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     Auteurs : Rajendran M. et Babbitt G. A.
     Source : bioRxiv

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 19 avril 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 1er mai 2022)

Cet article s’appuie sur des analyses statistiques appliquées à un large éventail de simulations comparatives de dynamique moléculaire pour évaluer le risque de transmission des variants préoccupants du SARS-CoV-2 de l’être humain à la chauve-souris (Rhinolophus macrotis). Si la souche originelle et les premiers variants préoccupants de ce virus avaient montré une nette capacité à s’attacher tant à l’ACE2 humaine (hACE2) qu’à celle de chauve-souris, les variants Delta et Omicron marquent une évolution adaptative à l’hACE2. Les auteurs considèrent néanmoins qu’il existe toujours un risque significatif d’infection par des variants préoccupants entre espèces de mammifères avec la survenue de nouvelles vagues de COVID-19.

     Auteur : U.S. Department of Agriculture – Animal and Plant Health Inspection Service.
     Source : U.S. Department of Agriculture – Animal and Plant Health Inspection Service

     Date de publication : 4 avril 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 avril 2022)

Cette page Internet fournit des informations sur les espèces animales chez lesquelles l'infection par le SARS-CoV-2 a été identifiée aux États-Unis d’Amérique. Le tableau qu’elle contient est régulièrement actualisé.

     Auteurs : Kawashima I. Y. et al.
     Source : Scientific Reports

     Date de publication : 17 mars 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 mars 2022)

En utilisant un outil informatique mis au point précédemment, les auteurs ont développé une méthode fondée sur de nouvelles variables tirées de la fréquence des codons liés au spicule des coronavirus (RSCU - Relative Synonymous Codon Usage, ou biais d’usage du code) pour expliquer la spécificité d’hôte du SARS-CoV-2. En utilisant cette méthode de modélisation, ils arrivent comme d’autres chercheurs à la conclusion que les chauves-souris sont très vraisemblablement les hôtes naturels à l’origine de ce virus.

     Auteurs : Praharaj M. R. et al
     Source : Frontiers in Medicine

     Date de publication :11 mars 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 24 avril 2022)

Constatant que la phylogénie et les constituants de l’ACE2 ne permettaient pas de conclure quant à la capacité d’entrée du SARS-CoV-2 dans les cellules de différents hôtes, les auteurs ont examiné six paramètres susceptibles d’intervenir dans l’attachement de la spicule virale à l’ACE2. Ils ont constaté que ces six paramètres ne conduisaient pas à discriminer des ordres de mammifères sensibles et d’autres qui ne le sont pas, et ont alors eu recours à un modèle de régression logistique faisant appel à ces six paramètres pour évaluer la sensibilité potentielle de différentes espèces d’animaux.

     Auteurs : Sun H. et al.
     Source : Frontiers in Microbiology

     Date de publication : 4 mars 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 mars 2022)

Nouvelle méthode de bio-informatique pour déterminer quels sont les animaux potentiellement sensibles au SARS-CoV-2 en se fondant sur l’intensité de l’arrimage entre la protéine de spicule du virus et la protéine ACE2 plutôt que sur le séquençage et la structure de cette dernière. Est aussi simulée pour différentes espèces l’influence de certaines mutations sur l’affinité de liaison entre ACE2 et site d’attachement du SARS-CoV-2.

     Auteurs : Pekar J. E. et al
     Source : Zenodo

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 26 février 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 mars 2022)

Par analyse spatiale, les auteurs montrent que les premiers cas humains de COVID-19 apparus en décembre 2019 étaient distribués près et aux alentours du marché de Huanan à Wuhan (Rép. pop. De Chine). Ils signalent également que des animaux vivants, dont des chiens viverrins, étaient vendus sur ce marché fin 2019, et que les prélèvements environnementaux positifs pour la recherche du SARS-CoV-2 étaient fortement associés aux lieux de vente d’animaux vivants.

     Auteurs : Worobey M. et al.
     Source : Zenodo

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 26 février 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 mars 2022)

En caractérisant l’évolution du récepteur ACE2 parmi un ensemble de mammifères, les auteurs ont mis en évidence une évolution rapide de l’interface ACE2/domaine de liaison des virus de type SARS dans le clade des rongeurs, alors que cette interface n’a subi qu’une faible adaptation chez les primates et les autres mammifères non connus pour héberger des SARS. Cela les conduit à penser que des espèces de rongeurs pourraient avoir acquis un certain degré de tolérance ou de résistance aux infections par les virus de type SARS, alors que les mammifères sans adaptation tangible, dont les primates, seraient plus à même de manifester des symptômes de maladie.

     Auteurs : Gao G. et al.
     Source : Research Square

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 25 février 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 6 mars 2022)

Dans cet article, les auteurs présentent les résultats des recherches sur le SARS-CoV-2 effectuées à partir de prélèvements collectés de janvier à mars 2020 sur le marché de Huanan à Wuhan (Rép. pop. De Chine). Il s’agissait de prélèvements environnementaux ou bien d’origine animale (produits animaux conservés dans des chambres froides, chats libres, fèces de félins, un chien, une belette, 10 rats). Contrairement aux prélèvements environnementaux, aucun prélèvement animal n’a fourni un résultat positif aux épreuves diagnostiques réalisées.

     Auteur : Plateforme ESA
     Source : Plateforme ESA

     Date de publication : 18 février 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 avril 2022)

Cette note dresse à date le bilan détaillé des cas de SARS-CoV-2 confirmés chez des animaux domestiques : animaux de compagnie (chiens, chats, furets, rongeurs et lagomorphes) et animaux d’élevage (hors élevages de visons d’Amérique).

     Auteurs : Shahhosseini N. et al.
     Source : Gene Reports

     Date de publication : 18 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 avril 2022)

En utilisant des méthodes bio-informatiques et en considérant l’arbre phylogénique des sarbecovirus ainsi que d’autres données de génomique, les auteurs défendent l’idée que le SARS-CoV-2 aurait résulté d’une recombinaison entre le virus de chauve-souris RaTG13 et le Pangolin-CoV et que l’infection humaine trouverait son origine chez le pangolin.

     Auteurs : Clayton E. et al.
     Source : Viruses

     Date de publication : 17 février 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 13 mars 2022)

Les auteurs étudient les aspects structurels et génétiques de l’interaction entre la protéine de spicule du SARS-CoV-2 et le récepteur cellulaire (ACE2) de différents groupes d’animaux qui y sont potentiellement sensibles, pour repérer ce qui influe sur l’éventail des hôtes du virus. Ils évoquent une possible persistance de variants du virus dans la faune sauvage avec les conséquences que cela peut avoir sur l’éradication de la COVID-19.

     Auteurs : Lytras S. et al.
     Source : Genome Biology and Evolution

     Date de publication : 8 février 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 février 2022)

Les auteurs, ayant utilisé des méthodes d’analyse génétique et phylogénique pour étudier les sarbecovirus des chauves-souris en relation avec le SARS-CoV-2, confortent l’hypothèse selon laquelle les Rhinolophes fer à cheval (genre Rhinolophus), dont l’aire de distribution couvre la Chine méridionale et le Sud-Est asiatique, sont très probablement à l’origine de ce virus après de multiples recombinaisons qui se sont produites sur une centaine d’années.

     Auteur : Système canadien de surveillance de la santé animale.
     Source : Système canadien de surveillance de la santé animale

     Date de publication : 24 janvier 2022 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 avril 2022)

Ce Tableau de bord répertorie les cas d’infection par le SARS-CoV-2 chez les animaux au Canada que le Centre national des maladies animales exotiques de l’Agence canadienne d’inspection des aliments a confirmés. Il est interactif et permet d’afficher les données selon l’espèce, la province ainsi que la période de temps.

     Auteur :UK Health Security Agency
     Source : Public Health England publications

     Date de publication : 20 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 1er mai 2022)

Les auteurs étudient les aspects structurels et génétiques de l’interaction entre la protéine de spicule du SARS-CoV-2 et le récepteur cellulaire (ACE2) de différents groupes d’animaux qui y sont potentiellement sensibles, pour repérer ce qui influe sur l’éventail des hôtes du virus. Ils évoquent une possible persistance de variants du virus dans la faune sauvage avec les conséquences que cela peut avoir sur l’éradication de la COVID-19.

     Auteurs : Islam A. et al.
     Source : PLOS ONE

     Date de publication : 15 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 décembre 2021)

Cette étude, s’appuyant sur les séquences de gènes disponibles dans les banques de données internationales, a été réalisée en vue de mieux comprendre la répartition spatiale des souches de SARS-CoV-2 et des virus qui en sont proches chez les animaux domestiques et sauvages, leur diversité génétique, leurs similarités statistiquement significatives ainsi que les mutations génétiques qui sont survenues. 
 
     Auteurs : Sander A-L. et al.
     Source : bioRxiv

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 15 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 décembre 2021)

En procédant à une nouvelle étude de coronavirus voisins du SARS-CoV-2 isolés chez des rhinolophidés européens, les auteurs identifient différents déterminants moléculaires favorables à l’émergence du site de clivage de la furine qui est propre au SARS-CoV-2, ce qui vient en appui à l’hypothèse de ce virus. 
 
     Auteurs : Fu Y. et al.
     Source : Research Square

     Date de publication : 13 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 décembre 2021)

Cette étude porte sur les divergences de composition du génome et d’utilisation des codons des souches de SARS-CoV-2 isolées chez l’être humain et les animaux en vue de comprendre les phénomènes de sélection naturelle susceptibles de jouer un rôle dans l’évolution, l’adaptabilité et la transmission de ce virus. 
 
     Auteurs : Muylaert R. L. et al.
     Source : bioRxiv

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 13 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 décembre 2021)

Les auteurs ont développé un outil de modélisation relatif à la distribution des chauves-souris hôtes de sarbecovirus en tenant compte de caractéristiques climatiques et paysagères. Les facteurs majeurs de cette répartition étant la saisonnalité des températures et l’existence de grottes dans un contexte où la planète va se réchauffer, ils proposent des scénarios d’évolution de cette répartition d’ici 2100 avec en certains lieux disparition des espèces et en d’autres concentration de celles-ci à proximité des populations humaines. 
 
     Auteurs : Murphy H. L. et Ly H.
     Source : Virulence

     Date de publication : 10 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 février 2022)

Les auteurs donnent un large aperçu des recherches en matière de surveillance entreprises dans divers endroits du monde pour évaluer le niveau d’exposition au SARS-CoV-2 de différents types d’animaux (de compagnie, de production, tenus en captivité ou sauvages). Ils passent aussi en revue les connaissances sur les possibilités de transmission du virus au sein des espèces et entre espèces et sur les conséquences que ces phénomènes pourraient avoir en matière de santé publique.

     Auteur : Baraniuk C.
     Source : The Scientist

     Date de publication : 9 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 décembre 2021)

Le journaliste fait le point sur le développement de vaccins vétérinaires dirigés contre le SARS-CoV-2 dans le monde et leur usage chez des animaux domestiques ou sauvages (dans des zoos). 
 
     Auteurs : Chen P. et al.
     Source : Computational Biology and Chemistry

     Date de publication : 9 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 avril 2022)

Les auteurs modélisent les interactions entre le récepteur cellulaire ACE2 et la protéine de spicule du SARS-CoV-2 chez différentes espèces animales et les comparent à ce qui se passe avec l’ACE2 humaine. Ils établissent un classement entre ces espèces, fondé sur cette affinité de liaison, mais reconnaissent que des expérimentations in vivo seraient nécessaires pour valider les résultats de leurs analyses faites in silico.

      Auteurs : Chen D. et al
     Source : Nature Communications

     Date de publication : 6 décembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)

Cette étude vise à identifier les profils d’expression des gènes permettant la pénétration virale dans les cellules, en se focalisant sur les modalités de co-expression de l’ACE2 et de la TMPRSS2 chez 11 espèces d’animaux non utilisées comme modèles en matière de recherche. Selon les auteurs, ce type d’approche pourrait s’avérer utile pour identifier les cellules potentiellement cibles du SARS-CoV-2 et donc les animaux susceptibles de jouer un rôle de réservoir.
 
      Auteurs : King S. B. et Singh M.
     Source : PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY

     Date de publication : 18 novembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)

Les auteurs ont caractérisé l’évolution de l’ACE2 d’un ensemble de mammifères, et les comparaisons génomiques réalisées ont révélé un schéma d’évolution rapide de l’interface d’attachement ACE2/virus au sein du clade des rongeurs, tandis que parmi les autres mammifères non hôtes à ce jour de virus de type SARS l’interface n’a évolué que de manière très limitée. Cela suggère, selon eux, que certains rongeurs pourraient acquérir une tolérance ou résistance à l’infection par ce type de virus.
 
Predicting the zoonotic capacity of mammals to transmit SARS-CoV-2
     Auteurs : Fischhoff I. R. et al.
     Source : Proceedings of the Royal Society B

     Date de publication : 17 novembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)

Les auteurs combinent une modélisation de la structure du récepteur ACE2 chez de nombreuses espèces de mammifères avec un recours à des méthodes d’intelligence artificielle axées sur leurs caractéristiques pour prédire la force de l’attachement entre le domaine de liaison du SARS-CoV-2 et le récepteur ACE2 chez chacune d’elles. Ils en tirent des conclusions quant à leur sensibilité vis-à-vis du virus et à leur capacité à transmettre le virus à l’Homme. 
 
     Auteurs : Meekins D. A. et al.
     Source : Viruses

     Date de publication : 4 octobre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 9 janvier 2022)

Revue des connaissances relatives à la sensibilité des espèces animales domestiques et sauvages à une infection expérimentale par le SARS-CoV-2, avec description des signes cliniques observés, ainsi qu’à la possibilité de transmission du virus entre congénères. Y sont aussi présentées des informations sur les infections naturelles qui se sont produites lors de contacts entre personnes et animaux. 
 
     Auteurs : Lopes L. R. et al.
     Source : Animal Diseases

     Date de publication : 26 septembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)

Les auteurs cherchent à déterminer, par des méthodes bio-informatiques appliquées à la structure de l’ACE2, quels animaux de la faune brésilienne seraient susceptibles de devenir des hôtes du SARS-CoV-2. Ils repèrent ainsi trois espèces : le puma (Puma concolor), le loup à crinière (Chrysocyon brachyurus) et le chien des buissons (Speothos venaticus) qui pourraient se contaminer en chassant le cerf de Virginie.
 
     Auteurs : Gan J. L. et al.
     Source : Biochemical Journal

     Date de publication : 24 septembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 3 octobre 2021)

Analyse de la variabilité existant entre les récepteurs cellulaires (ACE2) de plusieurs espèces animales et l’Homme pour essayer de comprendre les paramètres intervenant dans leur reconnaissance par le domaine d’attachement de la protéine de spicule du SARS-CoV-2. L’affinité la plus forte entre les deux se rencontre chez l’Homme et le hamster ; elle est moindre chez le chat et le bovin et s’avère faible chez la chauve-souris fer-à-cheval et le furet.
 
     Auteur : Cohen J.
     Source : Science

     Date de publication : 7 septembre 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 3 octobre 2021)

L’auteur passe en revue de manière détaillée les termes du débat auquel ont déjà participé nombre de scientifiques sur l’origine possible du SARS-CoV-2 en fonction des informations historiques, phylogéniques, etc. disponibles. La transmission du virus à des individus à partir d’une source animale reste la plus probable, mais l’hypothèse d’une échappée du virus d’un laboratoire n’est pas définitivement écartée.
 
     Auteurs : Guo Q. et al.
     Source : Scientific Reports

     Date de publication : 31 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 septembre 2021)

Mise au point d’une méthode d’intelligence artificielle par apprentissage profond permettant de déterminer dès l’émergence d’un nouveau virus pathogène, à partir de ses caractéristiques génomiques, ses hôtes potentiels, et application de la méthode au SARS-CoV-2.
 
     Auteurs : Lytras S. et al.
     Source : Science

     Date de publication : 27 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 5 septembre 2021)

Cet article, qui associe auteurs britanniques et chinois, poursuit la réflexion sur l’origine zoonotique probable du SARS-CoV-2 en République populaire de Chine, entamée avec l’article intitulé « Exploring the natural origins of SARS-CoV-2 in the light of recombination » qui a été publié dans bioRxiv le 22 janvier 2021.
 
     Auteur : Maxmen A.
     Source : Nature

     Date de publication : 27 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 septembre 2021)

L’auteur présente les résultats des investigations menées par les services de renseignement des États-Unis d’Amérique (dont la CIA et le FBI) sur l’origine de la COVID-19 et donne le lien pour prendre connaissance du résumé non classifié rédigé à l’issue de ces investigations. Celles-ci restent non conclusives, si ce n’est que le virus causal n’est pas une arme biologique et n’a vraisemblablement pas été le résultat de manipulations génétiques.
 
     Auteurs : Koopmans M. et al.
     Source : Nature

     Date de publication : 25 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 5 septembre 2021)

Les chercheurs qui ont fait partie de l’équipe internationale constituée par l’OMS pour travailler avec les autorités de République populaire de Chine à la recherche de l’origine de la COVID-19 répondent à un certain nombre de critiques émises à l’encontre de leur rapport et listent les actions prioritaires qu’il est urgent d’entreprendre pour qu’il soit encore possible de déterminer cette origine, en particulier en ce qui concerne les animaux qui peuvent avoir joué le rôle de réservoirs ou d’hôtes intermédiaires.
 
    Auteurs : Rotondo J. C. et al.
     Source : Viruses

     Date de publication : 25 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)

Cet article vaut pour sa partie 5 qui passe en revue les hypothèses émises quant à la possible origine zoonotique de la COVID-19 ainsi que les recherches entreprises à ce jour sur ce sujet (analyses phylogéniques, comparaison de l’affinité de la protéine de spicule du SARS-CoV-2 avec le récepteur cellulaire (ACE2) de différentes espèces de mammifères, etc.).
 
     Auteur : Holmes E. C. et al.
     Source : Cell

     Date de publication : 18 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 26 septembre 2021)

Considérant les débats récents sur deux hypothèses concurrentes quant à l’origine du SARS-CoV-2, les auteurs passent en revue les connaissances scientifiques actuellement disponibles permettant de juger de la vraisemblance de l’une et l’autre hypothèse.
 
     Auteurs : Pach S. et al.
     Source : Molecular Informatics

     Date de publication : 10 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 août 2021)

Pour tenter d’expliquer les différences de sensibilité vis-à-vis du SARS-CoV-2 constatées entre les espèces animales, les auteurs ont mis au point des modèles permettant de simuler au niveau atomique la dynamique de liaison entre la protéine de spicule du virus et le récepteur cellulaire (ACE2) de l’hôte.
 
     Auteurs : Casadevall A. et al.
     Source : mBio

     Date de publication : 2 août 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 8 août 2021)

Les auteurs confrontent les deux hypothèses en présence quant à l’origine de la pandémie de COVID-19, à savoir une transmission virale à partir d’une source animale sauvage (chauve-souris via un mammifère hôte intermédiaire) ou bien un accident de laboratoire (infection d’un chercheur par un virus de chauve-souris puis sa transmission à d’autres personnes), mais doutent que la science puisse apporter une réponse définitive sur ce sujet.
 
     Auteurs : Brugère-Picoux J. et al.
     Source : Bulletin de l'Académie Nationale de Médecine

     Date de publication : 14 juillet 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 septembre 2021)

Synthèse générale sur les connaissances actuelles relatives à l’origine zoonotique de la COVID-19 et aux espèces animales pouvant être infectées naturellement ou expérimentalement par le SARS-CoV-2 ainsi que sur les recommandations de la Commission européenne en matière de surveillance épidémiologique à exercer en la matière dans un objectif de santé publique
 
     Auteurs : Lean F. Z. X. et al.
     Source : Transboundary and Emerging Diseases

     Date de publication : 10 juillet 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 décembre 2021)

Les auteurs donnent les résultats de leurs études sur la distribution tissulaire de l’ACE2 dans différentes espèces animales (des carnivores, des ongulés, des primates et des chiroptères) réalisées à l’aide de techniques d’immunohistochimie appliquées à des coupes histologiques pour essayer de mieux comprendre les différences de sensibilité de ces espèces au SARS-CoV-2.

     Auteurs : Ekstrand K. et al..
     Source : Animals

     Date de publication : 8 juillet 2021(mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)

Les auteurs ont passé en revue la littérature disponible sur la sensibilité des espèces animales au SARS-CoV-2 et sur les facteurs les plus pertinents permettant d’estimer celle-ci ainsi que la capacité de ces espèces à transmettre le virus. Cette revue s’intéresse en particulier au polymorphisme de la TMPRSS2 et de l’ACE2, deux protéines de l’hôte qui contribuent aux différences constatées entre espèces.
 
     Auteurs : Piplani S. et al..
     Source : Scientific Reports

     Date de publication : 24 juin 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)

Les auteurs ont étudié la capacité plus ou moins grande de la protéine de spicule du SARS-CoV-2 à s’attacher à l’ACE2 de plusieurs espèces animales par comparaison à l’Homme en utilisant une méthode de modélisation structurale de ce récepteur associée à une simulation à l’échelle moléculaire du processus d’attachement. Ils mettent ainsi en évidence une corrélation entre affinité d’attachement et sensibilité à l’infection, et sur cette base discutent aussi l’hypothèse du pangolin comme hôte intermédiaire
 
     Auteurs : Maxmen A. et Mallapaty S.
     Source : Nature

     Date de mise sur un forum de discussion : 8 juin 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 juin 2021)

Les auteurs examinent l’hypothèse selon laquelle le SARS-CoV-2 serait un virus échappé d’un laboratoire chinois ainsi que les arguments scientifiques avancés pour soutenir celle-ci.
 
     Auteur : Garry R. F.
     Source : Virological.org

     Date de mise sur un forum de discussion : 12 mai 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 30 mai 2021)

S’appuyant sur les études les plus récentes conduites par l’OMS sur l’origine du SARS-CoV-2, l’auteur, en se basant sur les données épidémiologiques et génomiques disponibles, considère que l’hypothèse d’une fuite du virus d’un laboratoire est à écarter et qu’il convient de rechercher cette origine au sein des marchés d’animaux sauvages de Wuhan (Rép. pop. de Chine).
 
     Auteurs : Huang C. et al.
     Source : Journal of Medical Virology

      Date de publication : 11 mai 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 19 décembre 2021)

Par des méthodes statistiques, les auteurs calculent la probabilité d’attachement du virus aux cellules d’un ensemble d’espèces de mammifères. Ils observent aussi que chez sept d’entre elles, les contacts hydrophobes constatés entre le virus et l’ACE2 chez l’Homme font défaut, soit une affinité moindre entre l’un et l’autre chez ces animaux. Pour autant, la structure tridimensionnelle de leur ACE2 rend possible l’attachement viral.
 
     Auteurs : Machado D. J. et al.
     Source : Cladistics

     Date de publication : 26 avril 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 30 mai 2021)

Analyse phylogénique de génomes complets de différentes lignées d’Orthocoronavirinae conduisant notamment à comprendre les franchissements de la barrière d’espèce parmi 10 ordres dans le règne animal et à corroborer l’idée que des virus hébergés par les chiroptères sont les groupes compagnons des virus en relation avec le SARS-CoV, le SARS-CoV-2 et le MERS-CoV.
 
     Auteurs : Singh D. et Yi S. V.
     Source: Experimental & Molecular Medicine

     Date de publication : 16 avril 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 septembre 2021)

L’article montre que le génome du SARS-CoV-2 porte la signature de nombreuses recombinaisons anciennes entre différentes souches ainsi que de mutations adaptatives, qui ont rendu en particulier sa protéine de spicule capable de s’attacher aux cellules de nombreuses espèces animales y compris l’Homme.
 
     Auteurs : Wang G. et al.
     Source : bioRxiv

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 10 avril 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 avril 2021)

Cette recherche a conduit à constater que dans l'ADN de 11 espèces d'animaux sauvages ou de laboratoire (chauve-souris Hipposideros pomona, toupaye, souris, hamster doré, etc.) le gène du site d'attachement cellulaire au SARS-CoV-2 (ACE2) est très similaire. En revanche, l'expression du gène (en ARNm et protéine) diffère grandement d'une espèce à l'autre.
 
     Auteurs : Michelitsch A. et al.
     Source : Advances in Virus Research

     Date de publication : 7 avril 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 avril 2021) 

Essai de classification selon une échelle semi-quantitative de la sensibilité des espèces animales au SARS-CoV-2 en tenant compte, après inoculation du virus, de la détection du génome viral, de la réponse sérologique, de l’apparition de signes cliniques et de la transmission à des congénères ou à l’Homme.
 
     Auteurs : Lei Z. et al.
     Source : bioRxiv

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 5 avril 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 avril 2021)

Cette étude s'intéresse aux divergences existant dans la composition du génome et l'utilisation des codons du SARS-CoV-2 chez l'Homme et différentes espèces d'animaux (chien, différents félins, furet, vison) en vue de comprendre le rôle potentiel de la sélection naturelle dans l'évolution du virus, sa capacité d'adaptation et sa transmission.
 
     Auteur : ProMED, d’après Al Jazeera  
     Source : ProMED

     Date de publication : 31 mars 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 11 avril 2021)

Annonce (reprise vraisemblablement de l’agence TASS) de la mise au point en Russie d’un vaccin contre la COVID-19 destiné aux animaux. Ont été inclus dans les essais cliniques des animaux domestiques (chiens et chats) et des animaux à fourrure (visons, renards et renards polaires).
 
     Auteur : OMS  
     Source : OMS

     Date de publication : 30 mars 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 11 avril 2021)

Rapport de l’équipe d’experts internationaux mise sur pied conjointement par l’OMS et la Rép. pop. de Chine qui s’est rendue du 14 janvier au 10 février 2021 dans la ville de Wuhan pour tenter de découvrir l’origine de l’épidémie de COVID-19. Y sont notamment fournies quelques informations sur la surveillance exercée dans ce pays chez les animaux sauvages et d’élevage, et y sont présentées les hypothèses émises par l’équipe d’experts sur l’origine possible du SARS-CoV-2.
 
     Auteurs : Cheng R. R. et al.
     Source : bioRxiv

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 26 mars 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 4 avril 2021)

Partant d'outils théoriques originellement développés pour étudier la conformation des protéines et en prenant l'ACE2 de l'Homme pour référence, les auteurs montrent qu'il est possible de déterminer si une espèces animale particulière est sensible au SARS-CoV-2 à partir de la seule connaissance de la séquence protéique de leur ACE2.
 
     Auteurs : Liu Y. et al.
     Source : PNAS

     Date de publication : 3 mars 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 4 avril 2021)

En étudiant la capacité du récepteur cellulaire (ACE2) de diverses espèces à permettre l’entrée du SARS-CoV-2, les auteurs montrent que ce virus est capable d’infecter un large éventail de mammifères parmi lesquels des animaux de compagnie ou de rente ainsi que des animaux maintenus habituellement en captivité dans des zoos ou des parcs aquatiques.
 
     Auteur : OMS
     Source : OMS

     Date de publication : 28 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 mars 2021)

Rapport sur la mission conjointe OMS-République populaire de Chine qui s’est déroulée du 16 au 24 février 2021. Ce rapport contient très peu d’éléments sur l’origine de la maladie et les investigations réalisées ou à réaliser sur les animaux sauvages, notamment ceux qui ont pu se trouver sur le marché de Wuhan.
 
     Auteur : Lewis D.
     Source : Nature

     Date de publication : 26 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 14 mars 2021)

L’article évoque les différentes hypothèses avancées sur l’origine du SARS-CoV-2 en République populaire de Chine ou qui ont été mises en avant par des chercheurs chinois : viande congelée d’animaux de la faune sauvage, surface de denrées alimentaires contaminée, emballages de produits alimentaires. Une origine chez des animaux sauvages vivants reste néanmoins la plus probable.
 
     Auteur : Mallapaty S.
     Source : Nature

     Date de publication : 26 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 21 mars 2021)

Quelques questions importantes restant pendantes après la réalisation de la mission de l’OMS en République populaire de Chine. Deux d’entre elles concernent le rôle éventuel des animaux sauvages, ou de leurs viandes, vendus sur le marché de Huanan ou d’autres marchés à Wuhan, ainsi que l’éventuelle circulation du SARS-CoV-2 dans la faune chinoise avant que n’apparaisse la pandémie de COVID-19.
 
     Auteurs :  Sun J. et al.
     Source : RCS Advances

     Date de publication : 25 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 24 avril 2022)

Les auteurs ont réalisé des simulations de dynamique moléculaire concernant les complexes formés par la liaison entre l’ACE2 humaine (hACE2) et le domaine d’attachement de la spicule du SARS-CoV-2, du SARS-CoV, du pangolin-CoV et du RaTG13 de la chauve-souris. En examinant le réseau des ponts hydrogène formés lors de cette liaison et en estimant les énergies libres en jeu localement, les auteurs ont trouvé que le pangolin-CoV et le SARS-CoV-2 s’attachaient à l’hACE2 de manière similaire alors que la liaison avec les deux autres virus était moins forte. Les auteurs considèrent que ces recherches renforcent l’hypothèse selon laquelle le pangolin peut potentiellement jouer le rôle d’hôte intermédiaire du SARS-CoV-2.

     Auteurs : Wardeh M. et al.
     Source : Nature Communications

     Date de publication : 16 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 mars 2021)

Considérant les recombinaisons génétiques pouvant intervenir entre différentes souches de coronavirus infectant un même hôte, les auteurs examinent à l’aide de méthodes d’intelligence artificielle les possibilités de génération de nouveaux coronavirus chez les animaux domestiques et sauvages. L’une de leurs conclusions est que l’éventail des espèces potentiellement porteuses du SARS-CoV-2 pourrait être plus large que ce que les connaissances actuelles laissent penser.
 
     Auteur : ProMED, d’après le New York Times
     Source : ProMED

     Date de publication : 14 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 21 février 2021)

Informations qui ont été fournies au New York Times par l’un des membres de la mission internationale de l’OMS qui s’est rendue en République populaire de Chine sur les conclusions qui ont pu en être tirées, en particulier en matière de vente d’animaux de la faune sauvage sur le marché aux poissons de Wuhan. Suivent des commentaires de ProMED sur les déclarations passées des autorités chinoises locales et du directeur du CDC chinois.
 
     Auteurs : Mallapaty S. et al.  
     Source : Nature

     Date de publication : 10 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 28 février 2021)

L’article propose un résumé des conclusions que le groupe d’experts en épidémiologie constitué par l’OMS a tirées de sa mission en République populaire de Chine. Le groupe a exclu la possibilité d’une échappée du SARS-CoV-2 d’un laboratoire et a formulé plusieurs recommandations visant à poursuivre les recherches à partir de prélèvements humains ou animaux pour tenter de déterminer l’origine de ce virus.
 
     Auteurs : Bonilauri P. et Rugna G.  
     Source : Life

     Date de publication : 5 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 28 février 2021)

Revue des connaissances sur le SARS-CoV-2 chez les animaux domestiques et sauvages.
 
     Auteurs : Zhang T. et al.
     Source : bioRxiv

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 2 février 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 14 février 2021)

Etude de l’affinité entre l’ACE2 de différents types de gnathostomes (vertébrés à mâchoire) et le domaine d’attachement de la protéine de spicule du SARS-CoV-2. Cette affinité n’est que rarement élevée chez les animaux n’appartenant pas à la classe des mammifères. 
 
     Auteurs : Li P. et al.
     Source : Science Bulletin

     Date de publication : 19 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 mars 2021)

Comparaison du récepteur ACE2 dans différentes espèces animales domestiques ou sauvages pour le RaTG13 (coronavirus de la chauve-souris), le SARS-CoV, et le SARS-CoV-2.
 
     Auteur : ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control)
     Source : ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control)

     Date de publication : 18 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 31 janvier 2021)

Il s’agit d’une note technique destinée à fournir aux laboratoires et aux décideurs des lignes directrices sur la mise en place de capacités de séquençage du SARS-CoV-2, sur les techniques à utiliser et sur l’usage de ce séquençage en matière de diagnostic, de recherche ainsi que d’enquêtes sur les foyers et de surveillance de la maladie, y compris dans le domaine animal.
 
     Auteurs : Zhou P. et Shi Z-L.
     Source : Science

     Date de publication : 8 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)

Ces deux chercheurs de la République populaire de Chine mettent l’accent sur l’aspect zoonotique du SARS-CoV-2, en commentant en particulier les évolutions de son génome au sein de chaque espèce atteinte et des effets que ces dernières peuvent avoir en termes de transmissibilité et de pathogénicité du virus ainsi que d’efficacité des vaccins destinés à l’Homme.
 
     Auteur : ProMED, d’après CBS, AFP, South China Morning Post et Yangtze Daily
     Source : ProMED

     Date de publication : 6 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)

ProMED fait état des dernières informations concernant les négociations qui se poursuivent entre l’OMS et la République populaire de Chine sur la mission d’un groupe d’experts devant se rendre dans ce pays pour tenter de déterminer l’origine de la COVID-19. Sont aussi données des informations sur les mesures prises sur le marché aux produits de la mer de Wuhan.
 
     Auteur : Plateforme ESA
     Source : Plateforme ESA

     Date de publication : 5 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 24 janvier 2021)

Cette note présente l'état des connaissances sur la COVID-19 et les animaux, actualisé au 05/01/2021.
 
     Auteurs : Castiglione G. M. et al.
     Source : bioRxiv

     Date de soumission en vue de publication (article en cours d’évaluation) : 4 janvier 2021 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)

Un mécanisme conservé au cours de l’évolution qui s’avère essentiel à l’activité catalytique de l’ACE2 est exploité par le SARS-CoV-2 pour se lier aux cellules, ce qui permet potentiellement à ce virus d’infecter un très large éventail d’espèces.
 
     Auteurs : Moustaqil M. et al.
     Source : Emerging Microbes & Infections

     Date de publication : 29 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 janvier 2021)

Les auteurs démontrent que des protéases du SARS-CoV-2 peuvent directement cliver des protéines intervenant dans la réponse immunitaire innée de l’hôte (IRF3, NLRP12 et TAB1). Ils étudient s’il y a ou non clivage de ces facteurs immuns dans différentes espèces animales et en tirent des conclusions sur la difficulté de trouver des modèles animaux adéquats de la COVID-19. Ils poursuivent leur étude sur ce sujet en prenant notamment en compte diverses espèces de chauves-souris.
 
     Auteurs : Kenney S. P. et al.
     Source : Veterinary Pathology

     Date de publication : 28 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 10 janvier 2021)

Les auteurs considèrent que les maladies animales dues à des coronavirus fournissent des exemples intéressants pour comprendre l’épidémie actuelle de SARS-CoV-2. Ils donnent des informations actualisées sur plusieurs maladies animales à coronavirus (espèce hôte originelle, passage d’une espèce animale à l’autre, risque pour les humains, etc.).
 
     Auteurs : Conceicao C. et al.
     Source : PLOS BIOLOGY

     Date de publication : 21 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 17 janvier 2021)

Les auteurs montrent que la glycoprotéine de spicule du SARS-CoV-2 a un tropisme marqué pour les récepteurs ACE2 non seulement de l’Homme mais aussi de nombre de mammifères, malgré les différences existant dans les séquences d’acides aminés de ces récepteurs. Ils identifient au sein de l’interface protéine de spicule – ACE2, par différentes méthodes, des résidus d’acides aminés qui sont susceptibles d’avoir joué un rôle essentiel dans l’apparition du SARS-CoV-2 chez l’Homme.

     Auteurs : Elaswad A. et al.
     Source : PeerJ

     Date de publication : 18 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 24 janvier 2021)

Comparaison des génomes de souches du SARS-CoV-2 isolées chez différentes espèces animales avec ceux d’isolats humains provenant du même clade et de la même localisation géographique.
 
     Auteurs : Delgado Blanco J. et al.
     Source : PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY

     Date de publication : 7 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 décembre 2020)

Les auteurs examinent la variabilité de l’interaction entre le domaine de liaison cellulaire chez différentes espèces animales ainsi que chez des individus et la protéine S de différents isolats du SARS-CoV-2 ; par modélisation, ils montrent que l’énergie d’interaction à ce niveau et d’autres facteurs décrits expliquent la sensibilité différente de ces espèces, l’Homme s’avérant le plus sensible.
 
     Auteurs : Rodrigues J. P. G. L. M. et al.
     Source : PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY

     Date de publication : 3 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 mars 2021)

Les auteurs ont notamment étudié par modélisation informatique les propriétés structurelles des récepteurs cellulaires ACE2 auxquels la protéine de spicule du SARS-CoV-2 se lie ainsi que les spécificités de ces récepteurs existant chez les espèces non sensibles au virus.
 
     Auteur : Mallapaty S.
     Source : Nature

     Date de publication : 2 décembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 décembre 2020)

L’auteur décrit la composition de l’équipe de chercheurs qu’a constituée l’OMS pour enquêter sur l’origine de la pandémie de COVID-19 en R. P. de Chine. Parmi ces chercheurs, originaires majoritairement d’Europe, figurent des virologistes ainsi que des spécialistes de santé publique et des zoonoses.
 
Multi‐species ELISA for the detection of antibodies against SARS‐CoV‐2 in animals
     Auteurs : Wernike K. et al.
     Source : Transboundary and Emerging Diseases

     Date de publication : 15 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 24 janvier 2021)

Mise au point d’un test ELISA indirect qui repose sur le domaine de liaison (RBD) de la protéine de spicule du SARS‐CoV‐2 et qui peut être utilisé pour de multiples espèces animales.
 
     Auteur : Mallapaty S.
     Source : Nature

     Date de publication : 11 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)

L’auteur fait part des diverses difficultés auxquelles va être confrontée l’équipe internationale d’épidémiologistes constituée par l’OMS dans la recherche de l’origine de la COVID-19 au cours de ses investigations en République populaire de Chine.
 
     Auteurs : Buonocore M. et al.
     Source : Heliyon

     Date de publication : 5 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)

Par analyse des séquences d’amino-acides de la protéine ACE2 chez les animaux domestiques ou sauvages communément présents en Italie, les auteurs essayent de déterminer ceux d’entre eux qui pourraient jouer le rôle de réservoir du SARS-CoV-2 ou bien échanger le virus avec la population humaine.
 
     Auteur : OMS
     Source : OMS

     Date de publication : 5 novembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)

Cahier des charges établi par l’OMS en accord avec les autorités de la République populaire de Chine pour la constitution d’une équipe internationale multidisciplinaire en vue de déterminer l’origine de la COVID-19. Ce cahier des charges comprend des volets portant sur les animaux sauvages libres ou tenus en captivité ainsi que sur les produits d’origine animale.
 
     Auteur : Pigenet Y.
     Source : CNRS Le journal

     Date de publication : 28 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)

Le virologue Étienne Decroly, Directeur de recherche au CNRS, fait le point sur les différentes hypothèses relatives à l’origine du SARS-CoV-2, dont celle de l’échappement accidentel d’un laboratoire.
 
     Auteurs : Guebre-Xabier M. et al.
     Source : Vaccine

     Date de publication : 23 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)

Essai d’un vaccin adjuvé dénommé NVX-CoV2373 contre la COVID-19 chez le macaque crabier (Macaca fascicularis).
 
     Auteurs : Hobbs E. C. et Reid T. J.
     Source : Transboundary and Emerging Diseases

     Date de publication : 22 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 décembre 2020)

Revue détaillée de la littérature scientifique disponible (à la date de rédaction de l’article) sur la sensibilité au SARS-CoV-2 de différentes espèces animales.
 
     Auteurs : Jo W. K. et al.
     Source : Transboundary and Emerging Diseases

     Date de publication : 9 octobre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)

Les auteurs présentent un panorama des connaissances sur le SARS-CoV-2, en mettant l’accent sur son potentiel zoonotique, et discutent des stratégies disponibles dans le cadre d’une approche dite « une seule santé ».
 
     Auteurs : Lam S. D. et al.
     Source : Scientific Reports

     Date de publication : 5 octobre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 octobre 2020)

Les chercheurs montrent par modélisation de la façon dont la protéine de spicule du SARS-CoV-2 s’attache à la protéine ACE-2 que chez certaines espèces de mammifères, ce lien pourrait s’établir aussi fermement qu’il le fait en cas d’infection humaine, ce qui pose une nouvelle fois la question du rôle de réservoir qu’elles pourraient jouer.
 
     Auteurs : Alexander M. R. et al.
     Source : The FASEB Journal

     Date de publication : 4 octobre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 29 novembre 2020)

Les auteurs combinent la sensibilité connue de différentes espèces animales au SARS-CoV-2 avec des analyses de structure pour repérer des positions clés d’acides aminés du récepteur ACE2 dans ces espèces. Ils s’en servent pour construire une échelle de sensibilité au SARS-CoV-2 applicable à tout un ensemble d’espèces.
 
     Auteurs : Wu L. et al.
     Source : Cell Discovery

     Date de publication : 29 septembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 21 mars 2021)

Étude de la capacité de l’ACE2 de 26 espèces animales domestiques ou sauvages à se lier au domaine d’attachement du SARS-CoV-2, et examen au microscope électronique de cette liaison pour ce qui concerne le chat.
 
     Auteurs : Muñoz-Fontela C. et al.
     Source : Nature

     Date de publication : 23 septembre 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 31 octobre 2020)

Les auteurs résument les connaissances actuelles sur les espèces animales susceptibles ou non d’être utilisées comme modèles pour tester des candidats vaccins et des médicaments dans la lutte contre la COVID-19.
 
     Auteurs : Damas J. et al.
     Source : PNAS

     Date de publication : 8 septembre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 18 octobre 2020)

Après analyse comparative des séquences ACE2 de 410 espèces de vertébrés, les auteurs suggèrent qu’un grand nombre de mammifères pourraient éventuellement être infectés par le SARS-CoV-2. Ils considèrent que cela peut aider à identifier des hôtes intermédiaires du virus et soulignent les risques d’infection encourus par les espèces menacées d’extinction.
 
     Auteurs : Sansom Ph. et al.
     Source : The Naked Scientists
     Date de publication : 1er septembre 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 20 septembre 2020)
 
     Auteurs : Zhao Xuesen et al.
     Source : Journal of Virology

     Date de publication : 31 août 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 31 octobre 2020)

Les auteurs ont étudié les récepteurs ACE2 de 14 espèces de mammifères et ont trouvé que plusieurs d’entre elles pouvaient être infectées par le type sauvage du SARS-CoV-2 ou son mutant caractérisé par une délétion au niveau du site de clivage de la furine dans la protéine de spicule.
     Auteur : Centers for Disease Control and Prevention (CDC)
     Source : Centers for Disease Control and Prevention (CDC)

     Date de publication : 12 août 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 juillet 2020)

Ce texte indique les règles à respecter aux Etats-Unis pour le dépistage/diagnostic de l'infection des animaux par le virus SARS-CoV-2.
 
     Auteurs : Sallard E. et al.
     Source : Médecine/Sciences

     Date de publication : 10 août 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 septembre 2021)

En se fondant sur des inférences phylogénétiques, l’analyse des séquences et les relations structure-fonction des protéines de coronavirus, éclairées par les connaissances disponibles, les auteurs discutent différents scénarios pour rendre compte de l’origine - naturelle ou synthétique - du SARS-CoV-2.
 
     Auteurs : El Masry I. et al.
     Source : FAO
     Date de publication : 20 juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 2 août 2020)
     Auteurs : Zhai Xiaofeng et al.
     Source : Journal of Virology

     Date de publication : 16 juillet 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 31 octobre 2020)

Se basant sur les structures révélées par rayon X du récepteur ACE2 chez l’être humain, les auteurs examinent la possibilité de liaison entre ce récepteur tel que retrouvé chez différentes espèces animales et la protéine de spicule du SARS-CoV-2 (animaux de compagnie, animaux de ferme et animaux hôtes intermédiaires éventuels du virus).
 
     Auteur : Cohen J.
     Source : Science Magazine

     Date de publication : 10 juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 juillet 2020)

L'article mentionne la visite d'une équipe de l'OMS en République populaire de Chine, préalable à l'enquête épidémiologique qui devrait être organisée entre ce pays et l'organisation internationale sur l'origine (zoonotique) de la pandémie. Il reprend l'historique, les informations disponibles et les hypothèses émises à ce jour sur ce sujet. ProMED a repris cet article sur sa page d'accueil avec quelques commentaires.
 
     Auteur : DHS Science and Technology
     Source : Department of Homeland Security (DHS)

     Date de publication : 7 juillet 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 12 juillet 2020)

Ce texte, actualisé chaque semaine, comporte au 7 juillet 2020 la liste en 20 pages des principales questions et réponses correspondantes sur le COVID-19 ; les animaux sont plus particulièrement évoqués pages 3, 5 et 16. A cette date, il est enrichi de 552 références bibliographiques accompagnées de leur lien.
 
     Auteur : OIE
     Source : OIE

     Date de publication : 3 juillet 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 8 novembre 2020)

Il s’agit de lignes directrices élaborées par l’OIE sur les conditions dans lesquelles des animaux domestiques ou sauvages devraient être testés vis-à-vis du SARS-CoV-2 et les cas positifs signalés à cette organisation internationale.
 
     Auteurs : Li X. et al.
     Source : Science Advances

     Date de publication : 1er juillet 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 21 mars 2021)

L’article avance des hypothèses quant aux recombinaisons qui ont pu se produire dans les gènes codant le domaine d’attachement au récepteur cellulaire de la protéine de spicule de coronavirus de chauves-souris et de pangolins, pour aboutir à l’infection de l’Homme par le SARS-CoV-2.
 
     Auteur : U.S. Food and Drug Administration
     Source : U.S. Food and Drug Administration

     Date de publication : 24 juin 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 5 septembre 2020)

Cette page donne accès à une liste de contrôle standardisée sur les prélèvements et données à collecter lors de l’autopsie d’un animal atteint ou suspect d’être atteint par le SARS-CoV-2.
 
     Auteur : U.S. Department of Agriculture – Animal and Plant Health Inspection Service
     Source : U.S. Department of Agriculture – Animal and Plant Health Inspection Service

     Date de publication : 18 juin 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 22 novembre 2020)

En cas de suspicion de foyer de SARS-CoV-2 chez les animaux, le document fixe les critères à utiliser pour déclarer un cas suspect, un cas probablement positif et un cas confirmé.
 
     Auteur : Cyranoski D.
     Source : Nature
     Date de publication : 5 juin 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 Juillet 2020)
 
     Auteur : Académie des sciences – Cellule de crise Coronavirus
     Source : Académie des sciences

     Date de publication : 11 juin 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 mars 2022)

Cette fiche explique de manière synthétique quelles sont les méthodes employées dans le cadre des recherches sur l’origine du SARS-CoV-2 et son évolution : séquençage, analyse informatique des séquences, construction des arbres phylogéniques. Elle évoque également l’éventuel rôle des chauves-souris et des pangolins dans la genèse vraisemblablement ancienne du SARS-CoV-2.

     Auteurs : Cleary S. J. et al.
     Source : British Journal of Pharmacology

     Date de publication : 27 mai 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 15 novembre 2020)

Les auteurs passent en revue les modèles animaux pouvant servir aux recherches sur l’infection par le SARS‐CoV‐2 et les mécanismes pathogènes en jeu dans la COVID‐19. Ils proposent différents moyens de rendre ces modèles plus performants pour conduire les études de pathogénicité et d’évaluation de possibles traitements.
 
     Auteurs : Fam B. S. O. et al.
     Source : Genetics and Molecular Biology

     Date de mise sur un forum de discussion : 22 avril 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 13 juin 2021)

Analyse génomique comparative des orthologues de l’ACE2 de 70 espèces de mammifères placentaires (16 domestiques et 54 sauvages), en vue notamment de mettre en évidence l’influence des différences existant entre les séquences d’amino-acides de cette enzyme sur la possibilité d’infection de ces espèces et sur le franchissement de la barrière d’espèce.
 
     Auteurs : Decaro N. et al.
     Source : Research in Veterinary Science
     Date de publication : 7 avril 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 Juillet 2020)
 
     Auteurs : Andersen K. G. et al.
     Source : Nature Medicine

     Date de publication : 17 mars 2020 – (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 27 décembre 2020)

 Hypothèses sur l’origine zoonotique du SARS-CoV-2, les auteurs argumentant pour écarter celle d’une échappée du virus d’un laboratoire.
 
     Auteur : Brugère-Picoux J.
     Source : Association française pour l'avancement des sciences
     Date de publication : 31 janvier 2020 - (mis en ligne sur le site de l’AEEMA le 7 Juillet 2020)
 
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