L'Ecologiste, N° 56, mars-mai 2020
       Date de publication: mai 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 juillet 2020)

Auteurs : Lécu A. et al.
Source : European Association of Zoo and Wildlife Veterinarians
Date de publication : 1 mai 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 juillet 2020)
 
 Auteurs : Wong G. et al.
 Source : Zoological Research
 Date de publication : 21 avril 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 juillet 2020)
 
      Auteur : Hassanin A.
       Source : The Conversation, France
       Date de publication : 15 avril 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 juillet 2020)
 
     Auteurs : Lam T.T. et al.
     Source : Nature

     Date de publication : 26 mars 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 23 août 2020)

Dans cet article, est rapportée la présence d’un coronavirus très proche du SARS-CoV-2 chez des pangolins javanais (Manis javanica) saisis dans le sud de la République populaire de Chine pour importation illégale.

 

     Auteur : Mallapaty S.
     Source : Nature
     Date de publication : 21 février 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 8 novembre 2020)
 
L’article s’intéresse aux décisions que les plus hautes autorités de la République populaire de Chine s’apprêtaient à prendre en février 2020 au sujet du commerce des produits issus de la faune sauvage, considérant que celle-ci était vraisemblablement à l’origine de l’épidémie de COVID-19 à Wuhan.
 
 

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