2007-51. Texte intégral

 

Editorial
Barbara Dufour

 

JOURNEE D'EPIDEMIOLOGIE AEEMA, 1er juin 2007

 

Un modèle individu-centré stochastique représentant la dynamique de population dans un élevage porcin de type naisseur-engraisseur afin d'étudier le rôle de la truie dans un processus infectieux

M. Andraud, E. A. Leon, J. S. Pierre, F. Madec & N. Rose
Le modèle décrit est un modèle individu-centré stochastique représentant la dynamique de population au sein d'un élevage porcin de type naisseur-engraisseur conduit en bandes. L'identification individuelle des porcelets et de leurs mères naturelles et adoptives permettra d'étudier l'influence du statut de la truie sur un processus infectieux touchant la descendance. Les évènements liés à  la reproduction (avortements, détection des chaleurs ou échecs d'insémination) et à la mortalité (naturelle et réformes) sont déterminés quotidiennement par un ensemble de probabilités âge-dépendantes préalablement définies et potentiellement modifiables par l'utilisateur. Les règles de décision sont prises à  l'aide de simulations de Monte-Carlo. Le modèle permet aussi d'étudier les conséquences de modifications de pratiques d'élevage sur le vieillissement et les performances du troupeau. La validation du modèle a été obtenue par comparaison avec les statistiques disponibles dans la littérature.

 

Evolution sur deux ans du statut sérologique d'élevages porcins à  forte ou à  faible prévalence en salmonelles

Isabelle Corrégé & F. Guyomard
Les statuts sérologiques de huit élevages naisseurs-engraisseurs, quatre à  forte prévalence en salmonelles et quatre à  faible prévalence, ont été suivis pendant environ deux ans à  raison de 11 lots de vingt animaux. De nombreuses variations de statut entre lots successifs ont été observées, bien qu'il semble que les élevages à  très bon statut sérologique soient plus épargnés par cette instabilité du statut salmonelles. Quatre élevages ont changé de statut salmonelles pendant la période de suivi. Il n'a pas été possible de rattacher le statut salmonelles d'un élevage à  son nombre de facteurs de risque potentiels identifiés et, pour les quatre élevages concernés, des changements de pratique d'élevage qui auraient pu expliquer les changements de statut constaté n'ont pas pu être mis en évidence.

 

Etude des circonstances associées à  la contamination de salles d'engraissement par Salmonella enterica après nettoyage-désinfection

Christelle Fablet, Corinne Robinault, J-P. Jolly, F. Eono, Virginie Dorenlor, Annie Labbé, P. Fravalo & F. Madec
Une enquête épidémiologique analytique a été conduite dans 66 élevages de porcs entre avril 2003 et septembre 2005. L'objectif de l'étude était de mettre en évidence les facteurs associés à la contamination de salles d'engraissement de porcs par Salmonella enterica à  l'issue des étapes de nettoyage et désinfection et avant l'introduction d'un nouveau lot d'animaux. Dans chaque élevage inclus, une salle d'engraissement vide nettoyée-désinfectée a été sélectionnée. La présence de salmonelles a été objectivée à  l'aide de chiffonnages des parois et de 1 m² du sol des cases avant l'entrée d'un lot de porcs. Des questionnaires ont permis de collecter d'une part des informations faisant suite à  des observations de l'enquêteur dans la salle et d'autre part des données relatives aux procédures hygiéniques appliquées et aux évènements survenus dans la salle entre la désinfection et le jour de prélèvement. Une régression logistique a permis d'identifier les facteurs de risque de la contamination des salles par Salmonella enterica. L'absence de vidange de la fosse pendant les opérations de nettoyage désinfection, une rugosité importante des parois des cases et l'entrée du personnel de l'élevage dans la salle pendant le vide sanitaire ont été identifiés comme facteurs associés à  la présence de salmonelles dans les salles à  l'issue des opérations de nettoyage-désinfection.

 

Mycobactérioses chez le sanglier : Résultats entre 2000-2006 en Italie (Nord-Ouest)

A. Dondo, Simona Zoppi, Fransesca Rossi, Laura Chiavacci, A. Barbaro, Annalisa Garonne, A. Benedetto & Maria Gloria
Ce travail fournit les résultats relatifs à  la recherche des mycobactéries chez les sangliers tués à  la chasse au Piedmont, en Ligurie et en Vallée d'Aoste entre 2000 et 2006. Mille deux cent cinquante quatre ganglions sousmandibulaires ont été récoltés pour rechercher Mycobacterium spp.et soumis à  des tests moléculaires divers (Multiplex PCR, RD Region analysis, Variable Number Tandem Repeats, Spoligotyping). La plupart des souches ont été isolées en Ligurie ; au Piedmont, au contraire, l'isolement a été sporadique. Mais d'autres mycobactéries, par exemple M. microti, peuvent infecter le sanglier après l'ingestion de petits rongeurs infectés. Le fouissement du sol augmente le risque, pour le sanglier, d'être infecté par plusieurs espèces de mycobactéries autres que le complexe M. tb.

 

Corrélation entre Yersinia spp. et Brucella suis isolées dans les fèces de sanglier

Carla Grattarola, Maria Silvia Gennero, Stefania Bergagna, Simona Zoppi, Laura Chiavacci & A. Dondo
La recherche de Yersinia spp. a été faite dans 379 fèces de sanglier récoltées entre Juillet 2005 et Juin 2006 ; chaque animal a été soumis à  des tests de bactériologie et de sérologie pour confirmer l'infection par Brucella. Soixante deux souches de Yersinia spp. ont été isolées et 31 ont été identifiées comme Y. enterocolitica. Le Chi2 test n'a démontré aucune corrélation entre l'isolement de Y.enterocolitica et les tests sérologiques (X2 = 0,009, p=0,97) ou entre l'isolement de Yersinia spp. et celui de Brucella suis. Au contraire de ce qu'on observe chez les bovins, on peut supposer que chez le sanglier la seropositivité brucellique est liée à  l'infection par Brucella suis et non pas à  celle par Yersinia spp..

 

Epidémiologie de la tremblante atypique en Italie

Maria Cristina Bona, Maria Caramelli, A. Maroni Ponti, Cristiana Maurella, R. Nonno, Alice Zaira Perazzini, Rosaria Possidente & G. Ru
La tremblante est une maladie des petits ruminants qui appartient au groupe des encéphalopathies spongiformes transmissibles (EST), maladies neuro-dégénératives du système nerveux central, touchant aussi bien l'homme que l'animal. Depuis la mise en place en 2002 de la surveillance active en EU, beaucoup de nouveaux foyers ont été détectés, avec une augmentation de l'incidence de la maladie. Avec l'affinement de l'investigation de caractérisation des souches d'EST qui circulent, au cours des dernières années, de nombreux cas d'EST présentant des caractéristiques atypiques ont été enregistrés. En Italie, le premier cas de tremblante atypique chez un ovin a été identifié en mai 2005. Dans ce travail on décrit l'épidémiologie de la tremblante classique et atypique en Italie, avec les instruments de l'épidémiologie descriptive. La période considérée dans l'étude présentée va du 1er janvier 2005 jusqu'au 31 décembre 2006.

 

Utilisation des techniques bayésiennes pour estimer les caractéristiques de deux tests de diagnostic de la paratuberculose caprine

CET ARTICLE A FAIT L'OBJET D'UN ERRATUM DANS LE N° 56 2009

Pascale Mercier, C. Baudry, Jennifer Martin, Claire Bertin, Karine Laroucau, F. Beaudeau, H. Seegers & X. Malher
En l'absence de test parfait, la sensibilité (Se) et la spécificité (Sp) d’un test de diagnostic peuvent être estimées par des modèles probabilistes. Afin d'estimer les caractéristiques (Se et Sp) d'un test sérologique (ELISA) et de la culture fécale (FC) pour détecter l'infection par Mycobacterium avium paratuberculosis (Map), deux méthodes ont été mises en oeuvre : la méthode du maximum de vraisemblance et l'inférence bayésienne. Des échantillons de sang et de fèces ont été prélevés sur 532 chèvres appartenant à 15 troupeaux. Les résultats des deux modèles sont comparés et discutés. Le modèle bayésien avec « priors » informatifs permet d'obtenir les meilleures estimations. La Se et la Sp de l'ELISA ont été estimées respectivement à  34% et 99%, tandis que les valeurs pour la culture fécale ont été estimées à  53% et 100%.

 

Séroprévalence des anticorps contre Neospora caninum chez les bovins de l'Italie du Nord-Ouest

Maria Silvia Gennero, Stefania Bergagna, M. Pasino, A. Barboro, A. Romano & Anna Trisciuoglio
Pour évaluer la prévalence de l'infection par Neospora caninum dans les élevages bovins de l'Italie du Nord-Ouest et l'importance de la transmission verticale ou post-natale, nous avons conduit une recherche sérologique. Nous avons testé les sérums des élevages bovins lait et viande ; 29.7% des sérums ont fourni une réponse positive. La séroprévalence était plus élevée dans les élevages à  viande que dans les élevages laitiers.

 

Estimation de la sensibilité de détection de Salmonella spp. en fonction du nombre de prélèvements dans les élevages de poules pondeuses oeufs de consommation

Aurélie Mahé, Stéphanie Bougeard, Adeline Huneau-Salaün, Sophie Le Bouquin, Isabelle Petetin, Sandra Rouxel, Françoise Lalande, P-A. Beloeil & N. Rose
Une étude descriptive a été conduite dans 521 élevages de poules pondeuses d'oeufs de consommation, du 1er octobre 2004 au 30 septembre 2005, pour estimer la prévalence de contamination des élevages par Salmonella spp.. Cette enquête de prévalence a été réalisée dans le cadre d'une grande étude européenne destinée à  identifier des objectifs de réduction de la prévalence des salmonelles dans les Etats membres. Le schéma d'échantillonnage prescrit par l'annexe technique de la Commission prévoyait la collecte de deux échantillons de poussières et de cinq échantillons de fientes dans chacun des élevages afin d'en déterminer le statut salmonelle. Une approche Bayésienne (modèles à  "classes latentes") a été utilisée pour estimer la sensibilité de détection de protocoles de prélèvements réduits (moins de sept prélèvements) simulés à  partir des différentes combinaisons possibles de prélèvements. Pour chaque modèle, le protocole complet (sept prélèvements) et le protocole réduit (<7 prélèvements) ont été considérés comme deux tests corrélés, le principe biologique étant identique. La prévalence entre les élevages en cages et les élevages au sol étant très différente (30,7% versus 8,2% respectivement), ces deux sous-populations ont été étudiées séparément. L'estimation par les méthodes Bayésiennes de la distribution a posteriori de la prévalence et de la sensibilité a indiqué que cinq prélèvements étaient nécessaires dans les élevages en cages pour atteindre une sensibilité équivalente au protocole complet. Pour les élevages au sol, au moins six prélèvements étaient requis. La sensibilité de détection dans les élevages en cages est nettement améliorée en augmentant le nombre de prélèvements de poussières alors que le nombre total de prélèvements, quel que soit le type, prédomine pour les élevages au sol.

 

Etude écologique des moustiques (Diptera, Culicidae) - vecteurs potentiels d'arboviroses dans la région Rhône-Alpes

Jennifer Pradel, Delphine Rey, R. Foussadier & D. J. Bicout
Bien qu'aucune arbovirose majeure n'ait été mise en évidence en Rhône-Alpes jusqu'à  présent, les changements environnementaux et climatiques, en cours et à  venir, pourraient favoriser la survenue de maladies vectorielles dans la région en induisant des modifications sur les populations culicidiennes. L'inventaire des moustiques dans cette région a révélé la présence d'une quarantaine d'espèces dont l'importance médicale et vétérinaire en Rhône-Alpes n'est pas connue. Parmi celles-ci, certaines espèces ont été impliquées dans la circulation de plusieurs arbovirus dans d'autres pays européens. Nous avons élaboré une classification des culicidés de cette région dans le but de regrouper les espèces les plus proches du point de vue bioécologique. Chaque classe étant représentée par une espèce, nous avons dressé ainsi une liste des espèces de moustiques potentiellement intéressantes à  étudier du point de vue sanitaire. Les résultats préliminaires et provisoires présentés ici s'inscrivent dans un cadre plus général visant à développer des études sur le rôle des facteurs environnementaux sur les populations vectorielles et à définir des « indicateurs entomologiques » de changements environnementaux.

 

Influenza aviaire : Modélisation du risque d'infection des oiseaux à  partir d'étangs contaminés

Magalie René & D. J. Bicout
De répartition mondiale, l'influenza aviaire est une maladie infectieuse due aux virus Influenza de type A, dont les réservoirs naturels sont des oiseaux sauvages des milieux aquatiques. On distingue les virus Hautement Pathogènes (HP) et Faiblement Pathogènes (FP) en fonction de leur pouvoir pathogène expérimental chez le poulet. L'extension géographique récente du virus Influenza aviaire H5N1 Hautement Pathogène et la répétition de contaminations humaines directes ravivent le spectre des grandes pandémies. Si la transmission oro-fécale des virus Influenza via l'eau des étangs contaminés est un mécanisme désormais reconnu pour la contamination des oiseaux sauvages, la capacité de persistance de ces virus dans ce milieu demeure peu documentée. L'objectif de cette étude est de modéliser le mécanisme d'entretien et de persistance des virus Influenza A FP et HP dans un écosystème constitué de canards sauvages et d'un étang afin d'évaluer le risque d'infection que représente l'eau des étangs contaminés pour les oiseaux sauvages et domestiques. L'amplification virale dans la population d'oiseaux a été étudiée selon un modèle SEIR et la survie des virus dans l'eau par une cinétique de déplétion. Les paramètres du modèle ont été déterminés à partir de la littérature. Appliquées aux conditions environnementales de la région de la Dombes, différentes simulations permettent de conclure à un risque d'infection via l'eau élevé pour des souches FP et à  un entretien possible de l'infection dans l'écosystème pour certaines conditions de densité d'oiseaux et de renouvellement de populations sensibles. En ce qui concerne les virus HP, le risque d'infection par l'eau contaminée est faible avec un entretien de l'infection peu probable, sauf conditions exceptionnelles. Ces résultats sont toutefois préliminaires du fait de la constante et imprévisible évolution des virus.

 

Elaboration d'une méthode statistique pour la détection d'évènements émergents : application au réseau national de vigilance et de prévention des pathologies professionnelles (RNV3P)

Laurie Faisandier, V. Bonneterre, R. De Gaudemaris & D. J. Bicout
Introduction : La surveillance des risques sanitaires occupe une place importante dans le domaine Environnement-Santé. En France, 30 centres de consultations des pathologies professionnelles enregistrent depuis 2001, de façon systématique et standardisée, l'ensemble de leurs observations au sein du Réseau National de Vigilance et de Prévention des Pathologies Professionnelles (RNV3P).
Objectif : L'objectif de ce travail est de mettre au point, et de tester sur le RNV3P, une méthode capable d'identifier et de décrire les différents groupes de « cas pathologiques » (ici associations pathologie x nuisances professionnelles), ainsi que leur dynamique temporelle à des fins de vigilance et pour la détection d'événements émergents.
Méthode : La méthode utilisée identifie les différentes associations pathologie x nuisances professionnelles, leur nombre d'occurrences, et connecte entre elles les associations partageant au moins une exposition. Le réseau de cas pathologiques partageant au moins une exposition ainsi construit est nommé exposome. La projection ou comparaison de ces exposomes à des temps différents permet à  la fois de suivre la dynamique temporelle des cas pathologiques déjà  observés, mais également de mettre en évidence la survenue de cas pathologiques non rapportés jusqu'alors, ainsi que leurs liens avec les cas pré-existants.
Résultat : L'intérêt de la méthode est illustré à  partir d'un exemple concret concernant la maladie « sclérodermie systémique ». Les agrégats de cas pathologiques générés pour les données 2002- 2005 sont présentés, ainsi que la projection des données 2006.
Conclusion : Il s'agit d'une nouvelle méthode de caractérisation de données, dont l'interface graphique fournit une visualisation utile des agrégats de cas et de leur dynamique temporelle. Cette méthode devrait permettre d'optimiser l'analyse de certaines bases de données dans le domaine Santé-Environnement.

 

Etude sur la contamination par Salmonella dans la filière produisant des saucisses de porc

Daniela Manila Bianchi, Laura Chiavacci, A. Barbaro, Fransesca Rubinetti, Silvia Gallina, Daniele Nucera, Sara Lomonaco & Lucia Decastelli
La présence de Salmonella dans les aliments peut être due à  la contamination accidentelle qui peut se produire pendant plusieurs phases de la production des aliments. Cette étude se propose d'évaluer l'association entre les Salmonella détectées dans les élevages de porcs, les abattoirs et les entreprises fabriquant des saucisses. Pendant la période avril 2005 - novembre 2006, 22 Salmonella isolées d'échantillons de saucisses ont été examinées par PFGE pour étudier une éventuelle corrélation génétique et pour identifier le point de la filière où la contamination s'est produite.

 

Apport du découpage infra-communal en IRIS dans la surveillance épidémiologique du cancer du poumon

Alexandra Senkowski, M. Colonna & D. J. Bicout
La réalisation d'un Atlas du cancer dans l'agglomération grenobloise avait permis de révéler des disparités de répartition spatiale de l'incidence du cancer du poumon masculin à l'échelle communale. L'objectif de ce travail était donc d'utiliser une nouvelle échelle spatiale d'analyse (l'IRIS) pour déterminer si les disparités observées ne cachaient pas des disparités infra-communales passées inaperçues. Des excédents et défauts de cas statistiquement significatifs de l'ordre de 30 à  40% par rapport au reste de l'agglomération ont été observés après utilisation d'une technique de lissage Bayésienne. L'impact sur le revenu médian par unité de consommation est apparu comme la variable la plus discriminante pour la caractérisation des populations étudiées.

 

La fièvre catarrhale ovine sérotype 8 dans le nord de l'Europe

E. Bréard, Corinne Sailleau, Catherine Cetre-Sossah, Kamila Gorna, Colette Grillet, Céline Bahuon, G. Gerbier, E. Albina & S. Zientara
En 2006, de façon inattendue, la bluetongue (sérotype 8) a émergé en Belgique. Elle a par la suite été détectée en Allemagne, aux Pays-bas, en France et au Luxembourg. En France, seuls 30 animaux, localisés à la frontière avec la Belgique, ont été infectés. Cette épizootie s'est caractérisée par l'existence de manifestations cliniques chez les bovins ; le sérotype 8, dont l'origine reste inconnue, étant le seul des 24 sérotypes de la fièvre catarrhale ovine à  induire des signes cliniques sur bovins. A la suite de cette épizootie, une surveillance a été mise en oeuvre pendant l'hiver 2006. En juillet 2007, en l'absence du seul moyen de lutte efficace qu'est la vaccination, une seconde épizootie a débuté dans le Nord de l'Europe.

 

INFORMATIONS

 

L'épizootie de fièvre catarrhale ovine à  sérotype 8 en Europe du Nord-ouest en 2007

Morgane Dominguez & Anne-Marie Hattenberger
Une résurgence de l'épizootie de FCO, provoquée par le sérotype viral 8, ayant affecté l'Europe du nord-ouest en 2006, est observée depuis le mois de juillet 2007. Au début du mois d'octobre 2007, l'analyse descriptive de l'épizootie dans les six pays atteints indique que l'incidence est bien supérieure à  celle observée en 2006 à la même période. En France, l'incidence hebdomadaire est en constante augmentation depuis la fin du mois de juillet 2007 et le front épizootique marque une progression continue de la frontière belge vers le centre du territoire. Si, à  ce stade, l'ensemble des facteurs concourant à la dynamique épizootique actuelle ne sont pas identifiés, l'insuffisance des moyens de lutte disponibles est à  incriminer.

 

Rapport moral 2006
F. Moutou

 

Rapport financier 2006
D. Repiquet